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蛋白組學(xué)(一):樣品準(zhǔn)備

 迷途中小小書童 2018-11-20

這次我們介紹一下質(zhì)譜樣品的制備!

好的樣品,是實(shí)驗(yàn)成功的首要條件,尤其是組學(xué)這類對(duì)樣品要求極高的實(shí)驗(yàn)。

那么,我們要怎樣采集處理樣品呢?這里我們給大家列舉了質(zhì)譜檢測(cè)中幾種常見(jiàn)的樣品準(zhǔn)備方式

動(dòng)物組織


  1. 選取新鮮組織,剔除無(wú)關(guān)的干擾組織(血管、脂肪、結(jié)締組織等);

  2. PBS/生理鹽水漂洗,去除血漬和污染物,用無(wú)塵吸水紙吸去表面液體;

  3. 剪切成邊長(zhǎng) 0.5 cm 小塊或 100 mg 左右小塊;


  4. 液氮速凍5 min以上,并于-80℃保存。


常規(guī)動(dòng)物組織(腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉、皮膚等):

定量蛋白質(zhì)組-送樣量>200 mg;

修飾蛋白質(zhì)組-送樣量>500 mg。


植物組織


  1. 地上部分在樣本離體前用無(wú)菌水清洗雜質(zhì),水干后采集樣本;

  2. 地下部分在樣本離體后,用預(yù)冷的PBS清洗雜質(zhì),無(wú)塵紙吸干后采集樣本;

  3. 去除干擾部分(非目標(biāo)組織及衰老、霉變等);

  4. 剪切成小塊,錫紙包裹或放入凍存管中;

  5. 液氮速凍5 min以上,并于-80℃保存。

常規(guī)植物組織(幼嫩的根、葉、花、愈傷組織等):

定量蛋白質(zhì)組-送樣量>1g;

修飾蛋白質(zhì)組-送樣量>2 g。


細(xì)胞樣品


懸浮細(xì)胞

  • 培養(yǎng)至2-5×105/ml,收集到15 ml離心管中,4℃,400 g-1000 g離心5-10 min,去上清;

  • 用10 ml PBS洗3次;

  • 1 ml PBS重懸細(xì)胞后轉(zhuǎn)移到新的1.5 ml離心管;

  • 同等條件離心,將上清去除干凈;

  • PBS重懸,液氮速凍,并于-80℃保存

貼壁細(xì)胞

  • 覆蓋度70-90%,去培養(yǎng)基培養(yǎng)皿用10 ml PBS洗3次,培養(yǎng)皿倒扣,將液體控干;

  • 培養(yǎng)皿置于冰上,胰蛋白酶消化,PBS懸浮細(xì)胞;

  • 收集到15 ml離心管中,4℃,400 g-1000 g離心5-10 min,去PBS;

  • 1 ml PBS重懸后轉(zhuǎn)移到新的1.5 ml離心管;

  • 同等條件離心,將上清去除干凈;

  • PBS重懸,液氮速凍,并于-80℃保存。

  1. 懸浮/貼壁細(xì)胞,定量蛋白質(zhì)組-送樣量>1×107個(gè)細(xì)胞或體積>50ul細(xì)胞沉淀;

  2. 磷酸化蛋白質(zhì)組-送樣量>5×107個(gè)細(xì)胞或體積>200ul細(xì)胞沉淀;

  3. 乙酰化、泛素化蛋白質(zhì)組>1×108個(gè)細(xì)胞或體積>500ul細(xì)胞沉淀。


血液樣品


血漿樣本

  • EDTA抗凝劑和蛋白酶抑制劑的血常規(guī)管采集血液;

  • 輕輕地上下顛倒混勻 8-10 次;

  • 立即4℃,1600 g離心 10 min;

  • 將血漿轉(zhuǎn)移到離心管中,加入蛋白酶抑制劑,混勻,瞬時(shí)離心。


血清樣本

  • 真空采血管收集血液;

  • 輕輕地上下顛倒混勻5-6 次;

  • 4℃,靜置15-30 min;

  • 4℃,1600 g離心10 min;

  • 上層淡黃色血清轉(zhuǎn)移到離心管中,加入蛋白酶抑制劑,混勻,瞬時(shí)離心。

血漿/血清樣本:

定量蛋白質(zhì)組-送樣量>500 ul。


微生物樣品


  • 離心法或其他方法分離菌和培養(yǎng)基;

  • 收集菌體到15 ml離心管,用10 ml PBS洗3次;

  • 用1 ml PBS 重懸菌體,轉(zhuǎn)移到1.5 ml離心管中離心,去上清,記錄菌的濕重或體積;

  • PBS重懸,每管100 ul分裝,液氮速凍,并于-80℃保存。


微生物菌體:

定量蛋白質(zhì)組-送樣量濕重>100mg或體積>100ul;

修飾蛋白質(zhì)組-送樣量濕重>300mg或體積>300ul。


膠條樣本


膠點(diǎn)膠條

膠點(diǎn)/膠條或者泳道皆可,建議考馬斯亮藍(lán)染色(條帶清晰,無(wú)降解)。


IP / Co-IP / Pull-down樣本

蛋白洗脫液蛋白總量>5ug,蛋白溶液進(jìn)行SDS-PAGE電泳,下方兩種電泳方式任選其一即可。

  • 蛋白洗脫液,分離膠5cm(不含濃縮膠的SDS-PAGE),切5cm膠條,于1.5ml離心管中。

  • 蛋白洗脫液,SDS-PAGE標(biāo)準(zhǔn)的膠,切下目標(biāo)條帶,放入1.5ml離心管中.

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