microRNA(miRNA)是一類長度約為19-25nt的內(nèi)源性非編碼RNA，廣泛參與基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控活動，其中多數(shù)miRNA具有高度序列保守性、表達時序性和組織特異性。最近的研究表明miRNA參與各種各樣的調(diào)節(jié)途徑，包括發(fā)育、病毒防御、造血過程、器官形成、細胞增殖和凋亡、脂肪代謝等，具有重要的基因表達調(diào)控作用。

pri-miRNA, pre-miRNA 和 mature miRNA有什么區(qū)別

成熟的miRNAs是由較長的初級轉(zhuǎn)錄物經(jīng)過一系列核酸酶的剪切加工而產(chǎn)生的，初級轉(zhuǎn)錄物稱為pri-miRNA。pri-miRNA長度從幾百到幾千個堿基不等，帶有5'帽子和3’polyA尾巴，以及1到數(shù)個發(fā)夾徑環(huán)結(jié)構(gòu)。Pri-miRNA經(jīng)剪切產(chǎn)生約70個堿基的miRNA前體，即pre-miRNA。pre-miRNA為單一發(fā)夾結(jié)構(gòu)，5'帶有磷酸基團，3’有兩個突出堿基，并帶有3'羥基。pre-miRNA經(jīng)進一步剪切，形成長度約為22個堿基的單鏈成熟miRNA。

MiRNA的命名原則可以大致歸納如下：

一個系統(tǒng)命名包含三部分內(nèi)容，即物種，microRNA類別，序號。三者間用短線連接。物種一般用三個小寫字母表示，如hsa,mmu和rno分別代表人，小鼠和大鼠。MicroRNA類別是指所命名的microRNA是pre-miRNA還是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示，mature miRNA用miR表示。序號為一阿拉伯數(shù)字，代表microRNA發(fā)現(xiàn)的先后。一般而言，數(shù)字越小，發(fā)現(xiàn)越早。

位于基因組不同部位但產(chǎn)生同樣的mature miRNA的pre-miRNA在序號后添加短線和阿拉伯數(shù)字以示區(qū)別，如hsa-mir-7-1, hsa-mir-7-2, hsa-mir-7-3。

有些pre-miRNA可以產(chǎn)生兩個mature miRNA。對應pre-miRNA莖環(huán)結(jié)構(gòu)5'和3'序列的mature miRNA分別加后綴-5p和-3p以示區(qū)分，如rno-miR-325-5p和rno-miR-325-3p。

如果從同一個pre-miRNA成熟的兩個mature miRNA的相對表達量已知，表達量高者加后綴＊，如hsa-miR-17*比hsa-miR-17表達量高。

對于僅相差1－2個堿基的mature miRNA，加一個小寫字母后綴以示區(qū)別，如hsa-miR-19a, hsa-miR-19b。 
如何分析miRNA的功能？
一般利用一些常見的miRNA數(shù)據(jù)庫進行分析，MedSci編輯只能告訴你這么多了，因為它足夠多了，主要包括：miRBase、microrna、TargetScan、PicTar、miRanda、HOCTAR，MiRTarBase，miRDB，mirna database，miRNAMap，miRCancer(腫瘤miRNA)，miR2Disease，microRNA target prediction，Micro RNA Informatics，PMTED（植物miRNA），miRWalk2.0,ViTa(病毒領(lǐng)域miRNA),PITA,starBase v2.0,以及COMETA

miRNA數(shù)據(jù)庫，以及靶點預測介紹： 
（1）miRbase：眾所周知的microRNA基因注釋數(shù)據(jù)庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟件的鏈接（如：PicTar）。最新版本發(fā)布時間：2010年9月。網(wǎng)址：http:///index.shtml

（2）ChIPBase: 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數(shù)據(jù)探討microRNA的轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，構(gòu)建轉(zhuǎn)錄因子->microRNA->靶標的調(diào)控網(wǎng)絡。最新版本發(fā)布時間：2012年11月。網(wǎng)址：http://deepbase./chipbase/

（3）starBase：一個高通量實驗數(shù)據(jù)CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測序數(shù)據(jù)支持的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫,整合和構(gòu)建多個流行的靶標預測軟件的交集和調(diào)控關(guān)系。
最新版本發(fā)布時間：2011年5月。 網(wǎng)址：http://starbase./

（4）Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2009年1月（v5）。網(wǎng)址：http:///tarbase/ 

（5）miRecords：一個整合的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。整合多個靶標預測軟件的調(diào)控關(guān)系。最新版本發(fā)布時間：2010年11月。網(wǎng)址：http://mirecords./

（6）targetScan: 基于靶mRNA序列的進化保守等特征搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟件。而且是microRNA領(lǐng)域大牛Bartel實驗室開發(fā)的。最新版本發(fā)布時間：2009年4月（v5.1）. 網(wǎng)址：http://www./

（7）PicTar：基于microRNA或microRNA靶標聯(lián)合作用等特征開發(fā)的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領(lǐng)域大牛Rajewsky實驗室開發(fā)的。最新版本發(fā)布時間：2007年3月。網(wǎng)址：http://pictar./

（8）PITA：基于靶位點的可接性（target-site accessibility）和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發(fā)的。最新版本發(fā)布時間：2008年8月。網(wǎng)址：http://genie./pubs/mir07/mir07_data.html

（9）RNA22：基于序列特征預測microRNA的結(jié)合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟件的其中一個。IBM公司的研究團隊開發(fā)的。最新版本發(fā)布時間：2007年。網(wǎng)址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

（10）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌癥研究中心的研究人員開發(fā)的軟件和數(shù)據(jù)庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發(fā)布時間：2010年8月。網(wǎng)址：http://www./microrna/home.do

（11）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 實驗室開發(fā)的microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2010年8月。網(wǎng)址：http://www./enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

（12）miRTarBase：整合實驗證實的microRNA靶標的數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2010年10月。網(wǎng)址：http://mirtarbase.mbc./index.html

（13）miRGator v2.0：整合microRNA表達、靶標和疾病相關(guān)信息的數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2010年11月。網(wǎng)址：http://mirgator.kobic.:8080/MEXWebApp/

（14）MiRNAMap:動物的microRNA基因及其靶標的數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2008年1月。網(wǎng)址：http://mirnamap.mbc./

（15）miRDB: 動物microRNA靶標預測和功能注釋數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2010年8月。網(wǎng)址：http:///miRDB/

（16）RNAhybrid：一個基于miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標。最新版本發(fā)布時間：v2.1。網(wǎng)址：http://bibiserv.techfak./rnahybrid/

（17）miRGen：microRNA基因和microRNA靶標數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2007年1月。網(wǎng)址：http://www.diana.pcbi./miRGen.html

(18)doRiNA: microRNA的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控數(shù)據(jù)庫。最新版本發(fā)布時間：2012年1月。網(wǎng)址：http://dorina./rbp_browser/dorina.html  
（19）COMETA：通過miRNA靶基因共表達相關(guān)性分析數(shù)據(jù)庫（CoMeTa），優(yōu)化和篩減miRNA靶基因集合  

預測植物microRNA靶標的工具和數(shù)據(jù)庫如下：

(1) Targetfinder: 使用基于植物的靶標罰分策略預測小RNA的靶標。最新版本發(fā)布時間：2010年8月。網(wǎng)址：http://jcclab.science./node/view/56334

(2) starBase: 提供高通量實驗數(shù)據(jù)mRNA降解組測序數(shù)據(jù)支持的植物microRNA靶標數(shù)據(jù)庫和基于mRNA降解組數(shù)據(jù)預測microRNA靶標的網(wǎng)頁版工具。最新版本發(fā)布時間：2011年5月。 網(wǎng)址：http://starbase./

(3) miRU, psRNATarget: 一個網(wǎng)頁版的植物microRNA靶標預測工具。最新版本發(fā)布時間：2011年5月。 網(wǎng)址：http://www./psRNATarget/

(4)CleaveLand:一個基于mRNA降解組數(shù)據(jù)預測microRNA靶標的工具。最新版本發(fā)布時間：2010年3月。網(wǎng)址：https://homes.bio./people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html

(5) Target-align：一個就鑒定植物microRNA靶標的工具。最新版本發(fā)布時間：2010年。網(wǎng)址：http://www./targetAlign.php

miRNA-lncRNA互作的數(shù)據(jù)庫：
starBase: 提供miRNA調(diào)控長非編碼RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和環(huán)狀RNA(circRNA)的互作信息。并且根據(jù)這些互作關(guān)系還 構(gòu)建了ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡。這些調(diào)控互作網(wǎng)絡信息是基于108高通量的CLIP-Seq實驗數(shù)據(jù)。網(wǎng) 站：http://starbase. 更新： 2013年

DIANA-LncBase: 提供基于2個研究的CLIP-Seq數(shù)據(jù)miRNA調(diào)控長非編碼RNA(lncRNA)的信息。網(wǎng)站：www./LncBase 更新： 2012年 

各個數(shù)據(jù)庫特點：
其中數(shù)據(jù)庫中全面和更新快的有：
miRBase： http:///index.shtml
starBase: http://starbase./
miRecords: http://mirecords./
miRTarBase: http://mirtarbase.mbc./index.html

預測軟件假陽性率低的有：
targetScan：http://www./ 
PicTar: http://pictar./ 
當然，大家若不是做miRNA，要做LncRNA，怎么辦？可以看這里：長鏈非編碼RNA（lncRNA）靶標數(shù)據(jù)庫及預測軟件匯總