1、性質(zhì)不同：科學(xué)院院士是科學(xué)技術(shù)方面的最高學(xué)術(shù)稱號，而工程院院士是工程科學(xué)技術(shù)方面的最高學(xué)術(shù)稱號。

2、方向不同：科學(xué)院院士主攻方向是理論方面，其成長方式主要是通過重點綜合大學(xué)和科技大師的培養(yǎng)熏陶，而中國工程院院士主攻實踐方面，其成長途徑，主要通過重點理工科大學(xué)培養(yǎng)和大量的工程技術(shù)實踐。

3、特點不同：科學(xué)院在各地都有分院，研究特定的方向和領(lǐng)域，也有大學(xué)。而工程院更像一個俱樂部性質(zhì)，管理分散在全國各地、各個不同單位的工程院院士。

注意事項：

根據(jù)新修訂的《中國工程院院士增選工作實施辦法》，從2013年開始，將實行院士候選人單一渠道提名，即候選人本人只能接受院士、單位、全國性學(xué)會中的一種渠道進(jìn)行提名，并在提名書中簽字確認(rèn)，不得接受重復(fù)提名，否則將作為無效候選人處理。

凡2007，2009，2011年已被提名至中國工程院和被推薦至中國科學(xué)院的有效候選人，兩院合計連續(xù)3次的，2013年必須停止1次被提名為中國工程院院士候選人的資格。