太平軍中有不少人是天地會成員，即便“天王”洪秀全將小刀會視為撮爾小賊，有些人還是會顧及同門之情伸出援手。比如有天地會背景的羅大綱，曾計劃組織600艘皮蓬小船“沖水營直下接連上海匪徒”，但很快被天京方面調(diào)離鎮(zhèn)江。羅大綱本人雖是參加過金田起義的元老，立下赫赫戰(zhàn)功，1855年戰(zhàn)死于江西九江，但因為沒有加入“拜上帝會”，又是天地會成員，不被洪秀全看重，1863年太平天國只給他追封了一個令人哭笑不得的“肺王”。

在洪秀全創(chuàng)立“拜上帝會”之前，天地會已經(jīng)在兩廣、閩南、長江一帶頗具影響力。洪秀全為了實現(xiàn)他的政治目的，在發(fā)動起義直至定都前期，洪秀全都在設(shè)法吸收、利用天地會的勢力。天地會秦日綱、羅大綱、蘇三娘都率領(lǐng)一大批天地會成員參加了金田起義。

但天地會幫眾甚多、勢力甚廣，洪秀全又不能不防。據(jù)蕭一山編著的《近代秘密社會史料》，被清軍俘獲的太平天國“天德王”洪大全供述稱，洪秀全、馮云山二人曾“在廣東、廣西結(jié)拜無賴等設(shè)立天地會，后來愈來愈多，恐怕人心不固”，才演繹出天兄下凡那一套，來煽動會眾。

洪大全在參加太平軍之前即是天地會湖南地區(qū)的首領(lǐng)，永安建制之初地位與洪秀全不相上下，同稱“萬歲”。有研究者認(rèn)為，自從洪大全被俘，天地會成員在太平天國中的地位就開始下降了。太平軍在永安發(fā)布的《奉天誅妖救世安民諭》中公開批評天地會成員紀(jì)律渙散、投敵叛變的行為：“查爾們壯士，多是三合會黨，盍思洪門歃血，實為同心同力以滅清，未聞結(jié)義拜盟，而反北面于仇敵也”。這既是天地會在太平軍中頗具影響力的旁證，也是雙方關(guān)系開始惡化的一個表征。

盡管如此，天地會對太平天國的影響也不能徹底清除，在太平天國文獻中仍舊大量運用了天地會的“切口”（暗語），例如：

天地會成員自稱“洪家兄弟、萬姓一宗”、宗旨是“滅清復(fù)明，洪氏當(dāng)陽”，拜臺入會時“三拜日為兄、四拜月為嫂”?！逗殚T總圖》、《總結(jié)洪門七十二底詩》均有“洪日”一詞出現(xiàn)，如“五色旗幅影洪日”。而洪秀全就自稱為“洪日”，其妻子則稱為“月宮”、“又正月宮”。

天地會把已經(jīng)拜臺入會的“人”稱為“馬”，例如廣西天地會稱本省人為“土馬”，稱廣東人為“廣馬”，稱客家人“來馬”，其他地方人則為“外馬”；把到處招人入伙的行為稱為“拉馬”，那些沒有入幫的人被稱為“牛崽”。在太平天國發(fā)布的“圣旨”里，就有諸如“誰能章程吊馬”、“能起得馬”等詞語，這里的“吊馬”、“起得馬”，都是“調(diào)來人”的意思。

天地會將核心機密稱為根機，《關(guān)圣對》：“爭天奪國一點紅，露出根機劍下亡”。太平天國《天兄圣旨》中有“不可命外小見，根機不可被人識透也”。

僅此冰山一角，可以窺見天地會對太平天國確有影響，但由于二者一暗一明，一黑（指秘密結(jié)社，無他意）一白（被奉為農(nóng)民起義代表，有爭議），加上取舍教化，導(dǎo)致世人多見歷史畫卷的波瀾壯闊，忽視民間社會的靜水深流了。