circRNA是區(qū)別于傳統(tǒng)線性RNA的一類新型RNA，具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)，大量存在于真核轉(zhuǎn)錄組中。大部分的環(huán)狀RNA是由外顯子序列構(gòu)成，在不同的物種中具有保守性，同時(shí)存在組織及不同發(fā)育階段的表達(dá)特異性。

由于環(huán)狀RNA對(duì)核酸酶不敏感，所以比線性RNA更為穩(wěn)定，這使得環(huán)狀RNA在作為新型臨床診斷標(biāo)記物的開發(fā)應(yīng)用上具有明顯優(yōu)勢(shì)。circRNA作為競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA（ceRNA），能競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合miRNA，從而調(diào)控miRNA靶基因的表達(dá)。 但是很多童鞋可能還不是很了解如何調(diào)取circRNA正確的全長(zhǎng)的序列，所以今天科研小助手就為大家講解一下如何調(diào)取circRNA基因組和剪切后的序列情況。

一、 circRNA基因組序列調(diào)取

1. 首先打開circBase網(wǎng)站：

http://www.，

2. 如果你有circRNA的ID號(hào)是最好的了，這里科研小助手直接隨便輸入一個(gè)基因的名字EGFR進(jìn)行模糊搜索，結(jié)果如下：

3. 可以看到結(jié)果有很多，這些都是EGFR的mRNA剪切形成的circRNA。

如果你對(duì)哪個(gè)circRNA感興趣想要調(diào)取其在基因組上的序列那么就點(diǎn)擊position (genome browser link)一欄的鏈接，比如我們調(diào)取第一個(gè)circRNA的基因組序列，就點(diǎn)擊chr7:55209978-55214433，這時(shí)候你就跳轉(zhuǎn)到了UCSC這個(gè)神奇的網(wǎng)站。

4. 然后點(diǎn)擊hsa_circ_0080220后面對(duì)應(yīng)的線條，跳轉(zhuǎn)到如下界面；

5. 點(diǎn)擊View DNA for this feature (hg19/Human)；

6. 點(diǎn)擊 get DNA，最后你就得到circRNA hsa_circ_0080220的基因組上的序列了。

二、circRNA剪切后序列的調(diào)取

無(wú)論是對(duì)circRNA進(jìn)行過(guò)表達(dá)還是敲減或者是PCR驗(yàn)證設(shè)計(jì)divergent引物，一般都是使用circRNA剪切后的序列，所以科研小助手也為大家講解一下如何調(diào)取circRNA剪切后的序列。

1. 我們按照上述步驟搜索出結(jié)果之后直接點(diǎn)擊Fasta；

2. 出現(xiàn)如下界面后，默認(rèn)選中的是genomic，我們需要選中spliced，點(diǎn)擊search；

3. 這時(shí)會(huì)下載一個(gè)壓縮包，你只要保存這個(gè)壓縮包然后解壓以記事本的方式打開文件即可，如下即是circRNA剪切后的序列了

這個(gè)方法下載下來(lái)的是所有搜索結(jié)果的circRNA序列。如果只想獲取你感興趣的circRNA序列可以用circRNA的ID號(hào)再搜索，這樣就只會(huì)有一個(gè)結(jié)果了。如果你還有任何疑問(wèn)歡迎在留言區(qū)留言。