昨天，星球內(nèi)有老師問了一個(gè)問題，關(guān)于TASSEL中計(jì)算kinship異常的問題，討論了kinship是怎么計(jì)算的？怎么判斷是否異常？我做了簡短的回答：

今天做了一下測試，寫篇博客總結(jié)一下，TASSEL的MLM模型構(gòu)建的kinship矩陣是如何計(jì)算的。

1. 導(dǎo)入基因型數(shù)據(jù)

「數(shù)據(jù)及代碼下載，請關(guān)注公眾號：育種數(shù)據(jù)分析之放飛自我，進(jìn)入知識星球進(jìn)行相關(guān)下載和學(xué)習(xí)」

這里導(dǎo)入vcf格式的數(shù)據(jù)：

2. 導(dǎo)入表型數(shù)據(jù)和協(xié)變量

「表型數(shù)據(jù)：」「協(xié)變量文件：」

3. 構(gòu)建kinship矩陣

3.1 Centered_IBS

這種方法，應(yīng)該就是VanRaden的方法，中心化的IBS親緣關(guān)系矩陣。

構(gòu)建的kinship矩陣：R語言比較：兩者一致。

3.2 Normalized_IBS

這種方法應(yīng)該就是Yang的方法：

結(jié)果：

R語言對比：兩者結(jié)果完全一致。

3.3 Dominance_Centered_IBS

這個(gè)，應(yīng)該是顯性中心化的IBS

結(jié)果：

R語言結(jié)果對比：

結(jié)果完全一致。

3.4 Dominance_Normalized_IBS

這個(gè)應(yīng)該是顯性矩陣標(biāo)準(zhǔn)化的IBS矩陣。

結(jié)果：

暫時(shí)，未找到R中對應(yīng)矩陣計(jì)算的方法。

4. kinship矩陣如何判斷異常

1，可以將kinship做熱圖聚類，查看分布，類似：

2，一般對角線<0.8，或者>1.2的個(gè)體，可以判斷是離群樣本，可以通過PCA看一下其分布

3，非對角線為負(fù)值，一般可以認(rèn)為其為0，如果負(fù)值很大，就要看一下是否異常