撒拉族的族源，根據(jù)民間傳說，有多種說法，一說是從土耳其來的,一說是從哈密來的，一說是從撒馬爾罕來的。學(xué)術(shù)界比較一致的意見是撒拉族源自中亞撒馬爾罕。

撒拉族先民從中亞撒馬爾罕一帶遷來的歷史，近年來被一些歷史學(xué)家證實(shí)。其祖圣尕勒莽、阿哈莽的墳?zāi)古c《古蘭經(jīng)》手抄本仍在街子清真大寺內(nèi)保存。一本土耳其文著作《回族源流考》中記載：“原住在撒拉克(今土庫曼境內(nèi))的尕勒莽和阿哈莽兄弟二人，帶領(lǐng)本族一百七十戶，離開此地東行至西寧附近定居下來。”從民族習(xí)俗來看，過去撒拉人結(jié)婚時往往表演“駱駝舞”或“駱駝戲”，其內(nèi)容就是追述先民從中亞撒馬爾罕遷來的經(jīng)過。

在撒拉族的主要成分究竟是以中亞哪個民族為主的問題上，學(xué)術(shù)界仍存在分歧，主要觀點(diǎn)有：一是以“撒馬爾罕人”為主說，認(rèn)為“早在元代，經(jīng)新疆遷入循化一帶的中亞撒馬爾罕人與周圍的藏、回、漢、蒙古族等民族長期相處，互相影響，逐漸發(fā)展而形成?！?二是以“撒魯克人”為主說，如《中國大百科全書·民族卷》認(rèn)為“據(jù)民間傳說，約在元代 （13世紀(jì)）居住在今撒馬爾罕的西突厥烏古斯部落撒魯克人的一支?！比且浴叭鲷敔柸恕睘橹髡f，認(rèn)為撒拉族形成過程中“不只是撒羅爾部唯一源泉組成新的民族而是逐漸融合了中亞各族以及周圍民族。這個過程中撒魯爾人占主導(dǎo)地位，并吸收了其他民族的優(yōu)秀文化形成了統(tǒng)一體?！绷d一之認(rèn)為“撒拉族的先民是烏古斯部的撒魯爾人”。米娜瓦爾認(rèn)為“撒拉族的先民屬撒魯爾人尕勒莽部” 。四是土庫曼斯坦的馬雷州說，認(rèn)為撒拉族先民更有可能來自于土庫曼斯坦的馬雷州，而撒馬爾罕則僅僅是其東遷時的必經(jīng)之地。

撒拉族祖先到循化定居后，與周圍藏、回、漢、蒙古等族長期雜居融合、繁衍，逐步形成一個穩(wěn)定的民族共同體——撒拉族。

撒拉族先民自元代由撒馬爾罕遷入中國境內(nèi)后，即受到元統(tǒng)治者的優(yōu)遇，其首領(lǐng)尕勒莽被授予積石州的世襲“達(dá)魯花赤”。尕勒莽之孫韓寶于明洪武三年（1370年）歸附明朝，三年后被授為積石州千戶所的世襲百戶，職銜是“昭信校尉管軍百戶”，正式確立了土司制度，撥屬河州衛(wèi)積石千戶所。韓寶成為撒拉族歷史上的第一任土司，此后子孫相傳。正統(tǒng)元年（1436年），韓貴因征戰(zhàn)有功，被授副千戶職，調(diào)赴涼州御敵。清代承續(xù)明代舊制，由地方官吏委任，稱外委土司。

清朝中后期，撒拉族人民進(jìn)行過多次反抗宗教壓迫與封建壓迫的武裝斗爭。如乾隆四十六年（1781年），就發(fā)生了由撒拉族蘇四十三和韓二個領(lǐng)導(dǎo)的反清起義，直接原因是撒拉族內(nèi)部新教與老教的斗爭。但其深刻的社會背景，則是清朝封建統(tǒng)治者和撒拉族土司、掌教等的殘酷壓榨所引起的民族矛盾、階級矛盾的普遍激化。隨著封建經(jīng)濟(jì)的發(fā)展，土地大量集中在土司、戶長（撒拉語稱為“哈爾”）和伊斯蘭教寺院的掌教等少數(shù)封建上層的手中。掌教控制寺院的土地和財產(chǎn)，子孫相承、世襲罔替，形成了掌教兼地主的封建門宦制度。不同的門宦、教派之間爭權(quán)奪利，給撒拉族人民帶來了無窮的災(zāi)難。廣大撒拉族貧苦農(nóng)民受著高租和重利的層層盤剝，生活十分艱難。新教提出的革除門宦和消滅土司等口號，反映了撒拉族廣大農(nóng)民反抗封建壓迫的愿望。對此，清朝封建統(tǒng)治者采取“邦扶舊教”、“盡洗新教”的“赦一剿一”的挑撥分化政策，實(shí)質(zhì)上是支持土司等舊勢力，因此斗爭又迅速轉(zhuǎn)化為撒拉族人民包括眾多的舊教信徒在內(nèi)的反清武裝起義。蘇四十三等起義首領(lǐng)殺死了前來鎮(zhèn)壓的清蘭州知府和副將，率領(lǐng)二千多人，由循化越過大力加山，攻下河州，包圍蘭州，給清朝以很大震動。同治年間（1862-1874年）和光緒二十一年（1895年），撒拉族人民又兩次掀起反清斗爭。1895年的起義，烽火遍及河湟，史稱“河湟事件”。這些起義雖終告失敗，但充分顯示了撒拉族人民反抗封建壓迫的英勇斗爭精神。

在此后的諸如太平天國、西北回族人民的反清起義，以及抗日戰(zhàn)爭和解放戰(zhàn)爭中，撒拉族人民都積極響應(yīng)，發(fā)揮了重要的作用。