玄武門兵變引來了好多非議，很多李建成的舊部起來反叛。比如幽州羅藝就帶兵反叛李世民，類似的謀反高達(dá)十幾起，直接導(dǎo)致被牽連的人員高達(dá)40多萬人，其中大部分人被就地免職或者遣送回老家，有24000多人被逮捕下獄。直到貞觀三年李世民病重才大赦天下。

玄武門兵變時的李世民從實際上看處于嚴(yán)重劣勢，整個大唐的部隊有大約50萬人，其中李世民只占了10萬名部隊；而直屬于李建成跟李元吉的部隊有20萬人；另外20萬人則是歸李淵自己調(diào)撥。所以呢，李世民只獲得了5分之1的擁護(hù)，5分之2的旁觀中立，以及5分之2的不服與反對。

在玄武門兵變后，由于李淵宣布支持李世民，這使得李淵勢力直接支持了李世民。而李建成李元吉的勢力部分，李世民則采取了招降的辦法，這時候一些比較聰明的人基本上都重新投靠了過來，比如魏征等人。而另外一些人則頑固不化，說要起兵殺掉李世民給李建成李元吉報仇，比如羅藝等人。

李世民以故太子余黨為名全城搜捕，在長安城里只要跟李建成李元吉有牽連的人一律抓起來；對外則迅速派兵平定了那些反叛部隊。

貞觀三年，李世民得了一場怪病，病得很重。這也就是傳說中的李世民游陰間的起源。后來李世民病好了心情大好，直接宣布大赦天下，這時候那些在玄武門兵變被牽連的人才得以釋放回家。