政府主導(dǎo)的科技園區(qū)開發(fā)管理，在過去很長一段時間是市場的主流，作為科技園區(qū)開發(fā)運營中的核心，政府負(fù)責(zé)園區(qū)的投資開發(fā)，并成立專門管委會管理運營，通過創(chuàng)造相關(guān)的支持政策、稅收優(yōu)惠等條件積極引導(dǎo)高校、科研機構(gòu)、創(chuàng)新型企業(yè)孵化、重點企業(yè)培育等形式，推動園區(qū)產(chǎn)業(yè)集聚，并為園區(qū)搭建包括科研機構(gòu)、公共服務(wù)平臺等在內(nèi)的創(chuàng)新資源，促進創(chuàng)新成果的轉(zhuǎn)化落地。

政府主導(dǎo)型科技新城開發(fā)具有一定優(yōu)勢，通過強有力的規(guī)劃控制和引導(dǎo)，可以實現(xiàn)長期的持續(xù)性規(guī)劃意圖；能夠以較低成本獲取大量土地，并解決土地整理和基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)階段的資金問題；依靠資源和權(quán)力的集中，在招商公信力、政策、稅收等方面具有一定優(yōu)勢。但是此種模式也有一定缺陷，一旦政府在規(guī)劃引導(dǎo)、政策導(dǎo)向方面出現(xiàn)失誤，則有可能導(dǎo)致新城新區(qū)的供給與需求不匹配，導(dǎo)致社會資源的大量浪費；政府向公共事業(yè)投入大量資金，這些投資在短期內(nèi)難以獲得收益和回報，會造成沉重的財政負(fù)擔(dān)；此外，由于市場化程度不高，會出現(xiàn)一些效率低下、發(fā)展不均衡等問題。

隨著國內(nèi)經(jīng)濟發(fā)展水平的快速提升，十八大以來，政府不斷深化實施“轉(zhuǎn)變政府職能，深化簡政放權(quán)”、“發(fā)揮市場在資源配置中的決定性作用”等改革，出臺了一系列的政策，如中共中央、國務(wù)院于2015印發(fā)《關(guān)于深化體制機制改革加快實施創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展戰(zhàn)略的若干意見》中提出，要把握好技術(shù)創(chuàng)新的市場規(guī)律，讓市場成為優(yōu)化配置創(chuàng)新資源的主要手段。市場導(dǎo)向機制不斷健全，園區(qū)開發(fā)的政府主導(dǎo)模式也在快速發(fā)生變化，越來越多的市場機構(gòu)正化身為新時期產(chǎn)業(yè)園區(qū)建設(shè)的主力軍。

以孵化器為例，各類不同背景的投資主體具有不同的優(yōu)勢。高校、科研院所為投資主體的專業(yè)孵化器，其優(yōu)勢在于可以為入孵的企業(yè)提供高水平的技術(shù)支持，專業(yè)人員的技術(shù)指導(dǎo)，以及這個專業(yè)衍生出來的技術(shù)儀器的共享和服務(wù)。

而產(chǎn)業(yè)的頭部企業(yè)為投資主體的優(yōu)勢在于自身產(chǎn)業(yè)嫁接過來的上下游企業(yè)資源以及企業(yè)品牌的背書。同時，這類企業(yè)可為入孵企業(yè)提供市場的終端渠道，這對于初創(chuàng)型企業(yè)極具吸引力。頭部企業(yè)對產(chǎn)業(yè)特別了解，可針對入孵企業(yè)的特點提供專業(yè)化的研發(fā)條件、中試以及產(chǎn)業(yè)化的配套技術(shù)平臺，極大地減少初創(chuàng)企業(yè)在研發(fā)前期的投入成本。

還有一類為國有園區(qū)投資主體，資源整合能力是前兩者難以企及的，既有政府層面的政策支持，也實行市場化的運營模式。從技術(shù)驅(qū)動角度，可以聯(lián)合高?；蛘哒畽C構(gòu)建設(shè)專業(yè)的生物醫(yī)藥技術(shù)平臺；也可以整合孵化器內(nèi)企業(yè)，聯(lián)合共建技術(shù)服務(wù)平臺。就近解決在孵企業(yè)缺乏實驗設(shè)備儀器的困難，降低早期項目在設(shè)備儀器上的投入，縮短企業(yè)產(chǎn)品的開發(fā)周期，達到資源集中利用、規(guī)范管理，專業(yè)人員、專業(yè)技術(shù)共用、共享服務(wù)的效果，最大化地發(fā)揮產(chǎn)業(yè)集聚效應(yīng)。

在科技園區(qū)運行初期，除了為企業(yè)提供基本的孵化場地、辦公環(huán)境和公共服平臺之外，園區(qū)的運營方一般還會通過制定一系列產(chǎn)業(yè)、稅收、獎勵等政策降低入園企業(yè)門檻，提高企業(yè)入園積極性。待入園企業(yè)聚集到一定程度，有了一定的產(chǎn)業(yè)基礎(chǔ)后，通過為入園企業(yè)提供一系列包括人力資源、技術(shù)、資本、市場等諸多方面的組織、管理和服務(wù)，幫助企業(yè)順利生存、快速發(fā)展壯大。完善的進駐服務(wù)不僅為初創(chuàng)企業(yè)提供基礎(chǔ)型服務(wù)，降低了創(chuàng)業(yè)風(fēng)險，同時為高成長企業(yè)提供發(fā)展型、延伸型服務(wù)，滿足個性化需求。

現(xiàn)階段，包括科技園區(qū)的盈利模式大概可分為如下兩個層次，央企/國企具有較強的資源獲取能力以及和政府關(guān)系的維護能力，盈利來源一般以如下三個方式為主：一是主要依靠地產(chǎn)增值，通過相對較低的成本獲取土地資源，以出租或出售的方式供企業(yè)使用；二是政府補貼，包括各級政府對科技園區(qū)的定向獎勵性補貼和園區(qū)運營管理補貼等；第三是稅收分成。