這是最好的時(shí)代，這也是最壞的時(shí)代；

這是一個(gè)高通量技術(shù)蓬勃發(fā)展的時(shí)代，這也是小實(shí)驗(yàn)沒(méi)錢(qián)做不起的時(shí)代；

這是一個(gè)海量高通量數(shù)據(jù)累積共享的時(shí)代，這也是醫(yī)生不會(huì)分析數(shù)據(jù)的時(shí)代；

無(wú)論這是好的時(shí)代還是壞的時(shí)代，白介素同學(xué)總是會(huì)給你分享我遇到的科研神器；

上次白介素同學(xué)介紹了一個(gè)神器：一個(gè)碉堡的<em>GEO</em>和RNA-seq數(shù)據(jù)在線(xiàn)分析神器，生信so easy

本期介紹的科研神器: BioJupies分析平臺(tái)

功能：自動(dòng)化挖掘GEO測(cè)序數(shù)據(jù) 或分析自己的測(cè)序數(shù)據(jù)

基本界面，先看看神器長(zhǎng)啥樣？

接下來(lái)看看分析步驟，以example數(shù)據(jù)為例，探索下能做哪些分析？

發(fā)現(xiàn)這個(gè)數(shù)據(jù)集存儲(chǔ)在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，基本信息都提供了相應(yīng)鏈接，很簡(jiǎn)單，咱們直接點(diǎn)擊Analyze按鈕：

可以得到下面的界面，讓咱們自己選擇需要做哪些探索性的分析，包括 PCA，聚類(lèi)分析等等，當(dāng)然也包括：差異分析，火山圖，富集分析等等，具體看下圖片界面：

白介素同自己在測(cè)試時(shí)當(dāng)然是多多益善，想看看這個(gè)工具究竟有多強(qiáng)，然后點(diǎn)擊continue按鈕繼續(xù)，

以上這些操作完成后，連續(xù)點(diǎn)擊Continue, Generate Notebook,稍后你就會(huì)得到一個(gè)自動(dòng)化的分析報(bào)告，圖片數(shù)據(jù)一應(yīng)俱全，以下看下得到的分析報(bào)告：

這是一個(gè)超鏈接的目錄，可以下簡(jiǎn)單看些結(jié)果，比如點(diǎn)下聚類(lèi)分析，PCA分析結(jié)果，

火山圖

GO和通路富集分析結(jié)果

分析報(bào)告太長(zhǎng)，這里就不去全部列出展示了，總之是上面提到的分析，勾選了Add就會(huì)出現(xiàn)在分析報(bào)告中。

值得注意的是，分析報(bào)告是jupyter nbviwer這樣一個(gè)Notebook形式，如果想完整下載保存整個(gè)Notebook需要安裝python等等其它的一些軟件，白介素同學(xué)做了簡(jiǎn)單測(cè)試，但是覺(jué)得比較復(fù)雜，可能不大適合初學(xué)者，因此這里不再做詳細(xì)介紹了，提供的單個(gè)下載數(shù)據(jù)已經(jīng)夠用了。

還要再講下這個(gè)平臺(tái)的出身，關(guān)于這個(gè)平臺(tái)的文章發(fā)表在《Cell Systems》雜志，IF=8.98：

高通量測(cè)序，芯片等技術(shù)已經(jīng)成為常規(guī)技術(shù)，但分析有一定的門(mén)檻需要一定的生物信息背景，學(xué)界也注意到了這個(gè)問(wèn)題，不斷在嘗試進(jìn)一步整合分析工具，盡可能的降低門(mén)檻，方便Biologists使用，網(wǎng)絡(luò)輕工具的出現(xiàn)，當(dāng)然也能解小伙伴們?nèi)济贾?，分析不求人?/p>

分享就到這里，快過(guò)年了，白介素同學(xué)祝大家假期愉快！

附上神器網(wǎng)址：https://amp.pharm./biojupies/

參考文獻(xiàn)資料：https://www./cell-systems/fulltext/S2405-4712