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好的樣品,是實(shí)驗(yàn)成功的首要條件,尤其是組學(xué)這類對(duì)樣品要求極高的實(shí)驗(yàn)。 那么,我們要怎樣采集處理樣品呢?這里我們給大家列舉了質(zhì)譜檢測(cè)中幾種常見(jiàn)的樣品準(zhǔn)備方式   選取新鮮組織,剔除無(wú)關(guān)的干擾組織(血管、脂肪、結(jié)締組織等); PBS/生理鹽水漂洗,去除血漬和污染物,用無(wú)塵吸水紙吸去表面液體; 剪切成邊長(zhǎng) 0.5 cm 小塊或 100 mg 左右小塊;
常規(guī)動(dòng)物組織(腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉、皮膚等): 定量蛋白質(zhì)組-送樣量>200 mg; 修飾蛋白質(zhì)組-送樣量>500 mg。
地上部分在樣本離體前用無(wú)菌水清洗雜質(zhì),水干后采集樣本; 地下部分在樣本離體后,用預(yù)冷的PBS清洗雜質(zhì),無(wú)塵紙吸干后采集樣本; 去除干擾部分(非目標(biāo)組織及衰老、霉變等); 剪切成小塊,錫紙包裹或放入凍存管中; 液氮速凍5 min以上,并于-80℃保存。
常規(guī)植物組織(幼嫩的根、葉、花、愈傷組織等): 定量蛋白質(zhì)組-送樣量>1g; 修飾蛋白質(zhì)組-送樣量>2 g。
懸浮細(xì)胞 貼壁細(xì)胞 覆蓋度70-90%,去培養(yǎng)基培養(yǎng)皿用10 ml PBS洗3次,培養(yǎng)皿倒扣,將液體控干; 培養(yǎng)皿置于冰上,胰蛋白酶消化,PBS懸浮細(xì)胞; 收集到15 ml離心管中,4℃,400 g-1000 g離心5-10 min,去PBS; 1 ml PBS重懸后轉(zhuǎn)移到新的1.5 ml離心管; 同等條件離心,將上清去除干凈; PBS重懸,液氮速凍,并于-80℃保存。
懸浮/貼壁細(xì)胞,定量蛋白質(zhì)組-送樣量>1×107個(gè)細(xì)胞或體積>50ul細(xì)胞沉淀; 磷酸化蛋白質(zhì)組-送樣量>5×107個(gè)細(xì)胞或體積>200ul細(xì)胞沉淀; 乙酰化、泛素化蛋白質(zhì)組>1×108個(gè)細(xì)胞或體積>500ul細(xì)胞沉淀。
血漿樣本
血清樣本 血漿/血清樣本: 定量蛋白質(zhì)組-送樣量>500 ul。
離心法或其他方法分離菌和培養(yǎng)基; 收集菌體到15 ml離心管,用10 ml PBS洗3次; 用1 ml PBS 重懸菌體,轉(zhuǎn)移到1.5 ml離心管中離心,去上清,記錄菌的濕重或體積; PBS重懸,每管100 ul分裝,液氮速凍,并于-80℃保存。
微生物菌體: 定量蛋白質(zhì)組-送樣量濕重>100mg或體積>100ul; 修飾蛋白質(zhì)組-送樣量濕重>300mg或體積>300ul。
膠點(diǎn)膠條 膠點(diǎn)/膠條或者泳道皆可,建議考馬斯亮藍(lán)染色(條帶清晰,無(wú)降解)。
IP / Co-IP / Pull-down樣本 蛋白洗脫液蛋白總量>5ug,蛋白溶液進(jìn)行SDS-PAGE電泳,下方兩種電泳方式任選其一即可。
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