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生信分析工具之輕松繪制維恩(Venn)圖

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-07-03

韋恩圖又稱(chēng)文氏圖,是科研文章中最常見(jiàn)的圖,可以用來(lái)表示多個(gè)數(shù)據(jù)集之間的關(guān)系。當(dāng)然也可以進(jìn)行集合運(yùn)算。今天給大家分享兩個(gè)快捷畫(huà)韋恩圖的工具。

Draw Venn Diagram

網(wǎng)址:

http://bioinformatics.psb./webtools/Venn/

打開(kāi)首頁(yè)是這樣的:

左側(cè)輸入數(shù)據(jù),這里既可以導(dǎo)入文件,也可以直接輸入組合的列表,如果輸入框不夠,可以點(diǎn)擊'Add'添加新的輸入框。

右側(cè)可填寫(xiě)對(duì)應(yīng)組合的名稱(chēng)。

例如我要取兩個(gè)數(shù)據(jù)集的交集基因,那就分別上傳兩個(gè)文件,并且命好名字,最后點(diǎn)擊提交就可以了。

接著就是下載結(jié)果:

首先是輸入數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)情況,之后是得到的維恩圖,有兩種格式(PNG和SVG)可以下載,最后是各區(qū)域的基因列表,此文件可以導(dǎo)出。

BioVenn

網(wǎng)址:

http://www./index.php

BioVenn只能繪制3維及以下的韋恩圖,不過(guò)圓圈的大小可以隨數(shù)據(jù)集大小而變化,并且對(duì)圖片的編輯選項(xiàng)也更多,更能映射到Ensembl gene ID。

打開(kāi)首頁(yè)如下,框選部分為按照實(shí)際的項(xiàng)目情況填寫(xiě)圖片標(biāo)題、副標(biāo)題和3個(gè)數(shù)據(jù)集名稱(chēng)。(注意:該軟件只能進(jìn)行 2 組以及 3 組之間的比較)

打開(kāi) OTU 豐度表,若組內(nèi)有多個(gè)重復(fù),可以求和,然后篩選出和大于 0 的 OTU,并將 OTU 名稱(chēng)輸入 ID set 框內(nèi),或選擇 txt 文件導(dǎo)入(excel 格式不識(shí)別)。

點(diǎn)擊 Embedded SVG 矢量圖生成即可,由于矢量圖清晰度比較高,建議生成 SVG 格式。

修改參數(shù)后生成如下維恩圖,圖中文字可以直接拖拽。

Bio-Venn 提供的在線繪圖方式簡(jiǎn)單易懂,只需要在文本框中輸入這些標(biāo)識(shí)符的列表,并按下提交按鈕即可。顏色和文本大小等參數(shù)可以通過(guò) web 界面輕松調(diào)整,文本的位置可以根據(jù)“拖放”原則進(jìn)行調(diào)整,輸出的維恩圖可以顯示為嵌入在web應(yīng)用程序中的SVG或PNG圖像,或者作為一個(gè)獨(dú)立的 SVG 或 PNG 圖像。

好了,今天小編就先給大家介紹這兩款簡(jiǎn)單易用的韋恩圖繪圖工具,希望對(duì)您的科研能有所幫助!

來(lái)源:互聯(lián)網(wǎng)

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