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【原】How to | 知道單倍型+表型數(shù)據(jù)，如何做顯著性分析可視化

 育種數(shù)據(jù)分析 2025-12-02 發(fā)布于河南
大家好，我是鄧飛，今天介紹一下，知道群體的單倍型數(shù)據(jù)，知道群體的表型數(shù)據(jù)，如何計(jì)算單倍型和表型數(shù)據(jù)的顯著性分析，以及做一個(gè)小提琴圖？
1，準(zhǔn)備單倍型群體的vcf文件
將單倍型，按照區(qū)間，提取群體的vcf文件，如下：
2，整理表型數(shù)據(jù)的txt文件
如下：

3，使用R包geneHapR
如下：
4，讀取vcf文件
如下：
5，讀取表型數(shù)據(jù)
如下：
6，計(jì)算群體的單倍型（具體到個(gè)體）
如下：
7，將群體的單倍型數(shù)據(jù)保存到本地
如下：

8，單倍型和表型的顯著性分析可視化
如下：
圖表：
有結(jié)果可以得出，H001的單倍型的y1表現(xiàn)比H002的單倍型要好，H001是優(yōu)勢(shì)單倍型。群體中共有119個(gè)H001,9個(gè)H002。
示例數(shù)據(jù)和代碼：
數(shù)據(jù)和代碼放到星球上面了：

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