費希特之所以稱哲學為“知識學”（字面意思為“關(guān)于科學的理論”）或“關(guān)于一般科學的科學”，是因為在他看來，哲學要說明、解釋其他各門具體科學或人類知識之條件、基礎(chǔ)和界限，其本身也應當是一門嚴格意義上的科學體系，即從唯一的最高原則推導出來的統(tǒng)一整體。

費希特堅持認為，哲學要統(tǒng)合思維與存在、自由與必然性，知識學就不能是從存在、經(jīng)驗出發(fā)的獨斷論，而只能是“批判的”或“先驗的”唯心論，它把出現(xiàn)在意識中的唯一確定的東西作為出發(fā)點，除此之外別無他途。費希特從康德哲學出發(fā)，以實踐理性統(tǒng)御理論理性，把主體的能動性視為人的一切認識與實踐活動的真正根據(jù)，從而把知識學唯一確定的出發(fā)點或最高原則稱為“自我”或“本原行動”。這個“本原行動”在主體（“被設定的”或有限的“自我”）與客體（有限的非我）的對立統(tǒng)一運動中不斷獲得有關(guān)自身及其理論與實踐行動的規(guī)定性，從而建構(gòu)起“一本導出萬殊”“萬殊歸于一本”的統(tǒng)一體系。

由于《全部知識學基礎(chǔ)》是在非常倉促的背景下發(fā)表的，費希特對其中的表述并不滿意。從1796年開始，他多次嘗試用新方法重新闡釋知識學。與最初的表述方式不同，這些新著述不但突顯了理智直觀的意義，還從實踐哲學開始，把理論哲學和實踐哲學結(jié)合起來，用實踐的東西說明理論的東西，進而闡明整個哲學。按照費希特最初的構(gòu)想，知識學以得到證明的原則為基礎(chǔ)，可以推演出包括自然哲學、法權(quán)哲學、道德哲學、宗教哲學等實在學科在內(nèi)的一切理論知識和實踐科學。在耶拿時期，費希特還非常重視法權(quán)學說和道德學說這兩門實踐哲學的講授與創(chuàng)作。這是因為前者關(guān)系到外在自由的實現(xiàn)，后者關(guān)系到內(nèi)在自由的實現(xiàn)。費希特自信知識學是“第一個自由的體系”，它“使人擺脫了自在之物、外部影響的枷鎖，在自己的第一原理中把人視為獨立不倚的存在者?！?/p>

“無神論事件”之后，在謝林等人的批評下，知識學開始發(fā)生明顯的變化。費希特逐漸認識到，耶拿知識學擁有的關(guān)于絕對自明性的知識并沒有超出認識而達到絕對。絕對是知識的原始根據(jù)，知識是絕對的表現(xiàn)或現(xiàn)象。費希特在不斷改進知識學的過程中，先后把知識學的最高根據(jù)看作絕對知識、絕對(存在)，最終又把絕對存在等同于上帝。隨著知識學原理的改變，相關(guān)的實踐哲學或“設定哲學”呈現(xiàn)出保守的傾向，但他對于人的理性與自由的立場并沒有改變，他始終堅信人類歷史的發(fā)展就是要“自由地、合乎理性地建立自己的一切關(guān)系。”因此，盡管他后期的國家學說偏愛國家主義，但他的宗旨在于振奮民族自信，把發(fā)展國民教育看作實現(xiàn)世界倫理秩序的必由之徑；他雖然以《約翰福音》來解讀知識學，但他也強調(diào)神圣的生命正是通過個體的自由行動表現(xiàn)出來的。

后期的費希特堅持認為，只有口傳心授的私人講課才能避免不必要的誤解和指責，從而不再公開出版重新闡發(fā)的知識學體系。這樣一來，其身后留下的十多種闡述知識學的手稿和聽課筆記長期不為公眾了解。隨著20世紀60年代以后巴伐利亞科學院版《費希特全集》的陸續(xù)出版，人們才重新發(fā)現(xiàn)了“另一個費希特”的重要價值。