|
近幾年NGS測序在臨床診斷中應(yīng)用越來越廣泛。陸續(xù)有NGS的試劑盒獲得CFDA批準(zhǔn)，業(yè)內(nèi)有較為成熟的解讀指南并仍在不斷完善，國內(nèi)也已組織過多次室間質(zhì)評以建立檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)之間的標(biāo)準(zhǔn)化規(guī)范。 但是，在國內(nèi)仍然存在科研成果的臨床轉(zhuǎn)化不足的現(xiàn)象。這里面除了客觀的政策環(huán)境、患者科普教育等問題以外，許多臨床醫(yī)生仍然存在“做測序是在做科研”的誤解。 在大家伙國慶七天樂的時候，新英格蘭醫(yī)學(xué)發(fā)表了一篇NGS用于臨床診斷相關(guān)的綜述，可以在一定程度上回答我們的疑惑。一起看看吧！  N Engl J Med 2018; 379:1353-1362 01 臨床NGS可作為診斷的工具 在這個章節(jié)，作者介紹了NGS測序的三種形式：panel測序、全外顯子組測序（Whole-Exome Sequencing，WES）、全基因組測序（Whole-Genome Sequencing，WGS）。這三種方法的測序范圍依次變大，從對幾個基因，直到對整個基因組測序。  Sanger測序、panel、WES和WGS一覽 sanger仍然是測序金標(biāo)準(zhǔn)。但從684個樣本的5個基因測序結(jié)果來看，NGS已達(dá)99.97%驗(yàn)證率； 2 不首選WGS全基因組測序，是因?yàn)闇y序和數(shù)據(jù)管理成本； 3 各測序均有其局限性，例如WES無法測序調(diào)控區(qū)域（內(nèi)含子、基因間區(qū)等）； 4 測序目的是為了尋找與臨床表型相關(guān)的基因變異； 5 如表型直接相關(guān)變異未檢出，次級發(fā)現(xiàn)（非與患者表型直接相關(guān)，但可致病，例如腫瘤相關(guān)基因BRCA1/2等）仍值得關(guān)注。 02 變異分類 由于NGS通量遠(yuǎn)高于sanger測序方法，通?？梢淮涡缘玫綌?shù)以千記的變異信息。如何篩選和評價(jià)這些變異與疾病的相關(guān)性變得十分重要。本節(jié)介紹了目前的情況。 根據(jù)進(jìn)化保守性、位點(diǎn)人群頻率和蛋白質(zhì)功能影響對位點(diǎn)進(jìn)行評估； 2 部分罕見疾病由于報(bào)道較少，可能出具報(bào)告時證據(jù)不足（注：從而給出可能致病或VUS，為后續(xù)解讀帶來挑戰(zhàn)）； 3 ACMG的五級變異分類方法被廣泛使用，ClinVar數(shù)據(jù)庫采用ACMG標(biāo)準(zhǔn)對位點(diǎn)進(jìn)行收錄； 4 臨床檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室主要報(bào)告基因 - 疾病關(guān)聯(lián)明確的變異； 5 有不少優(yōu)秀的數(shù)據(jù)庫致力于建立基因 - 表型之間的關(guān)聯(lián)，例如Gene-Matcher，DECIPHER和Phenome-Central。 03 診斷率和測試策略 NGS測序最終目的是獲得診斷。那么NGS的診斷率自然是大家最為關(guān)心的焦點(diǎn)。本節(jié)根據(jù)過往文獻(xiàn)對診斷率進(jìn)行了討論，并提出測試的策略。 基因panel 在遺傳背景清楚的情況下，基因panel通常有比WES、WGS更高的診斷率，因?yàn)樗臏y序深度更高，敏感度和特異性更好。在一項(xiàng)遺傳性視網(wǎng)膜疾病的222基因panel篩查中，診斷率可達(dá)55%； 2 在遺傳背景不確定的情況下，WES診斷率可能更高； 3 增加panel的基因數(shù)，診斷率并不能呈線性增加（小編注：因?yàn)槊糠N疾病都有核心的一部分基因）； 4 基因panel的成本可高可低，但一般低于WES； 5 基因panel可搭配其它技術(shù)一起使用，例如MLPA、毛細(xì)管電泳等。 WGS和WES 在臨床中，WGS和WES可用于基因panel診斷為陰性的患者； 2 WGS和WES的診斷率可達(dá)25%-52%，可能遠(yuǎn)超其它診斷工具，例如全基因組芯片（Chromosome Microarray Analysis，CMA）; 3 當(dāng)先證者父母一起參與測試時，三人測試（trio testing）可增加16%的診斷率； 最后，制定NGS測試策略時，需要考慮檢測的局限性、基因panel的設(shè)計(jì)、成本、納入已知的任何致病基因變異。 04 NGS臨床應(yīng)用 作者描述了NGS在臨床的具體實(shí)施細(xì)節(jié)。 常使用NGS的臨床醫(yī)生，通常背后都有一套成熟而復(fù)雜的工作流程； 2 NGS測序報(bào)告可為臨床診斷提供支持； 3 由于不同臨床檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室流程有差異，臨床醫(yī)生應(yīng)檢查和判斷； 4 患者知情同意的重要性； 5 還需要考慮患者的隱私和歧視問題。 05 報(bào)銷問題 作者還考慮了患者的檢測費(fèi)用問題，有如下考慮。 大眾和患者對于新技術(shù)的支付意愿滯后于技術(shù)的發(fā)展； 2 納入醫(yī)療保險(xiǎn)與否，取決于該測試是否為實(shí)驗(yàn)性的、研究性的或具臨床必要性的； 3 臨床醫(yī)生需提供檢測的合理性，和解釋患者的受益； 4 可有患者自費(fèi)和機(jī)構(gòu)援助計(jì)劃的方案； 5 NGS測序成本下降較快，需要對臨床實(shí)用性和成本效益進(jìn)行研究。 06 臨床實(shí)用性研究 上文提到了臨床實(shí)用性，在這一節(jié)進(jìn)行了闡述。 快速診斷可影響醫(yī)療管理，并通過減少嘗試性治療以節(jié)約成本； 2 在2項(xiàng)WES新生兒篩查項(xiàng)目中，診斷率分別為52%和51%，影響了25%和72%的臨床治療策略（注：25%的這個研究是平均6歲，72%的是平均33天。顯然越早做測序診斷越好）。 3 一項(xiàng)研究中，6名患者由于測序獲得診斷，而帶來醫(yī)療管理的改變，預(yù)計(jì)節(jié)省1-2百萬美元。 小編注：從數(shù)據(jù)可以看出，并不是所有患者進(jìn)行NGS檢測都可以獲得診斷，50％的診斷率是在某些特定領(lǐng)域，在我們的不育相關(guān)領(lǐng)域要相對偏低，約30%至40%；另外，由于目前藥物缺乏，能改變臨床治療方案的靶標(biāo)還較少。但快速診斷以減少嘗試性治療是患者受益點(diǎn)之一，可節(jié)省醫(yī)療資源。 07 挑戰(zhàn)與機(jī)遇 這一個行當(dāng)?shù)奶魬?zhàn)與機(jī)遇在哪里？ 數(shù)據(jù)的存儲、數(shù)據(jù)再分析和數(shù)據(jù)庫的創(chuàng)建和管理； 2 臨床意義不明（VUS）位點(diǎn)的再分析。 小編注：文章中提及的兩點(diǎn)，其實(shí)都與測序信息的爆炸式積累有關(guān)?？赡苓^一年甚至半年，就會多好幾篇文章，會出很多新的人群數(shù)據(jù)庫。之前的陰性結(jié)果可能會變?yōu)殛栃?，之前的ACMG評級也可能會有變化。這對臨床醫(yī)生和檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室提出了很高的要求，需要為這種飛速變化做好準(zhǔn)備。 08 健康人 這一節(jié)也就是講行內(nèi)所謂的“大健康”。由于民眾科普的缺乏，基因檢測被一些商家濫用和炒作，最終產(chǎn)生“科學(xué)算命”的社會惡劣印象。如何讓一位健康人正確利用自己的基因組數(shù)據(jù)，去預(yù)測疾病風(fēng)險(xiǎn)、指導(dǎo)用藥、指導(dǎo)生育等，并非易事，需要更多的數(shù)據(jù)和指南支持。 遲發(fā)性疾病的診斷； 2 常見疾病的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測，盡管有快速應(yīng)用的誘惑，但仍需要高質(zhì)量的科學(xué)方法，以及種族相關(guān)的數(shù)據(jù)和完善的非患病對照數(shù)據(jù)； 3 藥物基因組學(xué)，例如華法林劑量與SNP有關(guān)。 09 未來方向 作者對基因檢測用于診斷的未來進(jìn)行了展望。 整合RNA測序方法進(jìn)行診斷； 2 結(jié)構(gòu)變異的檢測（注：這需要WGS來做）； 3 可指導(dǎo)后續(xù)醫(yī)療決策的NGS測序（注：例如腫瘤領(lǐng)域，可以據(jù)結(jié)果選擇靶向藥）； 4 基因 - 疾病關(guān)系對現(xiàn)有和未來的研究有指導(dǎo)作用； 5 由于近五年的飛速發(fā)展，建議臨床醫(yī)生關(guān)注該領(lǐng)域。 |
|
|
