在一項新的研究中，來自美國斯坦福大學等研究機構(gòu)的研究人員對坦桑尼亞哈扎族狩獵采集者（Hadza hunter-gatherer）的351份糞便樣本進行了超深的宏基因組測序。他們詳細介紹了他們對來自哈扎族狩獵采集者的最廣泛的腸道微生物組測序數(shù)據(jù)的收集和鑒定。相關(guān)研究結(jié)果于2023年6月21日在線發(fā)表在Cell期刊上，論文標題為“Ultra-deep sequencing of Hadza hunter-gatherers recovers vanishing gut microbes”。

人體腸道微生物組的組成在世界范圍內(nèi)可能有很大的不同，這取決于當?shù)氐娘嬍澈铜h(huán)境接觸。腸道微生物組研究嚴重偏向于腸道微生物組多樣性很低的西方工業(yè)化人群。多樣性低被認為是由攝入高度加工的食物、更頻繁地使用抗生素、剖腹產(chǎn)率、衛(wèi)生水平以及減少與動物和土壤的物理接觸造成的。

這種因果關(guān)系得到了非工業(yè)化人群的支持，包括具有極高腸道微生物組多樣性的狩獵采集者。這也可以在從非工業(yè)化地區(qū)到工業(yè)化西方地區(qū)的移民的腸道微生物組變化中觀察到，這是向較低腸道微生物組多樣性的過渡。

以前對古人類糞化石的分析表明相比于工業(yè)化地區(qū)人群的腸道微生物組，古代腸道微生物組更接近現(xiàn)代非工業(yè)化地區(qū)人群腸道微生物組的較高多樣性。

這些與人類相關(guān)的微生物品系在深層進化的時間里在人類世代之間傳遞，并且知道腸道微生物群在人類健康中起著至關(guān)重要的作用，這表明現(xiàn)在工業(yè)化地區(qū)中的腸道微生物組缺失的方面意味著這些微生物提供的功能的喪失。

圖片來自Cell, 2023, doi:10.1016/j.cell.2023.05.046。

在這項新的研究中，哈扎族人生活在坦桑尼亞裂谷中部的營地，每個營地大約有5到30人。哈扎族人大約每四個月在不同的營地之間移動一次。他們主要飲用泉水和溪水，飲食包括覓食的塊莖、漿果、蜂蜜和狩獵的動物。

對從167個哈扎族人收集的糞便樣本進行了宏基因組測序。在哈扎族人腸道微生物中發(fā)現(xiàn)的840萬個蛋白家族中，有一半以上（59.7%）在統(tǒng)一的人類胃腸道蛋白數(shù)據(jù)庫（Unified Human Gastrointestinal Protein database）中沒有。在他們的腸道微生物組中發(fā)現(xiàn)的細菌和病毒種類使全球已知的微生物群目錄增加了約24%。

為了進行局部比較，這些作者將他們的研究結(jié)果與成年的加利福尼亞人進行了比較，發(fā)現(xiàn)雖然哈扎族人的成年腸道微生物組平均包含730個物種，但加利福尼亞人的腸道微生物組中只有277個物種。

這些作者指出，“一個重要的挑戰(zhàn)是描述這些微生物對人類生理的影響，并確定在哪些情況下，物種和功能的缺失或存在對人類健康有益或有害?！?/p>

了解缺乏多樣性對西方代謝的影響，或者哈扎族人通過擁有這種強大的多樣性而避免了哪些疾病（如果有的話），將是非常有吸引力的。工業(yè)化人群中消失的微生物群不太可能是沒有原因的，盡管可能只是因為這些原因不再適用。

得益于這項新的研究，未來的研究人員有許多新的謎團需要解決，并且如今有一個超深的宏基因組測序數(shù)據(jù)集來指導他們提出的問題。（生物谷 Bioon.com）

參考資料：

1. Matthew M. Carter et al. Ultra-deep sequencing of Hadza hunter-gatherers recovers vanishing gut microbes. Cell, 2023, doi:10.1016/j.cell.2023.05.046.

2. Striking level of genomic novelty found in Hadza hunter-gatherer microbiome
https:///news/2023-06-genomic-novelty-hadza-hunter-gatherer-microbiome.html