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3篇Nature論文連發(fā):人類泛基因組首個(gè)草圖公布

 子孫滿堂康復(fù)師 2023-05-16 發(fā)布于黑龍江

來(lái)源:生物世界 2023-05-15 16:56

田納西大學(xué)健康科學(xué)中心的 Erik Garrison 和同事觀察了異源著絲粒染色體短臂(中節(jié)位于靠近染色體一端)間的重組模式,對(duì)一種過(guò)去曾推測(cè)存在但因缺乏合適數(shù)據(jù)未觀測(cè)到的染色體之間的DNA交換機(jī)制提

自2001年發(fā)布草案以來(lái),人類參考基因組一直是人類基因組的支柱。但由于結(jié)構(gòu)變異和替代等位基因的存在——有些在最初參考基因組中沒有——單個(gè)基因組無(wú)法代表人類物種的遺傳多樣性。

2023年5月10日,Nature 發(fā)表了人類泛基因組參考的初稿,這一集合旨在最終代表我們整個(gè)物種中盡可能多的DNA序列。該項(xiàng)研究組合的人群遺傳物質(zhì)來(lái)自47個(gè)遺傳多樣化個(gè)體,為人類基因組提供了更完整的圖像。

 

在這3篇 Nature 論文的合集中,人類泛基因組參考聯(lián)盟(Human Pangenome Reference Consortium)提出了首個(gè)人類泛基因組參考草圖,以及兩個(gè)使用這一參考為基礎(chǔ)進(jìn)行新遺傳學(xué)研究的發(fā)現(xiàn)。

泛基因組開發(fā)自47名祖先不同個(gè)體的陣列,為當(dāng)下的參考人類基因組(GRCh38)添加了1.19億堿基對(duì)和1115個(gè)基因重復(fù)(一個(gè)DNA區(qū)域里含有一個(gè)基因重復(fù)的變異)。與GRCh38相比,利用這一草圖,檢測(cè)到結(jié)構(gòu)變異的數(shù)量增加了104%,為人類基因組遺傳多樣性提供了更完整的圖景。

新的泛基因組參考是不同基因組的集合,從中比較單個(gè)基因組序列

兩篇同時(shí)發(fā)表的論文提出了使用人類泛基因組草圖的相關(guān)發(fā)現(xiàn)。在第一篇論文中,華盛頓大學(xué)醫(yī)學(xué)院的 Evan Eichler 和同事開發(fā)了一個(gè)有片段重復(fù)序列(在基因組一個(gè)以上位點(diǎn)重復(fù)出現(xiàn)、共享高度相同序列的DNA區(qū)域)的單核苷酸變異(SNV)圖譜,描述了數(shù)百萬(wàn)此前未繪制的SNV,和與單一DNA不同的變異性質(zhì)。

在第二篇論文中,田納西大學(xué)健康科學(xué)中心的 Erik Garrison 和同事觀察了異源著絲粒染色體短臂(中節(jié)位于靠近染色體一端)間的重組模式,對(duì)一種過(guò)去曾推測(cè)存在但因缺乏合適數(shù)據(jù)未觀測(cè)到的染色體之間的DNA交換機(jī)制提供了證據(jù)。

這些成果還只是人類泛基因組前景中的一個(gè)過(guò)渡階段,該計(jì)劃旨在獲取350名個(gè)體的遺傳多樣性。Arya Massarat 和 Melissa Gymrek 在同時(shí)發(fā)表的新聞與觀點(diǎn)論壇中強(qiáng)調(diào)了這些進(jìn)展的重要性,但提出還需持續(xù)改進(jìn)以克服一些現(xiàn)有的挑戰(zhàn),如需要更多樣化的取樣。

“這將最終使發(fā)現(xiàn)促成生理和臨床特征的遺傳變異變得更為容易,而且——人們也期望——這將最終為許多人帶來(lái)更好的健康結(jié)局。”他們寫道。

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