Rana 說：“這種方法可以被廣泛應(yīng)用于生理條件下任意數(shù)量的疾病模型中發(fā)現(xiàn)miRNA靶標(biāo)。miR-TRAP將有助于在RNA領(lǐng)域的缺口處搭起橋梁，使研究人員能夠更好地了解諸如癌癥等疾病，靶向它們的遺傳基礎(chǔ)開發(fā)出新的診斷和治療策略。隨著新的高通量RNA測序技術(shù)不斷增加已知miRNAs和它們的靶標(biāo)數(shù)量，這一點將變得尤為重要。”

miR-TRAP運作機(jī)制

miRNAs并非是直接結(jié)合DNA，而是結(jié)合到信使RNA（mRNA）上來阻斷基因表達(dá)。mRNA通常會將DNA的信息帶出細(xì)胞核，進(jìn)入到細(xì)胞質(zhì)，在細(xì)胞質(zhì)中將序列翻譯為蛋白質(zhì)。這些RNAs被一組稱為RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物（RISC）的蛋白質(zhì)結(jié)合，可阻斷mRNA編碼生成蛋白質(zhì)，從而對細(xì)胞產(chǎn)生廣泛的影響。

操作miR-TRAP可分為三個基本步驟。科學(xué)家們首先通過共軛補(bǔ)骨脂素（一種可通過光激活的植物分子）生成針對目的miRNA的高度光反應(yīng)探針，第二步完成長波紫外線光交聯(lián)反應(yīng)，第三步拉下（pull down）RNA，并用RT-qPCR對其進(jìn)行分析。換句話說，研究人員利用紫外線光殺死細(xì)胞，將miRNA/mRNA雙雙冷凍在適當(dāng)?shù)奈恢谩ｋS后從細(xì)胞中抽提出RNA，他們可以進(jìn)一步檢測結(jié)合mRNA序列，揭示miRNA的靶基因。

miR-TRAP的優(yōu)勢

miR-TRAP相比當(dāng)前用于鑒別miRNA靶標(biāo)的方法更簡單，更精確。原因包括三個方面：首先miR-TRAP可在正?；蚣膊∏闆r下直接在活細(xì)胞中鑒別miRNA靶標(biāo)。第二，這一技術(shù)不僅可以識別出miRNAs抑制的mRNA靶標(biāo)，還可以識別出蛋白質(zhì)翻譯被抑制的mRNA——這一點通過其他技術(shù)，例如qPCR或微陣列分析通常無法獲得。第三，miR-TRAP不依靠抗體，不會導(dǎo)致非特異性背景信號，使數(shù)據(jù)解析變得簡單。

將miR-TRAP付諸檢驗，Rana和他的研究團(tuán)隊，包括博士后研究人員Huricha Baigude對兩個重要microRNAs的13個預(yù)測靶標(biāo)進(jìn)行了分析。這一技術(shù)不僅證實了已知的基因靶標(biāo)，還揭示了兩個新的靶標(biāo)。

Rana 說：“我們現(xiàn)在應(yīng)應(yīng)用這些方法在一些疾病模型中鑒別miRNA靶標(biāo)。我們希望miR-TRAP將很快能廣泛應(yīng)用到世界各地的實驗室中。”

新聞來源：

It's a trap! New laboratory technique captures microRNA targets

MicroRNAs suppress gene expression by binding target mRNA and joining an RNA-induced silencing complex. A simple new technique called miR-TRAP captures the complex, allowing researchers to more easily identify an miRNA's target. Credit: Sanford-Burnham Medical Research Institute