雍正時期，西藏內(nèi)亂未平，青海戰(zhàn)火又起，青藏高原依然動蕩不安。

清初，蒙古族落首領(lǐng)顧實汗歸順清朝中央政府的領(lǐng)導(dǎo)。他去世后，他的子孫爭位，四年沒有結(jié)果，最后只能將青藏劃分開，子孫們各管一處。

隨后，西藏這一支，到了固始汗的曾孫這一代，被入侵的準(zhǔn)噶爾軍消滅政權(quán)。

青海這一支，缺乏統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)，大體上各部獨立為政，但都接受清朝的冊封，其中顧實汗的孫子羅卜藏丹津的勢力最大，他承襲親王爵位后曾隨同清軍進藏，驅(qū)逐準(zhǔn)噶爾勢力。

從地位來說，顧實汗的孫子羅卜藏丹津算是青海地區(qū)的一把手，但他不滿清朝將青海地區(qū)的政治權(quán)力分散給各部，他企圖在其集中領(lǐng)導(dǎo)下恢復(fù)他的爺爺——顧實汗曾經(jīng)一統(tǒng)青藏的輝煌。

1722年，康熙去世，鎮(zhèn)守西部邊疆的皇十四子回京奔喪，也有與親哥哥雍正爭奪帝位的意思，這讓羅卜藏丹津看到了造反的機會。

他先聯(lián)系策妄阿拉布坦，希望一起出兵反清，但策妄阿拉布坦不敢輕舉妄動，只是慫恿羅卜藏丹津叛清。于是他召集青海、蒙古各部，公開發(fā)動武裝叛亂，企圖將青海從清朝的管轄下獨立出去。

羅卜藏丹津下令各部恢復(fù)原來的稱號，不再稱清朝冊封的王、貝勒、貝子、公等爵號，不受清王朝導(dǎo)，并集結(jié)兵力進攻西寧。雖然沒有把西寧攻下，但中原通往西藏的道路卻被切斷，沿邊震動。

雍正做出迅速而強烈的反應(yīng)，任命年羹堯當(dāng)總司令（撫遠大將軍），岳鐘琪當(dāng)副總司令（奮威將軍），從陜甘調(diào)兵往青海平定反叛。青海地區(qū)的各部蒙古首領(lǐng)本就不情愿鬧獨立，只是受羅卜藏丹津的脅迫，聽說清軍將至，紛紛投降。

1724年，年羹堯根據(jù)有利形勢，下令“分道深入，搗其巢穴”。岳鐘琪抓住春草未長、叛軍人畜乏糧、分散屯駐牧養(yǎng)的時機，長驅(qū)直入，奇兵奔襲叛軍總部。率五千精兵，均是一人兩騎，換馬不換人，冒雪晝夜兼進，直撲羅卜藏丹津營帳。叛軍遭遇突如其來的猛攻，頓時潰不成軍。羅卜藏丹津見大勢已去，趁亂換上蒙古婦女的衣飾，帶了二百多人投奔準(zhǔn)噶爾。其母、弟、妹、妹夫一并被俘。岳鐘琪率軍乘勝追擊，一晝夜馳三百里，直到見不著敵人才還師。

平叛事件青海地區(qū)的蒙古族人帶來了厄運，人口由康熙時期的20多萬減至10多萬。而清將岳鐘琪兵不過萬，只用了15天時間，平定青海叛亂，創(chuàng)造了歷史上著名的成功戰(zhàn)例。大將軍年羹堯也憑借此役名揚朝野，震懾西陲。

至于羅卜藏丹津，后來在乾隆二十年（1755年），清軍在平定準(zhǔn)噶爾、攻占伊犁時將其俘獲。但乾隆對他寬大處理，免去死罪，軟禁北京，后來和他的親屬一起，被安置到內(nèi)蒙古監(jiān)視居住。

平定叛亂后，清朝采納了年羹堯的建議，對青海行政建制進行重大改革，青海地區(qū)完全置于清朝中央政府直接管轄之下。例如根據(jù)“宜分別游牧居住”原則，將青海蒙古族仿照內(nèi)蒙古分編為29旗，各旗劃定游牧界限，規(guī)定不得強占牧地，不得互相統(tǒng)屬，不得互相往來，這就從制度上杜絕了青海出現(xiàn)挑戰(zhàn)中央的政治強人的可能。