南北朝開始的時候，劉宋的開國皇帝劉裕殺掉了司馬皇族的成員，并且將司馬皇族滅了族。在此前一般對于前朝的皇帝基本上都處于善待的措施，而劉裕開了這個壞頭，以后前朝的皇帝基本上都會莫名其妙的死于非命。

因為劉裕是寒門出身，這一點決定了，他很難得到廣大士族的支持。在兩晉南北朝時代，士族擁有非常強大的實力。如果無法得到士族的支持，劉裕的皇位再加上他的皇朝是很難一直安穩(wěn)下去的。而這正是劉裕非常擔心的，因為司馬皇族和士族之間的關系相對來說好很多。司馬皇族的晉朝已經歷過100多年，在士族中中有廣泛的擁護者。雖然自己現(xiàn)在由于實力強大，能夠壓制住一切。但是一旦等自己百年之后，司馬皇族在士族的擁護下說不定會卷土重來，危害自己的子孫后代。所以在這種情況下，劉裕不得不采取斷然手段，將司馬皇族滅族，從而斷絕了士族在劉裕死后擁立司馬皇族復辟的可能性。

還有就是劉裕自己說自己是從漢朝劉氏皇族傳下來的，所以殺掉司馬皇族等于是為漢朝的滅亡報了仇。不過這個解釋有點牽強，因為漢朝是被曹操和曹丕滅亡和取代的。司馬皇族取代的是曹魏，只能算是間接的滅掉了漢朝。當然也可以有另外一種說法，因為劉備的蜀漢江山在漢獻帝被迫禪位之后建立，等于是東漢王朝的延續(xù)。而蜀漢江山正是被司馬昭所滅，所以從這一點上講，漢朝的法統(tǒng)等于是滅在了司馬昭手里。所以劉裕為了替漢朝江山報仇，滅掉司馬皇族，從這一點上說也勉強算說得過去。

也許有人會說劉裕將司馬皇族滅族過于殘忍，但是在歷史上殘忍的事情多了去了。別的不說，司馬皇族在篡位的過程中，殺了多少的人，簡直是數(shù)不勝數(shù)。也許有人說司馬家族對曹魏皇室還算可以，但是那是碰上了比較寬厚的司馬炎。如果是司馬懿或者是司馬昭都不會有那么好的結果。司馬懿在高平陵兵變之后一舉誅殺曹爽及其黨羽家族7000多人，司馬師和司馬昭后來在淮南幾次兵變中殺的人都是數(shù)以萬計，謀朝篡位這種東西從來都沒有仁慈科研，對敵人仁慈那就是對自己的殘忍。

不管怎么樣，劉裕開始了劉宋王朝的統(tǒng)治之后自然極其擔心自己皇朝的安危。在這種情況下，他殺掉了可能危及皇位的司馬皇族，等于是防患于未然。之后，雖然他的皇朝被推翻，但是東晉司馬皇族至少沒再起過什么作用了。