昨天，我介紹了TASSEL的安裝和讀取plink基因型數(shù)據(jù)，使用TASSEL學(xué)習(xí)GWAS筆記（1/6）：讀取plink基因型數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)

這里，我們查看一下基因型數(shù)據(jù)導(dǎo)入后，如何對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控。

1. 導(dǎo)入后的基因型文件

導(dǎo)入后的基因型數(shù)據(jù)：

2. 對(duì)基因系數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控

這里TASSEL提供了SNP位點(diǎn)質(zhì)控和樣本質(zhì)控。

2.1 SNP位點(diǎn)質(zhì)控

這里，選擇次等位基因頻率為0.05，MAF小于這個(gè)的位點(diǎn)刪除，質(zhì)控后的基因型數(shù)據(jù)保存為*Filter為后綴。

2.2 樣本雜合度質(zhì)控

這里，我們沒有對(duì)樣本雜合度質(zhì)控，如果需要的話，可以設(shè)置雜合度的區(qū)間。

3. 基因型數(shù)據(jù)導(dǎo)出

很多時(shí)候，糾結(jié)plink數(shù)據(jù)如何轉(zhuǎn)化為hapmap格式，或者h(yuǎn)apmap格式如何轉(zhuǎn)化為plink格式，現(xiàn)在有方法了，在TASSEL過一遍，選擇導(dǎo)出格式就行了。

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編寫啥代碼，鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)不香嘛?。?！

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選擇基因型數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊File --> Save As

可以看到支持很多格式：

3.1 導(dǎo)出plink格式

選擇導(dǎo)出的格式為plink格式：

查看一下文件，re1-plink.plk.map, re1-plink.plk.ped

用git看一下導(dǎo)出的數(shù)據(jù)情況：

3.2 導(dǎo)出vcf格式

查看vcf結(jié)果：

3.3 導(dǎo)出Hapmap格式

查看導(dǎo)出的文件：

預(yù)覽一下hapmap格式：

3.4 導(dǎo)出Hapmap Diploid格式

設(shè)置：

文件預(yù)覽：

結(jié)果是二進(jìn)制文件，不能預(yù)覽。

3.5 導(dǎo)出HDF5格式

文件預(yù)覽：

結(jié)果是二進(jìn)制文件，不能預(yù)覽。

4. 基因型導(dǎo)入plink中質(zhì)控

這里，我們直接用導(dǎo)出的re1的plink文件，進(jìn)行質(zhì)控，質(zhì)控后再返回TASSEL中。

「質(zhì)控情況：」

• 22個(gè)樣本，由于缺失，刪掉了
• 99個(gè)SNP，由于缺失，刪掉了
• 0個(gè)SNP，由于哈溫平衡，刪除了
• 0個(gè)SNP，由于maf，刪除了

質(zhì)控后的結(jié)果保存為qc_plink.ped, qc_plink.map.

5. 質(zhì)控后的plink文件，導(dǎo)入到TASSEL中

點(diǎn)擊下面菜單：下拉菜單中，選擇plink格式：

選擇對(duì)應(yīng)的map和ped數(shù)據(jù)：讀取成功：