南宋的書(shū)院已建立起一套比較完備的制度。從辦學(xué)宗旨、培養(yǎng)目標(biāo)、教學(xué)內(nèi)容和方式，以及教師的選聘、學(xué)生來(lái)源及條件、經(jīng)費(fèi)籌集和組織管理等，都有了比較明確的規(guī)定和比較穩(wěn)定的條例。朱熹為白鹿洞書(shū)院親手?jǐn)M訂的《白鹿洞書(shū)院揭示》(也稱《白鹿洞書(shū)院教條》、《白鹿洞書(shū)院學(xué)規(guī)》)成為各書(shū)院的標(biāo)準(zhǔn)條規(guī)，為書(shū)院制度化建設(shè)作出了重要貢獻(xiàn)。

　　書(shū)院的規(guī)模進(jìn)一步擴(kuò)大，設(shè)施也漸趨完備，而且形成了較穩(wěn)定的建筑格局。一般書(shū)院多由祭祀設(shè)施、藏書(shū)樓、講堂、齋舍、生活設(shè)施五部分組成。講堂多達(dá)十余間，齋舍百余間，容納生徒和來(lái)訪者數(shù)百人。
　　書(shū)院教育的內(nèi)容和形式日益充實(shí)和豐富，教育特色更為突出和顯著。藏書(shū)、祭祀、講學(xué)都受到充分的重視，并且形成了相應(yīng)的制度，創(chuàng)設(shè)了較好的條件。
　　書(shū)院的藏書(shū)受到廣泛的重視。除請(qǐng)求朝廷御頒書(shū)籍外，還收藏友朋贈(zèng)書(shū)，并遣人四處購(gòu)書(shū)。專建藏書(shū)樓和書(shū)庫(kù)，委派專人掌管。不少書(shū)院著手自己編書(shū)、刊刻書(shū)籍。各書(shū)院差不多都成為當(dāng)?shù)匾粋€(gè)藏書(shū)最豐富的場(chǎng)所，因此成為一個(gè)地區(qū)的文化教育中心。
　　書(shū)院的祭祀活動(dòng)是一項(xiàng)特有的活動(dòng)內(nèi)容，也是書(shū)院教育的一大特色。祭祀活動(dòng)似乎帶有某種宗教色彩，實(shí)際上，通過(guò)書(shū)院祭祀的對(duì)象可以表明該書(shū)院的學(xué)術(shù)宗旨和特點(diǎn)。書(shū)院除一般供祀孔孟等先圣先師之外，特別重視供祀周、程、張等北宋的理學(xué)大師，表明書(shū)院大都與理學(xué)有關(guān)，是講理學(xué)的書(shū)院。不少書(shū)院都各有自己特有的供祀對(duì)象，多把本學(xué)派的創(chuàng)始人，或與該書(shū)院有密切關(guān)系的代表人物加以供奉，用以提高書(shū)院的社會(huì)地位，標(biāo)明或保持該書(shū)院的學(xué)派特點(diǎn)和學(xué)術(shù)特色。書(shū)院供祀與佛道寺觀的祭祀方式也有所不同，不是祈求某些神靈的保佑，而是為人樹(shù)立某種典型形象，是一種生動(dòng)的教育形式。
　　講學(xué)是書(shū)院的主要活動(dòng)內(nèi)容，也是書(shū)院作為教育機(jī)構(gòu)的重要標(biāo)志。書(shū)院的講學(xué)有許多新發(fā)展。講學(xué)人可慕名聘請(qǐng)，或書(shū)院主持人自講，還可臨時(shí)請(qǐng)名人講演。不同學(xué)派可以互相交流、論辯。如：朱熹曾邀請(qǐng)陸九淵到白鹿洞書(shū)院講“君子喻于義，小人喻于利”；黃榦〔gan干〕(朱熹的得意弟子)去廬山訪友，曾應(yīng)邀在白鹿洞書(shū)院講“乾坤二卦”；朱熹曾赴岳麓書(shū)院同張栻會(huì)講。名師在書(shū)院講學(xué)，聽(tīng)講者不限本書(shū)院師生，外地士子也可前來(lái)聽(tīng)講，如：黃榦在白鹿洞書(shū)院講“乾坤二卦”時(shí)，“山南北之士皆來(lái)集”。有的書(shū)院還曾實(shí)行高足弟子代講。如陸九淵在槐堂講學(xué)時(shí)，令弟子鄧約禮為齋長(zhǎng)，有求見(jiàn)問(wèn)學(xué)者，先令其從鄧問(wèn)學(xué)；在應(yīng)天山精舍講學(xué)時(shí)，又以從鄧約禮學(xué)習(xí)的傅子云代講。名師講學(xué)常把所講內(nèi)容整理成講義，學(xué)生聽(tīng)講也如實(shí)邊聽(tīng)邊記。如：陸九淵在白鹿洞書(shū)院講學(xué)的“書(shū)堂講義”，呂祖謙在麗澤書(shū)院講學(xué)也有“麗澤講義”。學(xué)生的聽(tīng)講筆記也常整理總匯起來(lái)，如：《朱子語(yǔ)類》140卷，就是輯錄朱熹99個(gè)弟子的多年聽(tīng)講筆記而成的。后世教學(xué)中教師的講義和學(xué)生的聽(tīng)課筆記大概就是由此沿襲而來(lái)的。南宋講學(xué)的優(yōu)良傳統(tǒng)，到明代書(shū)院又有進(jìn)一步發(fā)展，成為獨(dú)具特色的書(shū)院講會(huì)制度。
　　南宋書(shū)院數(shù)量多、規(guī)模大、地位高、影響廣，差不多取代了官學(xué)，成為當(dāng)時(shí)許多地區(qū)的主要教育機(jī)構(gòu)。

　　南宋書(shū)院的勃興是多方面因素促成的。概括起來(lái)，大概有四個(gè)方面的原因：
　　第一，官學(xué)的衰落。

慶歷以后把發(fā)展教育的重點(diǎn)寄托在興辦官學(xué)上，然而三次興學(xué)運(yùn)動(dòng)均告失敗，所存者也僅有學(xué)校的形式，而無(wú)教育的實(shí)績(jī)。
　　紹熙三年(公元1192年)吏部尚書(shū)趙汝愚在一份奏折中指出：中興以來(lái)，朝廷建太學(xué)，行貢舉，造成“奔競(jìng)之風(fēng)勝，而忠信之俗微”，學(xué)校中“工雕篆之文，無(wú)進(jìn)修之志”，“視庠序如傳舍，目師儒如路人，季考月書(shū)，盡成具文”(《《宋史·選舉志》)。
　　朱熹在《學(xué)校貢舉私議》中也說(shuō)：“所謂太學(xué)者，但為聲利之場(chǎng)，而掌其教事者不過(guò)取其善為科舉之文”，“師生相視漠然如行路之人，間相與言，亦未嘗聞之以德行道藝之實(shí)”，學(xué)?！坝种灰源倨涫壤埖茫懊翢o(wú)恥之心。殊非國(guó)家之所以立學(xué)教人之本意也”(《朱文公文集》)。
　　兵部侍郎虞儔〔chou愁〕曾上書(shū)指出：“近來(lái)州郡之學(xué)，往往多就廢壞。士子游學(xué)，非圖啜[饣甫]以給朝夕，則假衣冠以誑流俗。而鄉(xiāng)里之自好者，過(guò)其門而不入，為教授者，則自以為冷官，而不事事。自一郡觀之，若未甚害也，舉天下皆然，則實(shí)關(guān)事體也。”他激憤地說(shuō)：“朝廷建一官，蓋欲使之治一職，茍以為迂闊于事，無(wú)補(bǔ)于時(shí)，曷不一舉而廢之！吏祿學(xué)糧，猶可省也?！?《續(xù)文獻(xiàn)通考·學(xué)?？肌?
　　北宋的興學(xué)，提高了官學(xué)的社會(huì)地位，但是官學(xué)學(xué)生尤其是太學(xué)生成為一股強(qiáng)大的政治勢(shì)力，論陳時(shí)政，成為了風(fēng)氣。至南宋時(shí)，太學(xué)生伏闕上書(shū)，干預(yù)朝政的聲勢(shì)更加強(qiáng)烈，造成相當(dāng)大的社會(huì)影響和政治壓力。如：陳東在欽宗和高宗時(shí)曾七次上書(shū)，并領(lǐng)導(dǎo)了太學(xué)生請(qǐng)?jiān)高\(yùn)動(dòng)；光宗紹熙五年(公元1194年)太學(xué)生汪安仁等200余人上書(shū)；寧宗慶元元年(公元1195年)太學(xué)生楊宏中等六人上書(shū)；理宗淳祐十年(公元1250年)太學(xué)生劉黻〔fu伏〕等六人上書(shū)。因此，朝廷感到與其發(fā)展官學(xué)，不如鼓勵(lì)讀書(shū)士子在深山寂林創(chuàng)設(shè)書(shū)院閉門讀書(shū)、潛心修養(yǎng)更為可靠，至少可以減少許多麻煩。另一方面還有經(jīng)濟(jì)上的考慮。北宋興辦官學(xué)，上自太學(xué)，下至州府縣學(xué)，一切費(fèi)用概由官府負(fù)擔(dān)，需要大批經(jīng)費(fèi)，而國(guó)家經(jīng)濟(jì)實(shí)力又不足以維持?jǐn)?shù)量眾多的學(xué)校。南宋時(shí)，國(guó)家財(cái)政更為困難，盡管高宗曾宣稱：“朕不惜百萬(wàn)之財(cái)以養(yǎng)士”，究竟不免因?qū)嶋H困難而發(fā)生動(dòng)搖。朱熹在《建寧府崇安縣學(xué)田記》中記敘過(guò)州縣學(xué)經(jīng)費(fèi)困難的窘?jīng)r：“崇安縣故有學(xué)而無(wú)田，遭大夫之賢而有意于教事者，乃能縮取他費(fèi)之贏以供養(yǎng)士之費(fèi)。其或有故而不能繼，則諸生無(wú)所仰食，而往往散去，以是殿堂傾圯，齋館荒蕪?！敝祆涓袊@道：“然養(yǎng)士之需，至以天下之力奉之而不足，則亦豈可不謂難哉”，總不能老讓讀書(shū)人“歲終裹飯而學(xué)于我”吧！因經(jīng)費(fèi)困難致使官學(xué)時(shí)作時(shí)輟，難以維持，而自籌經(jīng)費(fèi)，置田設(shè)學(xué)的書(shū)院倒有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)，遂應(yīng)運(yùn)而盛。
　　第二，科舉制度的腐敗。

南宋官學(xué)的衰落和科舉制度的腐敗是互為因果的，在一定意義上說(shuō)，正是科舉制度的腐敗，進(jìn)一步加劇了官學(xué)的衰落。因此，南宋許多有志之士對(duì)官學(xué)的批評(píng)多從抨擊科舉制度的弊病著眼的。
　　南宋的書(shū)院都標(biāo)榜反對(duì)科舉。朱熹在復(fù)興白鹿洞書(shū)院時(shí)，就反復(fù)勖勉學(xué)生不要參加科舉，不要只想做官，不要追求利祿，應(yīng)當(dāng)牢記古代圣賢教人為學(xué)之意，講明義理，以修身心，然后推己及人。要像顏淵那樣，居陋巷而不改其樂(lè)，鉆研賢圣經(jīng)傳，只求明誠(chéng)兩進(jìn)，德業(yè)雙修，道藝并進(jìn)。朱熹的許多詩(shī)句都貫穿這種精神。
　　一首稱：
　　曰明誠(chéng)其兩進(jìn)，抑敬義其偕立。
　　允莘摯之所懷，謹(jǐn)巷顏之攸執(zhí)。
　　彼青紫之勢(shì)勞，亦何心于俯拾。
　　(《朱文公文集》卷一)
　　另一首稱：
　　青云白石聊同趣，霽月風(fēng)光更別傳。
　　珍重個(gè)中無(wú)限樂(lè)，諸郎莫若羨騰騫。
　　(《朱文公文集》卷七)
　　還有一首稱：
　　深源定自閑中得，妙用元從樂(lè)處生。
　　莫問(wèn)無(wú)窮庵外事，此心聊與此山盟。
　　(《朱文公文集》卷七)
　　都是提倡和鼓勵(lì)學(xué)生向顏淵學(xué)習(xí)，追求一種“孔顏樂(lè)處”的精神境界。
　　值得注意的是，南宋學(xué)者創(chuàng)書(shū)院講學(xué)，讀書(shū)士子熱心于求學(xué)書(shū)院，不同于唐末五代的士人隱居山林，以避戰(zhàn)亂的消極心態(tài)。朱熹等人也并非真的超俗出世，而是希望造就具有“德行道藝之實(shí)”的人才，以匡正天下，挽救世風(fēng)世俗。
　　第三，理學(xué)的發(fā)展和成熟。
　　理學(xué)的發(fā)展和成熟，促進(jìn)了南宋書(shū)院的勃興。南宋的書(shū)院多是宣講理學(xué)的書(shū)院，理學(xué)成為南宋書(shū)院的基本教育內(nèi)容；南宋的理學(xué)主要通過(guò)書(shū)院進(jìn)行傳播，南宋書(shū)院成為研究和傳播理學(xué)的重要基地。著名學(xué)者楊時(shí)說(shuō)：“學(xué)而不聞道，猶不學(xué)也?！比粲挂舱f(shuō)：“創(chuàng)書(shū)院而不講明此道，與無(wú)書(shū)院等?！彼^“道”，即道學(xué)之道，也就是理學(xué)之道。表明理學(xué)與書(shū)院的關(guān)系是極為密切的。
　　理學(xué)奠基于北宋時(shí)期。周敦頤、二程、張載、邵雍等人，反對(duì)漢唐經(jīng)學(xué)教育只重章句訓(xùn)詁、箋注，主張為學(xué)要講究明心養(yǎng)性，講明義理，認(rèn)為仁、義、忠、信不離乎心，本源于理，正心、誠(chéng)意、修身為為學(xué)之本，必須以《易》為宗，以《大學(xué)》、《中庸》為體，以孔、孟為法，構(gòu)建起理學(xué)的基本體系和框架。朱熹以畢生精力完成對(duì)《大學(xué)》、《中庸》、《論語(yǔ)》、《孟子》的注釋工作，合稱為《四書(shū)集注》，并推崇為“經(jīng)”的權(quán)威神圣地位，標(biāo)志著理學(xué)已進(jìn)入成熟階段，朱熹也成為理學(xué)的集大成者。
　　隨著理學(xué)體系的成熟，也就步入傳播階段，以便廣泛擴(kuò)大理學(xué)的影響。書(shū)院講學(xué)是傳播理學(xué)的最好方式和最佳途徑，因?yàn)闀?shū)院具有教學(xué)與學(xué)術(shù)研究相結(jié)合的特點(diǎn)，書(shū)院大都不受或較少受科舉考試的制約，便于自由講授，自由研討。因此，書(shū)院成為研究和傳播理學(xué)的最理想的場(chǎng)所，成為發(fā)展理學(xué)的學(xué)術(shù)教育基地。
　　理學(xué)形成了不同的學(xué)派，每一學(xué)派都創(chuàng)辦了一批各具特色的書(shū)院。如：朱熹復(fù)興白鹿洞書(shū)院，張栻主講岳麓書(shū)院，陸九淵講學(xué)于應(yīng)天山精舍和象山精舍，呂祖謙主講麗澤書(shū)院等。他們各以書(shū)院為基地傳播自己學(xué)派的學(xué)術(shù)思想，實(shí)現(xiàn)自己學(xué)派理想的教育目標(biāo)。特別是他們的弟子門人又各創(chuàng)書(shū)院，以擴(kuò)大影響，造成了書(shū)院繁盛的局面。
　　第四，印刷業(yè)的發(fā)達(dá)。

書(shū)院以藏書(shū)豐富為特征。自學(xué)讀書(shū)是書(shū)院教學(xué)的一大特色。藏書(shū)是書(shū)院教育活動(dòng)的重要內(nèi)容之一，也是書(shū)院教育的悠久的優(yōu)良傳統(tǒng)。
　　中國(guó)的印刷術(shù)是世界聞名的重大發(fā)明，長(zhǎng)期處于世界領(lǐng)先的地位。印刷術(shù)的發(fā)明，印刷條件的改善，是書(shū)院發(fā)展的重要條件。王應(yīng)麟在其所著《玉?！分薪忉寱?shū)院時(shí)稱：“院者，取名于周垣也?！本褪钦f(shuō)，書(shū)院就是指有圍墻院落的藏書(shū)、校書(shū)、讀書(shū)的場(chǎng)所。書(shū)院與書(shū)籍是不可分的。
　　南宋時(shí)期，印刷術(shù)又有了新的進(jìn)步，刻版印刷的發(fā)展，大大提高了刊印圖書(shū)的效率和質(zhì)量。除了官方的刊書(shū)機(jī)構(gòu)，大量出現(xiàn)私家書(shū)坊，為私人藏書(shū)提供了方便。書(shū)院藏書(shū)的條件得到了保障和改善，并且開(kāi)創(chuàng)了書(shū)院刊印圖書(shū)的歷史。后世圖書(shū)館藏書(shū)中的珍本書(shū)、善本書(shū)，一部分就是“書(shū)院本”。如：婺源麗澤書(shū)院在理宗紹定三年(公元1230年)重刻司馬光的《切韻指掌圖》二卷；龍溪書(shū)院于淳祐八年(公元1248年)刻《陳北溪集》50卷；象山書(shū)院于紹定四年(公元1231年)刻袁燮的《家塾書(shū)抄》12卷；建安書(shū)院于咸淳元年(公元1265年)刻《朱文公文集》100卷，《續(xù)集》10卷，《別集》11卷。
　　圖書(shū)的大量刊印，有利于圖書(shū)收藏，也為書(shū)院的發(fā)展提供了有利的條件。特別是書(shū)院刻書(shū)業(yè)的發(fā)展，擴(kuò)大了書(shū)院的社會(huì)影響，提高了書(shū)院的社會(huì)地位，也方便了書(shū)院的教學(xué)和研究工作的開(kāi)展和提高，對(duì)書(shū)院的勃興起了重要的推動(dòng)作用。