|

在生物技術(shù)進步的推動下,DNA測序已迅速成為臨床遺傳病診斷的重要工具。目前,使用靶向Panel或全外顯子組測序是臨床基因檢測使用的主要方法,然而全基因組測序隨著價格的下降有可能成為有競爭力的檢測方案。為了響應(yīng)將基因測序整合到臨床護理中并讓相關(guān)從業(yè)人員認識到其復(fù)雜性,特別是用于產(chǎn)前診斷疑似遺傳性疾病的胎兒時,國際產(chǎn)前診斷學(xué)會(ISPD)專家組、母胎醫(yī)學(xué)會(SMFM)、圍產(chǎn)期質(zhì)量基金會(PQF)聯(lián)合為提供此服務(wù)的從業(yè)者和實驗室列出了以下“需要考慮的要點”。 全外顯子組測序是用于評估胎兒的新興技術(shù),可用于超聲上檢測到的結(jié)構(gòu)異常胎兒。最近的一項系統(tǒng)性文獻綜述(2014年至2017年)揭示了具有結(jié)構(gòu)異常的胎兒的其基因診斷陽性率差異很大(6.2-80%),隨著入組胎兒標(biāo)準的完善,包括一家三口(trio)分析,胎兒多系統(tǒng)異常和關(guān)注結(jié)構(gòu)變異(包括拷貝數(shù)變異),發(fā)現(xiàn)陽性的可能性會提高。隨著這項新技術(shù)的實施,需要解決患者對基因檢測的健康專業(yè)教育。該檢測對臨床醫(yī)生提出了重大挑戰(zhàn),包括父母和/或胎兒的偶然發(fā)現(xiàn)是否需要報告,對家庭成員的影響以及未來重新分析的時間節(jié)點。我們搜集了目前能找到的文獻,包括系統(tǒng)評價,隊列分析,政策指南評價和專家意見,,以支持這一關(guān)于使用診斷全基因組測序進行產(chǎn)前診斷的聲明。我們還從第21屆ISPD產(chǎn)前診斷和胎兒治療年會上的小組討論中納入了要素和評論。 雖然在23條染色體中有30億個核苷酸(堿基對),但只有約1.5%的遺傳信息編碼人類基因組中的20,000個基因。較少數(shù)量的疾病相關(guān)基因(4,000-5,000個鑒定的基因)被稱為“臨床外顯子組”,并且這些選擇的基因可以在某些實驗室中進行評估。 該聲明的基本原則是,將新的遺傳技術(shù)引入生殖遺傳必須考慮到從現(xiàn)有的產(chǎn)前基因檢測中汲取的經(jīng)驗教訓(xùn),考慮創(chuàng)新的影響,關(guān)注患者和醫(yī)生的教育,以及考慮更廣泛的道德和社會問題。 協(xié)會就產(chǎn)前診斷基因組測序的臨床應(yīng)用得出以下共識意見,包括全外顯子組測序,使用臨床小組的靶向分析和全基因組測序,以下稱為測序: 引入診斷測序時需要在胎兒的標(biāo)準診斷基因檢測(例如染色體微陣列分析CMA)為陰性結(jié)果之后,或者根據(jù)公認的實踐指南與芯片同時檢測,或者專家認為根據(jù)胎兒表型異常測序比芯片檢測得到陽性結(jié)果的可能性更大。 由于驗證數(shù)據(jù)不足以及有關(guān)其益處和缺陷的知識,目前無法支持臨床常規(guī)使用產(chǎn)前測序作為診斷測試,業(yè)內(nèi)需要有足夠人口數(shù)量進行驗證的前瞻性研究,一旦完成,可能會導(dǎo)致確認或修訂該聲明。
目前,理想情況下是按照科學(xué)研究思路來完成。 或者,當(dāng)懷疑某種遺傳疾病時,可以在科研的框架之外進行測序,通過測序可以更快速和準確地獲得確證性遺傳診斷。此類病例應(yīng)在與具有測序臨床診斷應(yīng)用專業(yè)知識的多學(xué)科團隊與基因?qū)I(yè)人員協(xié)商,并在專家指導(dǎo)下進行管理,包括基因組測序結(jié)果的解釋以及它們?nèi)绾无D(zhuǎn)化為產(chǎn)前環(huán)境,以及產(chǎn)前影像學(xué)和咨詢。 要考慮的要點 對于基因組測序的所有診斷應(yīng)用,無論是在科學(xué)研究環(huán)境中還是在臨床上,建議考慮以下重點: 胎兒適應(yīng)癥的診斷測序最好采用trio(一家三口)進行,其中胎兒和兩個親本樣品一起測序和分析。該方法目前有利于結(jié)果解釋的及時性,并有助于為檢測到的變異評估致病性。如果僅進行先證者測序,則診斷或潛在診斷發(fā)現(xiàn)的候選位點需要對父母進行驗證以評估是否符合遺傳模式。 目前在胎兒期鑒定的遺傳疾病的基因型 - 表型相關(guān)性有限,因為超聲成像經(jīng)常受到限制,并且許多病癥的胎兒表型尚未得到很好的描述。因此很難確定測序應(yīng)該集中在懷疑與胎兒表型相關(guān)的有限數(shù)個基因中,還是應(yīng)該使用全外顯子方法。同樣很難確定通過全外顯子測序發(fā)現(xiàn)的變異的解讀是否應(yīng)遵循兒童和成人的位點報告一般指導(dǎo)原則,或者在產(chǎn)前環(huán)境中是否限制那些能夠解釋表型、更加嚴格標(biāo)準的變異。 提供胎兒適應(yīng)癥測序,進行檢測前教育和咨詢,獲得知情同意,進行檢測后咨詢和結(jié)果披露的提供者必須深入了解胎兒和其父母的益處和風(fēng)險。結(jié)果解釋和測試后咨詢非常復(fù)雜,最好與多學(xué)科團隊協(xié)商進行,該團隊需要在產(chǎn)前診斷和胎兒測序的臨床和實驗室方面具有專業(yè)知識和經(jīng)驗。理想情況下,團隊成員可以訪問所有臨床記錄,測序結(jié)果和胎兒影響資料。 廣泛的測試前教育,咨詢和知情同意以及測試后咨詢至關(guān)重要。 建議至少考慮以下要素: A.應(yīng)盡可能提供個性化的、父母雙方的測試前教育和咨詢。這種咨詢需要平衡解釋可能的知識差距與可變遺傳知識和時間限制的方式傳達詳細且通常復(fù)雜的遺傳信息。 B.替代或補充個體化的面對面遺傳咨詢的患者教育工具的有效性應(yīng)在引入臨床護理之前應(yīng)進行評估。 C.由于診斷測序可以揭示影響父母和家庭單元中的一個或兩個的胎兒的遺傳信息,理想情況下,都應(yīng)征得兩個親生父母(如果可能的話)提供胎兒測序的同意。然而,對于所有產(chǎn)前程序,孕婦可以單獨提供對她進行的侵入性程序的同意以獲得胎兒遺傳物質(zhì)。 D.如果進行trio測序,每個父母應(yīng)該為他或她自己的樣本的測序提供單獨的知情同意。
E.對于每個分析的基因組,測試前咨詢和知情同意必須解決以下問題 ⅰ報告的結(jié)果類型(致病性,可能致病性,具有不確定意義,可能良性和良性的變異)。 ⅱ 關(guān)于獲得臨床重要結(jié)果的可能性的期望。 ⅲ 獲得結(jié)果的時間周期 ⅳ沒有獲得結(jié)果的可能性(例如與樣品質(zhì)量有關(guān)),或者在胎兒出生之前可能無法獲得結(jié)果。 ⅴ 在結(jié)果中是否包含或排除偶然發(fā)現(xiàn)(例如意外的兒童疾?。?/span> ⅵ 在結(jié)果中是否包含或排除次要發(fā)現(xiàn)(例如癌癥易感基因)。 ⅶ 如何處理在胎兒樣本中發(fā)現(xiàn)的但成人發(fā)病的致病突變。 ⅷ 發(fā)現(xiàn)非親子關(guān)系或親密關(guān)系的可能性(例如血緣關(guān)系或胎兒親生父母之間的亂倫關(guān)系)。
ⅸ 結(jié)果報告和測試后咨詢將基于當(dāng)前的知識。隨著時間的推移,我們對疾病基因的知識,序列變異的致病性和胎兒表型上可能會發(fā)生變化。應(yīng)包括有關(guān)樣本和/或數(shù)據(jù)存儲以及重新分析基因數(shù)據(jù)的信息。 ⅹ 數(shù)據(jù)共享在抹除個人敏感信息數(shù)據(jù)庫中的重要性(ISPD,SMFM和PQF認可ACMG的立場,即實驗室和臨床基因組數(shù)據(jù)共享對遺傳醫(yī)療保健至關(guān)重要)。如果可以,則應(yīng)獲得存儲此數(shù)據(jù)的同意,并應(yīng)告知家長誰可以訪問以及用于何種目的。
F 測試后咨詢和結(jié)果返回應(yīng)考慮到測試前患者的選擇,包括將返回哪些結(jié)果。建議對所有受檢者提供測試后咨詢,包括那些測序沒有產(chǎn)生臨床有用信息的受檢者。 胎兒測序診斷的科學(xué)和臨床應(yīng)用仍然是一個不斷發(fā)展的領(lǐng)域,缺乏大量研究,證據(jù)有限,盡管證據(jù)在迅速增加,早期經(jīng)驗為實驗室和臨床醫(yī)生提供以下建議,為胎兒以下適應(yīng)癥可以提供測序診斷: 目前懷孕的胎兒有一個主要的異?;蚨嗥鞴傧到y(tǒng)異常,提示可能為遺傳病因,但在CMA檢測為陰性,或者在沒有CMA結(jié)果的特定情況下,經(jīng)過多學(xué)科審查和共識,胎兒具有多個異?!澳J健?,強烈懷疑單基因遺傳病。 父母先前生育過一個主要先天異常或多個器官異常(提示為遺傳病因)而未診斷的胎兒,本次胎兒有相似表型但核型或CMA為陰性結(jié)果。此外,當(dāng)這些父母進行孕前咨詢并且沒有先證者胎兒的樣本時,或者如果本次懷孕期間無法獲得胎兒樣本,則認為可以為親生父母提供測序以尋找解釋胎兒表型的常染色體隱性突變。然而,在可能的情況下,優(yōu)先選擇從先前的異常胎兒或兒童獲得用于外顯子組測序的組織。 具有病因不明的復(fù)發(fā)性死產(chǎn)史而核型和/或CMA檢測后仍然病因未明,當(dāng)前妊娠中的胎兒具有相似的的表型異常。 目前沒有證據(jù)表明支持對胎兒組織進行常規(guī)檢測(非基因測序方法)的適應(yīng)癥,這些胎兒組織是通過侵入性產(chǎn)前手術(shù)(羊膜穿刺術(shù),CVS,臍帶穿刺術(shù),其他)獲得的。
盡管證據(jù)仍然有限,但早期經(jīng)驗還支持以下針對質(zhì)量標(biāo)準,變異解釋和結(jié)果返回的臨床診斷或研究實驗室的建議: 應(yīng)遵循為其他用途(如兒童遺傳病)臨床測序診斷制定的實驗室質(zhì)量標(biāo)準,生信分析和變異注釋原則。與所有診斷測試一樣,這應(yīng)僅在具有產(chǎn)前基因組診斷測試和解釋相關(guān)經(jīng)驗的認可診斷實驗室中進行。 關(guān)于胎兒表型的臨床信息是解釋測序數(shù)據(jù)不可或缺的組成部分,在開始測試之前,臨床信息必須由推薦的臨床醫(yī)生以標(biāo)準化格式提交,推薦優(yōu)先使用人類表型本體術(shù)語(HPO)。此外,臨床醫(yī)生應(yīng)提供影像數(shù)據(jù)(簡要報告即可并且最好提供相關(guān)圖像作為補充)以支持胎兒表型發(fā)現(xiàn)。作為測試申請過程的一部分,鼓勵實驗室建立系統(tǒng)以便于提交標(biāo)準化表型信息。 初始變異注釋和致病性分類最好由診斷實驗室執(zhí)行。應(yīng)通過胎兒表型和其他相關(guān)臨床信息來了解致病性和對臨床的意義。最好采用基于團隊的多學(xué)科方法,包括臨床科學(xué)家,臨床遺傳學(xué)家或具有產(chǎn)前專業(yè)知識的遺傳咨詢師,以及產(chǎn)前診斷專家,以便考慮所有相關(guān)的臨床信息。 考慮到測序數(shù)據(jù)的復(fù)雜性,實驗室和轉(zhuǎn)診臨床醫(yī)生之間的對話,強烈建議在相關(guān)臨床專家的支持下進行最終解釋。 來自胎兒樣品的測序數(shù)據(jù)的結(jié)果報告最好集中于與胎兒表型相關(guān)的基因中的致病性和可能致病性變異 一些實驗室可能會報告胎兒表型的強候選疾病基因中具有不確定意義的變異,例如,在與胎兒表型相關(guān)的常染色體隱性基因中,當(dāng)致病性(或可能致病性)變異遺傳自一個父母以及來自另一個父母的臨床意義不明的變異。這應(yīng)該在測試前咨詢中提及,在這些情況下,強烈建議專家進行遺傳測試后咨詢。 一些實驗室可能會報告導(dǎo)致中度至重度兒童期發(fā)病和成人發(fā)病基因的致病性變異和可能致病性變異。這種做法可依情況而定,在測試前咨詢期間應(yīng)始終詳細說明。在這些情況下,具有遺傳咨詢專業(yè)知識和與該病癥相關(guān)的兒科專業(yè)知識的人員應(yīng)提供測試后咨詢。 當(dāng)進行trio測序時,實驗室可能會報告其他臨床重要發(fā)現(xiàn),例如嚴重兒童疾病的父母攜帶者狀態(tài),這可能對目前測試或未來的懷孕產(chǎn)生影響。在檢測前咨詢和知情同意過程中,應(yīng)解決父母樣本結(jié)果披露的策略。 建議對可能使未來懷孕處于危險中的先前胎兒,嬰兒或其他相關(guān)家庭成員獲得不確定或無信息的測序結(jié)果進行審閱評估,在可能的情況下,如果計劃懷孕或已懷孕,并且距離上次報告已經(jīng)過去了很長時間,則應(yīng)進行重新分析(在知情同意后)。 建議結(jié)果披露包括有關(guān)父母未來的生殖檢查項目選擇 建議以科普的語言向家長提供有關(guān)結(jié)果,遺傳咨詢及其生殖選擇的書面信息,其格式易于為將來的生殖決策提供參考
結(jié)論 ISPD,SMFM和PQF聯(lián)合立場聲明反映了2017年11月準備用于共識討論的數(shù)據(jù)和技術(shù)。我們認識到基因組技術(shù)正在迅速發(fā)展,關(guān)于其用于胎兒疾病和畸形的產(chǎn)前診斷評估的科學(xué)和臨床知識仍然不完整且不斷變化。醫(yī)療行業(yè)需要廣泛的衛(wèi)生專業(yè)教育,以便能夠適當(dāng)實施和提供臨床有效和有益的胎兒測序。需要在該領(lǐng)域進行臨床和轉(zhuǎn)化研究,并且政府應(yīng)優(yōu)先考慮為這個方向提供資金支持??紤]到不斷發(fā)展的科學(xué),臨床,倫理和社會背景,最新的研究結(jié)果可能會進一步完善和修改這一聲明。
|