鄧鐵濤以唯物史觀和唯物辯證法為準繩，涉獵《周易》、《尚書·洪范》以及先秦諸子有關(guān)學說，結(jié)合歷代醫(yī)家理論及自己的體會，認為中醫(yī)五行學說來源于古代哲學，但又不是古代哲學，因為它與中醫(yī)臨床相結(jié)合，經(jīng)過歷代醫(yī)家的發(fā)揮，已成為中醫(yī)理論體系不可缺少的核心之一。

1962年11月16日，鄧鐵濤在《光明日報》“哲學”版上發(fā)表了題為《中醫(yī)五行學說的辯證法因素》一文，指出中醫(yī)的五行學說主要落實在藏象學說中，臟腑配五行，是經(jīng)過無數(shù)醫(yī)療實踐提煉出來的。反映了中醫(yī)把人體的功能歸納為五大系統(tǒng)（五臟），內(nèi)外環(huán)境都與這五大系統(tǒng)聯(lián)系起來，并用五行生克關(guān)系表達五大系統(tǒng)的互相依存，互相制約的關(guān)系，用以解釋生理、病理現(xiàn)象，指導診斷、治療與預防。通過該文，鄧鐵濤肯定了中醫(yī)五行學說具有樸素的辯證法因素。

1975年，鄧鐵濤就其研究心得，又發(fā)表了《再論中醫(yī)五行學說的辯證法因素》，指出：中醫(yī)五行學說不等同于古代哲學上的五行學說，后世中醫(yī)的五行學說，也不完全等同于秦漢以前醫(yī)學的五行學說，它在中醫(yī)學中有一個發(fā)展過程。它所概括的生克制化關(guān)系，實質(zhì)是臟腑組織器官之間，人與環(huán)境之間，體內(nèi)各個調(diào)節(jié)系統(tǒng)促進和抑制之間的關(guān)系，五行學說指導臨床治療過程，實質(zhì)是使人體遭到破壞的內(nèi)穩(wěn)態(tài)恢復正常的過程。從而肯定了五行學說隨著醫(yī)學歷史的發(fā)展，不斷豐富其辯證法因素。進一步指出這一學說值得研究和發(fā)揚。

鄧鐵濤認為，中醫(yī)學之發(fā)展，必須與時代各種最先進的自然科學與社會科學相結(jié)合。在此同時，中醫(yī)學本身首先要把原有的寶藏來一次大整理，使中醫(yī)的理論更加系統(tǒng)化、規(guī)范化。“陰陽五行學說”一直是中醫(yī)理論的核心之一，但“五行學說”在古代哲學上唯心主義者運用得較多，只有中醫(yī)學之五行學說一直與醫(yī)學之唯物辯證法相結(jié)合。而我國學術(shù)界對此了解甚少，因此一直懷疑中醫(yī)理論的科學性。日本的漢方就不信中醫(yī)的五行學說。如何向科技界展示中醫(yī)五行學說之精華——相互聯(lián)系的辯證法思想？鄧鐵濤迫切地感到應對五行學說加以發(fā)展，賦于它現(xiàn)代系統(tǒng)論的內(nèi)容。1988年，他在《廣州中醫(yī)學院學報》第2期發(fā)表了《略論五臟相關(guān)取代五行學說》，指出五行學說的精髓是強調(diào)以五臟為中心的臟腑組織之間，人與外環(huán)境之間等相互促進，相互抑制關(guān)系，主要是五臟相關(guān)關(guān)系。并提出用五臟相關(guān)說取代五行學說，指出五臟相關(guān)說提取、繼承了五行學說之精華，并賦予它現(xiàn)代系統(tǒng)論內(nèi)容，是五行學說的發(fā)展方向。 

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