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Nature社論:頂刊上腫瘤研究50%以上結(jié)果不能重復(fù)的幕后真相!

 菌心說 2022-04-18

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近期一項(xiàng)規(guī)模浩大的腫瘤生物學(xué)復(fù)現(xiàn)項(xiàng)目不盡人意。科學(xué)家們也嘗試找出原因,最近《自然》上就發(fā)表了相關(guān)社論,這項(xiàng)研究其實(shí)也和吃瓜科研群眾息息相關(guān),一起來看看幕后結(jié)果吧!

(https:///articles/71601)

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圖片來源:《自然》官網(wǎng)截圖

復(fù)現(xiàn)計(jì)劃的提出
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因?yàn)槭嗄昵安糠炙幤蟀l(fā)現(xiàn)無法重復(fù)許多腫瘤生物學(xué)論文中的結(jié)果,但并未指明是哪篇論文,也沒有確定復(fù)現(xiàn)的標(biāo)準(zhǔn),所以十年前一家開放科學(xué)中心和Science Exchange公司組織了一項(xiàng)癌癥生物學(xué) (RPCB) 結(jié)果復(fù)現(xiàn)計(jì)劃,目的在于檢測(cè)著名期刊中的高引用論文的結(jié)論是否可以復(fù)現(xiàn)。研究人員記錄了七種實(shí)驗(yàn)結(jié)果或“效果”;其中五個(gè)可以量化??傮w而言,46%的結(jié)果復(fù)現(xiàn)是成功的,也就是說有54%的結(jié)果無法重復(fù)。

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圖片來源:https://www./articles/d41586-021-03736-4

初步結(jié)果
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最明確的發(fā)現(xiàn)之一是實(shí)驗(yàn)性治療的效果(例如殺死癌細(xì)胞或縮小腫瘤),總體上比最初報(bào)道的低85%。可以說大部分腫瘤殺滅作用都沒辦法較好地重現(xiàn)。而且陰性結(jié)果往往更容易重復(fù)。出現(xiàn)這類現(xiàn)象可能有以下原因:①統(tǒng)計(jì)誤差;②原始研究或復(fù)現(xiàn)中的偏差;③復(fù)現(xiàn)者缺乏專業(yè)知識(shí),無法重復(fù)研究的關(guān)鍵操作。該項(xiàng)目的時(shí)間也比預(yù)期長了五年多,只覆蓋原計(jì)劃的四分之一評(píng)估實(shí)驗(yàn)。說明此類評(píng)估需要更多時(shí)間和精力。

復(fù)現(xiàn)操作也困難重重。所選的 53 篇論文中沒有一篇包含足夠的細(xì)節(jié)讓研究人員可以重復(fù)實(shí)驗(yàn)。因此,復(fù)現(xiàn)者必須聯(lián)系作者以獲取信息,例如注射了多少細(xì)胞、通過什么途徑或使用的準(zhǔn)確試劑。這些細(xì)節(jié)甚至連作者也無法提供,因?yàn)檫@些信息沒有被記錄或?qū)嶒?yàn)室成員已經(jīng)離開。三分之一的作者拒絕提供更多信息或沒有回應(yīng)。此外,復(fù)現(xiàn)者還必須向原始作者(例如細(xì)胞系、質(zhì)粒或模型生物)索取關(guān)鍵試劑,因?yàn)樗麄儫o法購買或從倉庫中獲取。不過好在大約 69% 的作者愿意分享他們的試劑,也有助于推動(dòng)整個(gè)計(jì)劃的實(shí)施。

更棘手的是,在一個(gè)實(shí)驗(yàn)室中有效的方法可能另一個(gè)實(shí)驗(yàn)室中完全無效,這可能是因?yàn)閷?shí)驗(yàn)室的硬件差異或方法學(xué)差異。例如:一項(xiàng)研究追蹤了某種類型的細(xì)胞是否有助于腫瘤的血液供應(yīng)。跟蹤這些細(xì)胞需要它們表達(dá)“報(bào)告”分子(即綠色熒光蛋白)。但是盡管進(jìn)行多次嘗試和調(diào)整,復(fù)現(xiàn)團(tuán)隊(duì)仍無法使綠色熒光蛋白報(bào)告基因在要跟蹤的細(xì)胞中充分表達(dá),因此復(fù)現(xiàn)實(shí)驗(yàn)被停止。

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圖:綠色熒光蛋白報(bào)告分子(右下角)

努力與進(jìn)步
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自項(xiàng)目開始以來,學(xué)界作出許多努力,以鼓勵(lì)作者分享更精確的研究方法學(xué)細(xì)節(jié)。例如:①Nature與其他期刊于2013年推出了可重復(fù)性檢查表。要求作者報(bào)告關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),例如所用動(dòng)物的品系、年齡和性別。②還鼓勵(lì)作者將實(shí)驗(yàn)協(xié)議存放在公共庫中,以便其他研究人員訪問。③于 2012 年發(fā)布Landis 4”標(biāo)準(zhǔn),以促進(jìn)嚴(yán)格的動(dòng)物研究。它們包括對(duì)盲法、隨機(jī)化和統(tǒng)計(jì)評(píng)估樣本量的要求。④發(fā)布注冊(cè)報(bào)告,這也是研究人員在進(jìn)行實(shí)驗(yàn)之前發(fā)布研究設(shè)計(jì)的一種文章格式。這意味著陰性結(jié)果”更有可能被發(fā)布。項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)陰性結(jié)果(Original null)更有可能被復(fù)現(xiàn)

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圖:陰性結(jié)果更容易被重復(fù),陽性結(jié)果則較難重復(fù)。

來源doi: https:///10.1038/d41586-018-07118-1

此外,美國國防高級(jí)研究計(jì)劃局 (DARPA)還增設(shè)獨(dú)立的驗(yàn)證團(tuán)隊(duì),研究團(tuán)隊(duì)必須協(xié)助并支持驗(yàn)證團(tuán)隊(duì)獲得同樣的關(guān)鍵結(jié)果,才能發(fā)表工作。不過此類驗(yàn)證需要額外分配3-8%的科研資金,所以廣泛實(shí)施難度也較大。未來也需要尋找更多解決方法。

總結(jié)

復(fù)現(xiàn)結(jié)果不是單純?yōu)榱藦?fù)現(xiàn),而是為了獲得對(duì)科學(xué)進(jìn)步至關(guān)重要的保證。小編認(rèn)為文章可重復(fù)性是一個(gè)大趨勢(shì),也就意味著發(fā)文章會(huì)越來越嚴(yán)格。目前高分文章都要求至少三組獨(dú)立重復(fù)實(shí)驗(yàn)證明一個(gè)結(jié)論,發(fā)表文章的同時(shí)還要提交細(xì)胞系、動(dòng)物品系等的檢測(cè)報(bào)告,要求來源可控,無支原體污染等等。捫心而論,目前能夠做到嚴(yán)格管控的實(shí)驗(yàn)室還較少,但未來是一個(gè)大趨勢(shì),科研群眾吃瓜同時(shí),也需要慢慢提高意識(shí),重視實(shí)驗(yàn)的可重復(fù)性,為未來的數(shù)據(jù)驗(yàn)證打下堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

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