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蛋白質(zhì)的肽修飾:泛素化、蘇木化和NEDD化(一)

 lcy1971 2021-01-31

蛋白質(zhì)的修飾有多種類型,除了常見(jiàn)的無(wú)機(jī)和有機(jī)小分子修飾,如磷酸化、糖基化、脂?;?,還有一類用小肽進(jìn)行修飾的,例如泛素化(ubiquitination)、蘇木化(SUMOylation)、NEDD化(neddylation)等。

泛素(ubiquitin)一詞來(lái)源于它在真核生物中普遍表達(dá)。泛素最初是在胸腺中發(fā)現(xiàn)的,被認(rèn)為廣泛參與T細(xì)胞和B細(xì)胞的分化,所以Goldstein等將其命名為UBIP(ubiquitous immunopoietic polypeptide)。

泛素結(jié)構(gòu)。Molecules. 2020 Dec; 25(24): 5933.

泛素修飾最主要的生化功能就是實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的選擇性降解。需要降解的蛋白被專門(mén)的酶(泛素連接酶)識(shí)別并與泛素連接,然后帶有泛素標(biāo)記的蛋白被蛋白酶體降解。

這一功能的發(fā)現(xiàn)可以追溯到1953年,Simpson 發(fā)現(xiàn)ATP可以促進(jìn)細(xì)胞中的蛋白質(zhì)降解。因?yàn)橐话愕牡鞍酌覆⒉恍枰狝TP,所以這一發(fā)現(xiàn)有些“不合理”,并未引起重視。直到1977年,Goldberg等報(bào)道,在網(wǎng)織紅細(xì)胞的提取液中加入ATP顯著促進(jìn)蛋白質(zhì)的分解。

紅細(xì)胞形態(tài)演變。百度圖片

網(wǎng)織紅細(xì)胞是紅細(xì)胞分化過(guò)程中的最后一個(gè)中間體,其細(xì)胞核已經(jīng)排出。在向成熟紅細(xì)胞轉(zhuǎn)化的過(guò)程中,許多蛋白已經(jīng)不再需要,因而被快速降解。所以網(wǎng)織紅細(xì)胞非常適合蛋白質(zhì)降解的研究,后來(lái)的許多重要發(fā)現(xiàn)都是在網(wǎng)織紅細(xì)胞中做出的。

1977年,Goldknopf等發(fā)現(xiàn)泛素可以與組蛋白2A通過(guò)異肽鍵連接。1979年,Hershko等發(fā)現(xiàn)網(wǎng)織紅細(xì)胞中的某種成分可以促進(jìn)ATP依賴的蛋白質(zhì)降解,后來(lái)從中純化出一種小分子蛋白,命名為ATP-dependent proteolysis factor(APF-1),1980年發(fā)現(xiàn)它就是泛素。

泛素-蛋白酶體系統(tǒng)。百度圖片

Hershko等提出了泛素假說(shuō):泛素通過(guò)E1(泛素激活酶)、E2(泛素結(jié)合酶)、E3(泛素連接酶)的多級(jí)反應(yīng),與目標(biāo)蛋白共價(jià)結(jié)合,形成聚泛素鏈,作為蛋白水解酶攻擊的標(biāo)記,從而使目標(biāo)蛋白迅速分解。1987年,Hough等從網(wǎng)織紅細(xì)胞中純化出能夠降解多聚泛素-蛋白偶聯(lián)物的蛋白酶體,完善了泛素-蛋白酶體系統(tǒng)學(xué)說(shuō)。

泛素-蛋白酶體系統(tǒng)(UPS)可以用來(lái)控制特定蛋白質(zhì)的壽命,從而調(diào)節(jié)多種細(xì)胞功能,如細(xì)胞分裂、DNA修復(fù)、免疫防御等。所以2004年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)被授予以色列理工學(xué)院的亞倫·西查諾弗(Aaron Ciechanover)和阿夫拉姆·赫什科(Avram Hershko),以及美國(guó)加州大學(xué)的歐文·羅斯(Irwin Rose),即1979年那篇論文的三位作者。

泛素研究獲得2004諾獎(jiǎng)。諾貝爾基金會(huì)

泛素與底物的結(jié)合是通過(guò)由E1、E2和E3催化的多步反應(yīng)進(jìn)行的。E1利用ATP水解產(chǎn)生的能量,使自身催化位點(diǎn)半胱氨酸的巰基與泛素的羧基之間產(chǎn)生硫酯鍵。然后,活化的泛素被轉(zhuǎn)移至E2的巰基上。最后,由E3將泛素轉(zhuǎn)移到特定的底物上。

泛素化的特異性由E3決定,所以E3有很多種,各自負(fù)責(zé)不同類型的蛋白。當(dāng)某一類蛋白需要加快降解時(shí),相應(yīng)的E3會(huì)被特定通路激活,從而將那些蛋白泛素化,通過(guò)蛋白酶體降解。據(jù)統(tǒng)計(jì),人類有兩個(gè)E1基因UBA1和UBA6,約五十個(gè)E2基因和700多種E3基因。

泛素化機(jī)制和E3類型。Molecules. 2020 Dec; 25(24): 5933.

E3泛素連接酶分為三個(gè)家族:HECT型,RING型和RBR型。HECT型包含HECT(homologous to the E6-AP carboxyl terminus)結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu)域通過(guò)一個(gè)半胱氨酸巰基接受來(lái)自E2的活性泛素,形成E3-泛素中間體。RING型含有C3HC4結(jié)構(gòu)的RING(Really Interesting New Gene)結(jié)構(gòu)域,不生成E3-Ub中間體,而是直接將泛素從E2轉(zhuǎn)移至底物。

RBR(RING-between-RING)型含有兩個(gè) RING域(RING1和RING2)和一個(gè)RING間(In-Between RING,IBR)結(jié)構(gòu)域。RING2在功能上類似于HECT域,包含一個(gè)保守的催化半胱氨酸,可接受活性泛素形成E3-Ub中間體。RING1負(fù)責(zé)募集E2并轉(zhuǎn)移泛素至RING2。

泛素化是一種可逆修飾,逆反應(yīng)由去泛素化酶(Deubiquitinating enzyme,DUB)催化。DUB不僅用于解除泛素化修飾,還參與泛素的成熟、編輯與回收,從而維持泛素系統(tǒng)的平衡。

病毒通過(guò)DUB影響先天免疫系統(tǒng)。J Mol Biol. 2017 Nov 10; 429(22): 3441–3470.

DUB還與感染過(guò)程相關(guān),許多病原體攻擊宿主細(xì)胞泛素系統(tǒng)以利于自己的生存和增殖。例如,先天免疫系統(tǒng)對(duì)于抵抗病毒侵襲具有重要作用,而其活性受到泛素化調(diào)控。腺病毒、皰疹病毒、冠狀病毒等可以編碼DUB,抑制干擾素和促炎細(xì)胞因子的表達(dá),降低先天免疫系統(tǒng)活性。

病毒DUB干擾先天免疫應(yīng)答。J Mol Biol. 2017 Nov 10; 429(22): 3441–3470.

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3. A Hershko, A Ciechanover, and I A Rose. Resolution of the ATP-dependent proteolytic system from reticulocytes: a component that interacts with ATP. Proc Natl Acad Sci U S A. 1979 Jul; 76(7): 3107–3110.

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