通路富集分析是做芯片測序后得到大量基因后的常規(guī)方式，不得不承認(rèn)當(dāng)下用的最多的仍然是 DAVID（https://david./home.jsp ）。盡管它被吐槽了數(shù)據(jù)一直不更新，比如 2016年 Nature methods上就發(fā)文吐槽過，當(dāng)然不是針對 DAVID而已，但是它的問題確實是很突出，具體大家可以看下下面這張圖： 文章指出，很多工具的注釋信息沒有及時更新，我們可以看到其中 DAVID的問題尤其顯著，當(dāng)時它已經(jīng)有超過5年沒更新了，細(xì)思極恐。細(xì)心的小伙伴可能已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了，咱們上期推薦的 g:Profiler表現(xiàn)還是不錯的哈。 為啥 DAVID不更新還有這么多人用？ 白介素同學(xué)以為原因有兩方面： 一是 DAVID當(dāng)時的文章發(fā)表在 Nature protocol上； 二是相對來講使用門檻較低，通過網(wǎng)頁版操作，比較簡單，很多無生信基礎(chǔ)的同學(xué)也能自己做。 好啦，言歸正傳，白介素同學(xué)的神器庫藏里還有新的神器，比 DAVID好用不止一點點。 DAVID速度較慢，而且結(jié)果需要多次手工操作，然后還需自己整理數(shù)據(jù)繪圖。有沒有能一波帶走整個操作流程的分析工具呢？ 超好用的WebGestalt首先來看看神器大概長啥樣，界面比較簡單，富集分析的算法多樣，更新已經(jīng)到了 2019了！ 因為工具的內(nèi)容非常多，這里不可能做詳細(xì)的演示，直接給大家上圖，首先拿到基因，輸入，稍微點擊下： 可以得到繪制好的GO富集柱狀圖：分析結(jié)果基本情況及結(jié)果打包下載：KEGG富集結(jié)果火山圖：注意這里是pathway分析的結(jié)果，數(shù)據(jù)庫提供的包括多個數(shù)據(jù)庫的通路富集分析，例如rectome等，可以自己勾選。然后以火山圖的形式呈現(xiàn)，結(jié)果供直接下載。 通路的基本情況： 鏈接到KEGG數(shù)據(jù)庫： 值得一提的是，該工具還提供GO可視化的功能，可以用于比較不同分析GO之間的關(guān)聯(lián)。 其實這個神器還有其它一系列的功能，這里不可能每一個功能都詳細(xì)介紹，大家可以自己去挖掘一下。比如共表達(dá)，與藥物、疾病的關(guān)系等等。 再來看看與其它工具的比較，我們可以看到全是對勾， WebGestalt表現(xiàn)出明顯的優(yōu)越性的。 好啦，說到這兒可能有同學(xué)就會關(guān)心，這個工具到底是不是可靠？ 這里白介素同學(xué)查了它的背景，該工具發(fā)表了三篇 NAR的文章，最近更新在2019年，累計引用超過2500多次，值得信賴。 還不快去試試看，把圖放到自己的文章里吧，記得引用。 |
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