Nature (IF:43.07)|喬杰院士團(tuán)隊(duì)重構(gòu)人類胚胎著床過程轉(zhuǎn)錄和DNA甲基化組圖譜

天堂de小幸福 2019-09-14

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2019年8月22日，國際權(quán)威學(xué)術(shù)期刊《自然》（Nature，IF：43.07）在線發(fā)表了HRU中文版主編、北京大學(xué)第三醫(yī)院喬杰院士團(tuán)隊(duì)與北京大學(xué)BIOPIC湯富酬研究員團(tuán)隊(duì)合作的研究成果（Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human implantation）。該研究應(yīng)用體外模擬人類胚胎著床培養(yǎng)體系，經(jīng)過與高精度單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，首次闡述了人類胚胎著床過程（受精后第5~14天）基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化規(guī)律，解析了圍著床期胚胎發(fā)育的分子調(diào)控機(jī)制。這項(xiàng)研究圍繞早期胚胎發(fā)育，探索圍著床期胚胎發(fā)育的轉(zhuǎn)錄調(diào)控與DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化，促進(jìn)了對(duì)人類早期胚胎發(fā)育及著床機(jī)制的認(rèn)識(shí)，為臨床上反復(fù)流產(chǎn)、胎兒畸形等疑難病例的診治提供了新的理論依據(jù)。我們特別邀請(qǐng)喬杰院士團(tuán)隊(duì)，為大家介紹本研究的背景、主要研究結(jié)果以及研究的意義，分享這項(xiàng)工作背后的故事。

找到鑰匙，揭開黑匣子

人類胚胎發(fā)育起始于精卵結(jié)合，受精卵通過多次卵裂發(fā)育為由內(nèi)細(xì)胞團(tuán)和滋養(yǎng)層細(xì)胞組成的囊胚。人類囊胚著床一般發(fā)生在受精后的第5~7天，胚胎與子宮內(nèi)膜黏附并逐漸侵入，才能繼續(xù)發(fā)育形成胎兒。自然妊娠情況下，停育或流產(chǎn)的發(fā)生率高達(dá)20%以上。已造福數(shù)百萬不孕患者的輔助生殖技術(shù)，成功率一直徘徊在40%左右，即使經(jīng)過胚胎植入前遺傳學(xué)檢測(cè)，選擇染色體正常的胚胎進(jìn)行移植，仍然會(huì)有一半左右的胚胎著床失敗或早期流產(chǎn)。發(fā)生上述問題最重要的原因就是早期胚胎的發(fā)育異常。既往對(duì)著床過程的研究通常是使用小鼠等模式生物進(jìn)行。根據(jù)國際公認(rèn)的“14天原則”，對(duì)人類胚胎的研究允許到受精后14天，但由于技術(shù)的限制，很難獲得早期著床后（7~14天）的人類胚胎，人類圍著床期胚胎發(fā)育的過程仍然是一個(gè)“黑匣子”，有待揭開其中的奧秘。

我們課題組緊密圍繞早期胚胎發(fā)育過程，致力于包括著床前胚胎在內(nèi)的人類生殖系細(xì)胞發(fā)育過程中基因表達(dá)、表觀遺傳學(xué)調(diào)控特征和潛在的機(jī)制研究，先后建立了人類植入前胚胎和胎兒不同器官發(fā)育的基因表達(dá)或表觀遺傳圖譜，在Cell、Nature等國際知名期刊發(fā)表了系列研究成果。2013年，結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，繪制了人類著床前胚胎的高精度單細(xì)胞基因表達(dá)特征圖譜（Nature Structural & Molecular Biology，2013）；2014年，合作課題組利用新發(fā)展的微量細(xì)胞DNA甲基化組測(cè)序技術(shù)系統(tǒng)解析了人類著床前胚胎發(fā)育過程中DNA甲基化組重編程動(dòng)態(tài)特征（Nature，2014）；2015年，團(tuán)隊(duì)對(duì)人類多個(gè)發(fā)育階段原始生殖細(xì)胞進(jìn)行了深入系統(tǒng)地研究，發(fā)現(xiàn)人類原始生殖細(xì)胞的關(guān)鍵特征（Cell，2015）；2018年，利用單細(xì)胞DNA甲基化高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組、單細(xì)胞水平解析了人類著床前胚胎發(fā)育的DNA甲基化組圖譜（Nature Genetics，2018）。同年，借助單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)解析了人類著床前胚胎發(fā)育過程中DNA甲基化組和染色質(zhì)狀態(tài)組的重編程過程，以及染色質(zhì)狀態(tài)與DNA甲基化之間的相互關(guān)系（Nature Cell Biology，2018）。以上各項(xiàng)研究極大豐富了人們對(duì)于人類著床前胚胎與原始生殖細(xì)胞的基因表達(dá)和表觀遺傳調(diào)控規(guī)律的認(rèn)知。在此基礎(chǔ)上，本研究借助人類胚胎體外長時(shí)培養(yǎng)技術(shù)，模擬了人類胚胎的著床和早期著床后發(fā)育過程，合作團(tuán)隊(duì)利用單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)系統(tǒng)解析了這一關(guān)鍵階段調(diào)控胚胎細(xì)胞譜系分化的基因表達(dá)和表觀遺傳特征。

層層深入步步推進(jìn)

首先，我們根據(jù)已報(bào)道的胚胎培養(yǎng)策略重現(xiàn)了胚胎形態(tài)學(xué)動(dòng)態(tài)變化特征，結(jié)果顯示胚胎在無母體組織參與下能發(fā)育至第12/14天，并逐漸呈現(xiàn)出特異性的形態(tài)學(xué)特征（圖1）。

圖1 人類胚胎體外模擬著床生長過程（day6~12）

在證實(shí)了人類胚胎在囊胚后期逐漸具備體外自我重構(gòu)與著床的能力后，我們發(fā)現(xiàn)圍著床時(shí)期的胚胎基本維持了囊胚晚期的三個(gè)主要細(xì)胞譜系（上胚層、原始內(nèi)胚層、滋養(yǎng)外胚層），各個(gè)譜系均逐漸呈現(xiàn)出各自獨(dú)特的基因表達(dá)特征（圖2），例如上胚層呈現(xiàn)出明確的多能性轉(zhuǎn)變，原始內(nèi)胚層則逐漸開始表達(dá)卵黃囊發(fā)育相關(guān)基因（例如CD44），而滋養(yǎng)外胚層則逐漸開始表達(dá)激素相關(guān)基因（例如CGB家族基因），以上特征均提示胚胎在這一關(guān)鍵發(fā)育階段逐漸呈現(xiàn)出母胎連接預(yù)備狀態(tài)。

圖2 人類圍著床期胚胎的轉(zhuǎn)錄圖譜與分子特征

與著床相關(guān)的滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞特化成為合體滋養(yǎng)層和細(xì)胞滋養(yǎng)層兩類亞群，前者逐漸表達(dá)與妊娠建立相關(guān)基因（如CGB家族基因）。研究還發(fā)現(xiàn)了新的合體滋養(yǎng)層細(xì)胞標(biāo)志基因，如TCL6和TBX3（圖3）。

圖3 滋養(yǎng)外胚層（TE）兩類亞群的特征性基因表達(dá)譜

X染色體劑量平衡一直是發(fā)育生物學(xué)關(guān)注的焦點(diǎn)之一，X染色體失活（XCI）對(duì)于女性與男性之間X染色體基因表達(dá)劑量平衡具有重要意義。本研究發(fā)現(xiàn)雌性胚胎逐漸呈現(xiàn)出父源或母源X染色體隨機(jī)失活趨勢(shì)，但發(fā)育到12天的雌雄胚胎，X染色體劑量尚未達(dá)到平衡；另一方面，X染色體基因的表達(dá)量應(yīng)與常染色體劑量平衡，需要通過上調(diào)雌性或雄性中的X染色體（XCU）來實(shí)現(xiàn)（圖4）。在晚期胚胎單細(xì)胞中活躍的X染色體，需要上調(diào)至兩倍的表達(dá)劑量，達(dá)到和常染色體兩個(gè)拷貝同樣的表達(dá)劑量（X染色體/常染色體的表達(dá)劑量比從1:2上調(diào)到2:2）。該研究發(fā)現(xiàn)，著床階段，雌性和雄性胚胎細(xì)胞中均已啟動(dòng)X染色體上調(diào)，但尚未達(dá)到上調(diào)兩倍的狀態(tài)。

圖4 圍著床時(shí)期胚胎的X染色體劑量動(dòng)態(tài)變化過程

為進(jìn)一步分析胚胎著床過程中的基因組甲基化特征，利用團(tuán)隊(duì)研發(fā)的單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)對(duì)三類主要細(xì)胞譜系的DNA甲基化進(jìn)行了深度分析，結(jié)果顯示，三類主要細(xì)胞譜系在著床前，具有相似的DNA甲基化模式；著床后，均發(fā)生了重新甲基化，迅速獲得了各自獨(dú)特的DNA甲基化特征，例如，多能性基因POU5F1和NANOG在第8天滋養(yǎng)外胚層細(xì)胞中被特異性甲基化，而上胚層和原始內(nèi)胚層細(xì)胞則沒有（圖5）。這一結(jié)果表明，胚胎在著床過程中經(jīng)歷了表觀遺傳重編程，DNA甲基化參與了細(xì)胞命運(yùn)決定。

圖5 三類主要譜系在圍著床發(fā)育時(shí)期的

DNA甲基化水平動(dòng)態(tài)變化過程

厚積薄發(fā) 實(shí)現(xiàn)突破

本研究主要從胚胎發(fā)育的過程出發(fā)，探討了人類圍著床期胚胎發(fā)育過程中的基因表達(dá)調(diào)控和DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化規(guī)律，研究內(nèi)容與生殖醫(yī)學(xué)和發(fā)育生物學(xué)密切相關(guān)，結(jié)果系統(tǒng)闡述了人類圍著床期胚胎發(fā)育的過程。在投稿到《自然》雜志后，主編與審稿人對(duì)我們的研究表示出了濃厚的興趣，認(rèn)為該研究非常有意義，極大促進(jìn)了對(duì)人類胚胎著床分子機(jī)制的認(rèn)識(shí)。在補(bǔ)充大量試驗(yàn)、反復(fù)修改和討論后，論文于2019年8月22日在線發(fā)表。

本研究較全面地揭示了圍著床期胚胎主要細(xì)胞譜系基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。首次闡明了圍著床期胚胎中X染色體失活與上調(diào)兩種機(jī)制并存，調(diào)控早期胚胎中X染色體上基因表達(dá)劑量。進(jìn)一步揭示了DNA甲基化調(diào)控關(guān)鍵基因的轉(zhuǎn)錄，對(duì)維持細(xì)胞命運(yùn)與譜系分化具有重要作用。此項(xiàng)工作將人類早期胚胎分子機(jī)制的研究拓展到了圍著床期的階段，對(duì)研究早期胚胎發(fā)育及著床機(jī)制、探索著床失敗的原因具有重要價(jià)值，為臨床上早期流產(chǎn)、胎兒畸形等疑難病例的診治提供了新的理論依據(jù)。

持續(xù)創(chuàng)新，聚焦早期胚胎發(fā)育

本研究為優(yōu)化體外著床體系，以及多能干細(xì)胞的分化與胚胎發(fā)育相關(guān)研究提供了重要依據(jù)。未來，我們課題組將在此基礎(chǔ)上，進(jìn)一步探討人類體內(nèi)和體外胚胎發(fā)育的具體差異、著床期胚胎與子宮內(nèi)膜間的相互作用與關(guān)系、關(guān)鍵基因的功能和作用機(jī)制。對(duì)導(dǎo)致胚胎著床失敗關(guān)鍵機(jī)制的探索和確定，將指導(dǎo)我們改善和發(fā)展相關(guān)的治療方案，從而提高輔助生育技術(shù)的臨床妊娠率。

北京大學(xué)博士后周帆，博士生汪睿、袁鵬、任一昕、毛雨諾為該論文的并列第一作者，湯富酬教授和喬杰院士為論文的共同通訊作者。該項(xiàng)研究得到了北京市科學(xué)技術(shù)委員會(huì)、國家自然科學(xué)基金和國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃的支持。

本文由北京大學(xué)第三醫(yī)院袁鵬、任一昕博士供稿

參考文獻(xiàn)

1. Zhou Fan, Wang Rui, Yuan Peng, Ren Yixin, Mao Yunuo, Li Rong, Lian Ying, Li Junsheng, Wen Lu, Yan Liying, Qiao Jie, Tang Fuchou. Reconstituting the transcriptome and DNA methylome landscapes of human implantation. Nature, 2019;572(7771): 660-664.

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