漢族與日本人基因存在一定聯(lián)系（如共享O系基因），但日本人基因更復(fù)雜，包含繩文人（D1b、C1a1）、彌生人（O2）及蝦夷人基因；漢族以O(shè)系為核心并融合其他民族基因。

                    核心基因類型差異

       漢族的核心父系基因以O(shè)系為主（如O2、O3），其中O3（M122）是標志性基因，漢族中O3出現(xiàn)頻率約56%；而日本人的基因由三大祖先群體混合構(gòu)成：
      ● 繩文人：父系Y染色體主要為D1b（矮黑人族群）和C1a1（棕色人種），是日本列島早期土著，因長期隔離與大陸基因分化明顯；
      ● 彌生人（東亞稻作移民）：父系基因以O(shè)系為主（包括O1b2和O2），其中O2是華夏族群（漢族）的典型基因，反映了古代漢族移民對日本的影響，日本西部此血統(tǒng)比例更高；
     ● 蝦夷人：來自東北亞的神秘族群，基因主要影響日本東北部人群。

基因頻率與分布差異

       漢族因歷史上與百越（O1）、鮮卑（C）、匈奴（Q）等民族融合，不同省份漢族基因構(gòu)成有差異（如福建漢族O2占比60%，為全國最高）；而日本人中O系（與漢族相關(guān)）的頻率較低（約12-23.5%），且呈現(xiàn)“西部高、北部低”的分布規(guī)律，反映了中國農(nóng)耕文化通過移民向日本傳播的歷史。