KEGG，（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因與基因組百科全書）。是一個(gè)整合了基因組、化學(xué)和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫，旨在揭示生命現(xiàn)象的遺傳與化學(xué)藍(lán)圖。它是由人工創(chuàng)建的一個(gè)知識庫，是基于使用一種可計(jì)算的形式捕捉和組織實(shí)驗(yàn)得到的知識而形成的系統(tǒng)功能知識庫。另外，KEGG具有強(qiáng)大的圖形功能，它利用圖形來介紹眾多的代謝途徑以及各途徑之間的關(guān)系。

通過與世界上其他一些大型生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫的連接，KEGG可以為研究者提供更為豐富的生物學(xué)信息（LinkDB）。KEGG提供了Java的圖形工具來訪問基因組圖譜，比較基因組圖譜和操作表達(dá)圖譜，以及其他序列比較、圖形比較和通路計(jì)算的工具。

KEGG是一個(gè)綜合數(shù)據(jù)庫，它們大致分為系統(tǒng)信息、基因組信息和化學(xué)信息三大類。進(jìn)一步可細(xì)分為16個(gè)主要的數(shù)據(jù)庫。可以通過不同的顏色編碼來區(qū)分。

KEGG三類數(shù)據(jù)庫之間的關(guān)系：

KEGG對象標(biāo)識符。數(shù)據(jù)庫中包含各樣的數(shù)據(jù)對象，這些數(shù)據(jù)對象是為了用來對生物系統(tǒng)進(jìn)行計(jì)算機(jī)模擬的。因此，各個(gè)數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)記錄都被稱為KEGG對象。這些

KEGG PATHWAY Database(代謝通路數(shù)據(jù)庫)

KEGG GENES Database(基因數(shù)據(jù)庫)

KEGG LIGAND Database(配體數(shù)據(jù)庫)

KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫是一個(gè)手工畫的代謝通路的集合，包含以下幾方面的分子間相互作用和反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)：PATHWAY的五種類型：map 對于通路在中，一個(gè)表示一個(gè)基因、這個(gè)基因編碼的酶及這個(gè)酶參加的kec -Reference pathway (EC)：ec通路中的點(diǎn)只表示相關(guān)的酶

)：Reaction通路中的點(diǎn)只表示改點(diǎn)參與的某個(gè)反應(yīng)、反應(yīng)物對及反應(yīng)類型

對于KpathwayKEGG BRITE是一個(gè)層級分類的數(shù)據(jù)庫，包含生物系統(tǒng)各個(gè)方面的知識。相對于KEGGPATHWAY僅限于分子間相互作用和反應(yīng)，KEGGBRITE包含了許多不同的關(guān)系類型。例如，可以查詢酶和底物之間的關(guān)系，也可以查詢某種酶的同源基因。

四種的模塊：

(糖酵解，與三碳化合物相關(guān)的核心模塊)

(寡糖轉(zhuǎn)移酶)

(氨?；?tRNA合酶，原核生物)

(腸出血性大腸桿菌致病性特征，志賀毒素)

KEGG參考通路圖，BRITE功能層次以及KEGG模塊都是以一種廣泛的方式來表示，都可以用于所有物種。而直系同源與旁系同源：

(1).在進(jìn)化上起源于一個(gè)始祖基因并垂直傳遞的同源基因；

(3).功能高度保守乃至于近乎相同，甚至于其在近緣物種可以相互替換；

(5).組織特異性與亞細(xì)胞分布相似。

系同源paralogy基因是指同一基因組或同系物種的基因組中，由于始祖基因的加倍而的幾個(gè)同源基因與旁系的共性是同源，都源于各自的始祖基因區(qū)別在于：在進(jìn)化起源上，直系同源是強(qiáng)調(diào)在不同基因組中的垂直傳遞，旁系同源則是在同一基因組中的；在功能上，直系同源要求功能高度相似，而旁系同源在定義上，可能相似，但也可能并不相似盡管結(jié)構(gòu)上具一定程度的相似，甚至于沒有功能如基因家族中的假基因。

ko編號表示一個(gè)通路，這個(gè)通路是不分物種的，相當(dāng)于所有物種的這一通路的并集。

K編號表示一個(gè)基因，是ko通路中的基本單位，某一K編號代表的不是某一具體物種的基因，而是所有物種的某一同源基因的統(tǒng)稱。

KEGG GENOME Database：中了中物種eukaryotes, bacteria, 153 )，EST。

1.KEGG GENES是所有已知全基因組序列的基因目錄的集合。這些全基因組信息主要參考可得到的公共數(shù)據(jù)庫，尤其是NCBI RefSeq數(shù)據(jù)庫。這些基因從屬于SSDB(SequenceSimilarity Database)并通過KOALA工具進(jìn)行計(jì)算和KO編號的分配(基因注釋)。

3.KEGG EGENES是一個(gè)包含大部分植物的EST數(shù)據(jù)集的補(bǔ)充基因目錄，以上數(shù)據(jù)都隨著GENES被當(dāng)做一個(gè)參考數(shù)據(jù)集的使用被KAAS自動分配上KO編號。

5.VGENES表示病毒基因目錄，還沒有全部整合到KEGG系統(tǒng)中。

1.KEGG SSDB(序列相似性數(shù)據(jù)庫)包括全基因組中的所有蛋白編碼基因的氨基酸序列相似性的信息，這些信息是從KEGG中的GENES數(shù)據(jù)庫計(jì)算得到的。所有可能的成對基因組比較由SSEARCH程序來執(zhí)行，并且Smith-Waterman相似性分?jǐn)?shù)大于或等于100的基因?qū)贿x入SSDB數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)庫中還包括最佳匹配(besthits)以及雙向最佳匹配(best-besthits)序列的信息。

<span microsoft="" yahei";="">2.SSDB是一個(gè)如此巨大的加權(quán)的有向圖，這使得該數(shù)據(jù)庫可以被用于查詢直系同源和旁系同源基因，還可以在額外考慮染色體上位置正確性的情況下查詢保守的基因簇。

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