元朝

　　1281年設(shè)甘肅行省，哈密力成為該省的一部分。

　　明朝

　　元朝滅亡前夕，占據(jù)新疆全境的察合臺(tái)汗國也分崩離析，暫守哈密的威武王兀納失里亦自立為哈密國王。兀納失里病逝后，其弟安克帖木兒繼位。

　　永樂二年（1404年），詔封安克帖木兒為忠順王。兩年后設(shè)哈密衛(wèi)，設(shè)指揮、千戶、百戶等官。畏兀兒馬哈麻火者任指揮。又派漢族人周安為忠順王長史、劉行善為紀(jì)善，共同輔政。

　　明成化三年（1467年），由于哈密忠順王王位久虛，各族頭目再次極力推薦，明廷方才提升把塔木兒（畏兀兒人）為右都督，代行國王事，5年后，把塔木兒卒，其子罕慎請(qǐng)嗣父職，朝議只準(zhǔn)嗣都督位，但不準(zhǔn)主國事。哈密仍無王統(tǒng)攝，政令無所出。

　　明成化八年（1472年），吐魯番阿力汗率兵攻人哈密城，俘虜王母，搶去金印，委其妹夫牙蘭占據(jù)哈密。哈密都督罕慎被迫率余眾逃至甘肅苦峪（今安西縣東南、玉門之西），并筑城以居，開渠引水，屯墾種地，作長期打算。

　　哈密都督罕慎在苦峪經(jīng)過10年生聚，實(shí)力大增。乘阿力汗新死、阿黑麻繼位立足未穩(wěn)，聯(lián)合赤金、罕東二衛(wèi)，擁兵萬人，于成化十四年（1478年）進(jìn)軍哈密。牙蘭不敵敗逃，罕慎順利收復(fù)八城。罕慎因功進(jìn)封左都督，賞白金百兩及其他物件，特旨褒獎(jiǎng)。弘治元年（1488年）明孝宗即位，晉封罕慎為忠順王?？墒牵鄙鞣馔鯀s為吐魯番阿黑麻所不容，就在當(dāng)年十一月，他率兵至哈密，威脅利誘，最后殺死了忠順王罕慎，仍令牙蘭據(jù)守。

　　為了打擊阿黑麻的囂張氣焰，明廷采取薄其賞賜、或拘留使臣、卻其貢物、敕責(zé)令悔罪等措施。3年后，阿黑麻才不得不將哈密8城、忠順王金印及500多被虜居民送還。明廷派安定王族人陜巴（系忠順王脫脫重孫）繼忠順王。弘治六年（1493年），阿黑麻再次攻占哈密，掠去陜巴。

　　當(dāng)阿黑麻和明朝反復(fù)爭(zhēng)奪哈密的時(shí)候，其兄馬黑木在中亞的地盤卻被南下的烏茲別克人奪去，阿黑麻令其長子滿速兒為代理執(zhí)政，自己率部援助其兄去了。以后阿黑麻病死于阿克蘇，滿速兒當(dāng)政后，無情鎮(zhèn)壓反對(duì)他的幾個(gè)弟弟，并繼續(xù)東侵哈密。

　　弘治十八年（1505年）冬，陜巴卒。其子拜牙即自稱“速檀”（即蘇丹），改信伊斯蘭教，仍襲忠順王。拜牙即愚昧昏庸而又淫暴，經(jīng)常擔(dān)心部屬害他。吐魯番滿速兒汗又不斷派人向其游說，威脅利誘他背叛明朝。明正德八年（1513年），拜牙即終于置哈密于不顧，棄城叛入吐魯番。滿速兒派火者他吉丁據(jù)哈密。

　　明正德十年（1515年），都御使彭澤籌措緞、絹、布匹等物，遣馬驥等往哈密，向滿速兒索要拜牙即王印。他吉丁歸還哈密王印，而拜牙即卻匿居阿克蘇，拒不返回。此后，吐魯番常以哈密為跳板，屢侵河西諸縣，大肆搶掠，嘉峪關(guān)外人民深受其害。滿速兒一面侵?jǐn)_河西，一面派使通貢；明廷一面抵御入侵，一面責(zé)其歸還忠順王。然入侵不斷，貢使不絕，忠順王不還，哈密在這種復(fù)雜的環(huán)境中愈加動(dòng)蕩。

　　此后，明朝國勢(shì)日弱，又因哈密得而復(fù)失事追究大臣責(zé)任，屢興大獄，許多大臣牽涉其內(nèi)，捕殺甚多。最后只好以罷兵息民、專圖自治為口實(shí)置哈密于不顧不了。

　　哈密地方王國從1380年受封，至1514年被吐魯番汗并占，經(jīng)11世，凡135年。

　　明嘉靖二十四年（1545年），滿速兒死。長子沙速嗣“速檀”，居吐魯番；其弟馬黑麻亦稱“速檀”居哈密。明隆慶四年（1570年），馬黑麻返吐魯番嗣兄職。

　　此后，吐魯番汗亦勢(shì)衰力竭，它的領(lǐng)地逐步為察合臺(tái)后王所建立的喀什噶爾汗 （后首府遷至葉爾羌，史稱葉爾羌汗國）所占有，哈密亦隨之成為該汗 的東部領(lǐng)土。

　　此時(shí)葉爾羌汗國在哈密的代理人是葉爾羌汗國國王的四弟，名叫巴拜汗。