首先我們要對測序過程有個基礎的了解，下圖為擴增子測序流程，結題報告包括下圖的序列聚類與數據分析兩部分。后續(xù)所有的數據分析都是基于OTU表進行的，這張表中包括我們測的所有序列中，有多少類型序列（OTU聚類或ASV降噪），然后將聚類完的類型序列與物種數據庫比對，得到我們測的所有序列中有哪些物種，每個物種有多少，即豐度的概念。

      下圖是16s測序的分析內容，展現了主要的分析內容，每個主要分析內容下有更細致的分析內容，這些小的分析內容，其實是可有選擇的使用，例如物種組成分析中有物種組成柱狀圖、分類等級樹圖、GraPhlAn進化樹圖、Krona物種組成圖，這幾個分析的內容都是在解決樣本中有哪些細菌，細菌的相對豐度是多少。一般文章中常用的是物種組成柱狀圖。有的老師會認為，文章中要包含所有的分析內容，其實不然，我們只需要結合自己的研究預期目的選擇合適的分析內容即可，并不是多多益善。下面我們就按照SCI文章的要求和寫作結構順序，一一跟大家介紹重點分析內容。

1. 文章在材料方法描述完以后進入結果部分，首先我們要交代一下這次測序的情況。例如我們測得的原始數據有多少，質控后的有效數據有多少，每個樣本質控后的有效數據占原始數據的百分比均高于百分之多少（90%），當然所占百分比越高，本次測序的效果越好。

    分類學組成分析，主要關注物種組成柱狀圖即可，這是測序中最基本的分析，通過該分析可以得到，每個樣本中有哪些物種組成，每個物種的相對豐度是多少。需要注意的是，該分析需要在具體的分類水平上看（門、綱、目、科、屬），由于二代測序在種水平上的準確率相對較低，所以在種水平上分析的較少，一般常在門和屬水平分析。描述可以從兩方面描述，一方面看主要的物種組成是什么（有哪些菌，在某一分類的具體水平），不同的比較組之間物種組成是否有差異。另一方面看同一物種的豐度在不同組間的差異，具體描述為升高或降低。從物種組成柱狀圖中就可以來比較不同組間物種組成是否有差異，但這個差異不具有顯著性之說。 

圖2. 物種組成柱狀圖

1. Alpha多樣性分析

1. 韋恩圖

4. 功能預測分析

圖9. 預測的KEGG二級功能通路豐度圖

    關聯網絡分析，可以用來展示樣本與物種之間的分布情況，通過對不同樣本間的物種豐度信息進行相關性分析。在微生物生態(tài)學的關聯網絡圖中，每個點可以代表群落中的一個ASV/OTU，兩個點之間是正相關還是負相關可以通過連線的顏色進行區(qū)分。此分析的作用是探究樣本中是否存在關系緊密的微生物，發(fā)揮特定的功能，并影響整個群落的組成變化，所以文章中是否選擇此分析必須要結合老師的研究思路。

    微生物擴增子測序中還有許多其它分析內容，以上是一些常用的基礎分析，在文章結構設計時，可以選擇其中幾個分析進行組合，有些是必須要有的，有些則需要結合實驗研究目的進行選擇。對于初次接觸測序的老師，一定不要被分析圖片的美貌所引誘，看起來復雜和精美的圖片可能并不能很好的解釋我們要討論的結果，反而會增加分析難度，根據文章目的取材，掌握最基礎的分析內容，足以支撐起一篇文章的結構。