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【昊閱讀】m6A RNA甲基化修飾SCI論文由簡致難案例解讀

 生物_醫(yī)藥_科研 2019-01-25

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IF<>


基礎(chǔ)研究文獻案例


研究內(nèi)容:FTO表達與m6A總體水平增加引發(fā)的不孕相關(guān)

核心技術(shù)手段:RT-PCR; WB;siRNA敲降

關(guān)鍵發(fā)現(xiàn):

 69 例POI(卵巢早衰)和53例對照的卵巢顆粒細(xì)胞發(fā)現(xiàn):m6A總體水平在POI患者中顯著高于對照;在對照樣本中,F(xiàn)TO和ALKBH5基因mRNA和蛋白表達水平差異不顯著,而POI患者中,F(xiàn)TO mRNA和蛋白表達水平顯著低于ALKBH5基因。

● 10例POI小鼠和9例健康小鼠卵巢組織發(fā)現(xiàn):m6A總體水平在POI小鼠中顯著高于對照;在對照樣本中,F(xiàn)TO和ALKBH5基因mRNA和蛋白表達水平差異不顯著,而POI小鼠中,F(xiàn)TO mRNA和蛋白表達水平顯著低于ALKBH5基因。

● 顆粒細(xì)胞體外實驗研究發(fā)現(xiàn):FTO沉默增加了增殖率, 降低凋亡率并降低標(biāo)記物在細(xì)胞系中的表達;ALKBH5基因沉默沒有相關(guān)發(fā)現(xiàn)。


測序研究文章案例


研究內(nèi)容:m6A圖譜匯報

核心技術(shù)手段:MeRIP-seq 

關(guān)鍵發(fā)現(xiàn):

● 收集三個不同豬種(野豬、長白豬、榮昌豬)的肌肉和脂肪組織,進行MeRIP-seq,檢測m6A RNA甲基化修飾圖譜

● 在肌肉和脂肪組織的mRNA中分別得到5872和2826個peaks,主要富集在終止密碼子,3’非翻譯區(qū)及基因編碼區(qū)。

● GO分析發(fā)現(xiàn)不同樣本共有peaks所在基因與轉(zhuǎn)錄因子相關(guān),這表明m6A甲基化與核內(nèi)基因轉(zhuǎn)錄密切相關(guān)。

● 一些基因存在組織和物種間的m6A甲基化差異,并且有新的生物學(xué)功能。

● m6A甲基化程度與轉(zhuǎn)錄水平密切相關(guān),揭示了m6A對基因表達的調(diào)控作用。



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IF介于5~10


研究內(nèi)容:METTL3介導(dǎo)的m6A修飾在膠質(zhì)瘤干細(xì)胞樣細(xì)胞(GSC)維持和放射抗性中的重要作用

核心技術(shù)手段:MeRIP-seq ;RNA immune precipitation (RIP); siRNA敲降;小鼠模型構(gòu)建

關(guān)鍵發(fā)現(xiàn):

◆ 和分化的膠質(zhì)瘤細(xì)胞相比,膠質(zhì)瘤干細(xì)胞樣細(xì)胞中m6A RNA總量顯著增高;METTL3在膠質(zhì)瘤干細(xì)胞樣細(xì)胞中表達升高并在分化期間降低。 

RNA免疫沉淀研究發(fā)現(xiàn)SOX2是METTL3的真性m6A靶標(biāo),METTL3對SOX2 mRNA的m6A修飾增強了其穩(wěn)定性。 

◆ 基于GEO數(shù)據(jù)挖掘,SOX2的3'UTR有三個可能的METTL3結(jié)合位點。3'UTR缺失 SOX2的外源過表達顯著減輕了在METTL3沉默的GSC中觀察到的神經(jīng)球形成抑制。體內(nèi)METTL3結(jié)合和m6A修飾需要SOX2-3'UTR中的完整三個METTL3 / m6A位點的存在。

◆ 人抗原R(HuR)向m6A修飾RNA的募集對于METTL3穩(wěn)定SOX2 mRNA是必需的。此外,我們發(fā)現(xiàn)HuR優(yōu)先結(jié)合m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本。

◆ METTL3沉默的GSCs顯示出對γ-輻射的敏感性增強和DNA修復(fù)的減少。在METTL3沉默的GSC中(放射敏感性顯著)外源過表達3'UTR-less SOX2顯示出有效的DNA修復(fù)和神經(jīng)球形成改善。沉默METTL3可抑制RasV12介導(dǎo)的小鼠永生化星形膠質(zhì)細(xì)胞的轉(zhuǎn)化。 

◆ 膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(GBM)的METTL3轉(zhuǎn)錄水平升高,并且U87 / TIC(人腦細(xì)胞瘤腫瘤起始細(xì)胞)中的METTL3沉默抑制了顱內(nèi)原位小鼠模型中的腫瘤生長并延長了小鼠的存活時間。 

◆ METTL3轉(zhuǎn)錄物水平高,則預(yù)測GBM的存活率較低。


研究內(nèi)容:關(guān)鍵基因m6A修飾對衰老過程RNA穩(wěn)定性影響探究

核心技術(shù)手段:MeRIP-seq ;PAR-CLIP光活性增強的核糖核苷交聯(lián)和免疫共沉淀;miRNA microarray analysis;siRNA敲降

關(guān)鍵發(fā)現(xiàn):

◆ 11 例年老患者和11例年輕患者外周血單核白細(xì)胞(PBMC)MeRIP-seq,發(fā)現(xiàn)m6A-修飾RNA 片段數(shù)量在老化 PBMC 中較年輕人 PBMC 少,但 m6A-modified RNA 片段數(shù)量與總RNA量無相關(guān)性。

◆ 研究者接著聚焦一些重要的老化相關(guān)基因,作者發(fā)現(xiàn)與老化相關(guān)之 AGO2基因,其甲基化程度 及 RNA 表達皆在老化PBMC中降低。m6A修飾AGO2 mRNA可以保證其在年輕PBMCs中的穩(wěn)定性,主要通過甲基轉(zhuǎn)移酶和去甲基化酶的表達變化實現(xiàn)。

◆ 接著,作者在人類纖維母細(xì)胞(Human Diploid Fibroblast, HDF)中再次分析老化與年輕HDF 中之各RNA 表達量,AGO2 的mRNA甲基化程度及RNA 表達量同樣是于老化HDF 中較低,而當(dāng)HDF 中過表達m6A 甲基轉(zhuǎn)移酶時,AGO2的mRNA 之半衰期隨之增長,顯示m6A 修飾能穩(wěn)定AGO2 mRNA。

◆ 基于表達譜研究,作者發(fā)現(xiàn)在老化纖維母細(xì)胞中l(wèi)et-7 family miRNA 表達下降;敲降A(chǔ)GO2時,部分let- 7 family miRNA 表達量亦隨之下降。此外,研究中亦利用常用之老化標(biāo)記物 β-半乳糖苷酶(senescence associated β-galactosidase),將m6A 甲基轉(zhuǎn)化酶基因敲降之細(xì)胞染色,結(jié)果確實呈現(xiàn)衰老細(xì)胞特性?;谝陨希髡哒J(rèn)為 AGO2 的 m6A 修飾透過調(diào)節(jié)成熟 miRNA 表達量造成細(xì)胞衰老。 



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