史料表明，南明的幾個(gè)小朝廷都繼承了明末官場的壞習(xí)慣，大臣們結(jié)黨營私，勾心斗角，不擇手段地排斥異己，爭權(quán)奪利。對于腐朽的政治局面，連隆武帝朱聿鍵生前也不得不承認(rèn)：“近來情弊因仍，貪者工攫取，傲者喜逢迎，以致民窮無告……殊可痛恨”（佚名《思文大紀(jì)》）。桂王當(dāng)上皇帝后，李自成的大順軍余部和張獻(xiàn)忠的大西軍余部先后歸附永歷政權(quán)，在一定程度上實(shí)現(xiàn)了南明政權(quán)和明末農(nóng)民軍以及地方武裝的聯(lián)合抗戰(zhàn)，并掀起第一次反清高潮。但桂王當(dāng)權(quán)派并未能利用這種有利的時(shí)機(jī)舉行大反攻，而是分黨分派，互相拆臺。內(nèi)部不團(tuán)結(jié)，而桂王又沒什么本事，根本駕馭不了這些大臣。結(jié)果桂王小朝廷被鬧得亂糟糟的不成體統(tǒng)。有資佐證，當(dāng)局者“如醉如夢”，“天子已不能自令”（鄭達(dá)《野史無文》）。

    南明史上第一個(gè)同農(nóng)民軍聯(lián)合抗清的是隆武朝廷。而被后世史學(xué)者譽(yù)為永歷初期頗有作為的何騰蛟和堵胤錫，就是因?yàn)檎袚岽箜樮娪嗖慷暶笳鸬摹＞汀缎√蠹o(jì)傳》來看：何騰蛟是貴州黎平衛(wèi)人，舉人出身，崇禎時(shí)授南陽知縣，累遷至右僉都御史，巡撫湖北。弘光元年（1645）任湖廣總督，隆武帝立時(shí)照舊，“旋聞賊李自成死于九宮山，其將劉體仁、郝?lián)u旗等有眾四五萬，以無主，將歸騰蛟；驟入湘陰，距長沙僅百里”。于是派部將去洽談，并親書“公等歸期，永保富貴”。郝?lián)u旗等大喜，當(dāng)即帶領(lǐng)5萬義軍至長沙，旋召集袁宗第、藺養(yǎng)成等率義軍歸順。何騰蛟“驟增兵至十?dāng)?shù)萬，聲威大振”?！拔磶祝猿珊笃薷呤吓c其弟一功、從子李錦擁眾數(shù)十萬逼常德乞撫，騰蛟馳令巡撫堵胤錫往撫之，安置荊州”。李錦被賜名赤心、一功賜名必正，號其軍為“忠貞營”。大順軍數(shù)十萬一旦盡歸騰蛟，隆武帝大喜，立馬委任騰蛟為東閣大學(xué)士兼兵部尚書，封定興伯，總督楚師。何騰蛟便著手組建了“十三鎮(zhèn)”。所謂十三鎮(zhèn)，就是何騰蛟將歸屬他的明舊將劉承胤、馬進(jìn)忠、董英等部與農(nóng)民軍李赤心、郝永忠（搖旗）、袁宗第等部改編一下，一并派鎮(zhèn)湖南、湖北之間。到永歷帝立時(shí)，何騰蛟又拜為武英殿大學(xué)士，加封太子太保。

    從網(wǎng)載《河山已經(jīng)破碎窩里兀自亂斗——清朝是怎樣取代明朝的》一文來看：李自成死后，大順軍有東西兩路軍，東路軍將領(lǐng)劉體純、郝?lián)u旗、袁宗第等由岳州到湘陰，節(jié)節(jié)向南移動(dòng)，不與明軍爭鋒，并通知明軍，愿歸順何騰蛟統(tǒng)帥，表示希望彼此團(tuán)結(jié)，共御強(qiáng)敵。何騰蛟便派部將到郝?lián)u旗營中商量合作條件。事成不久，大順西路軍李錦、高一功擁眾數(shù)十萬沿江而下，兵馬分駐在湖北荊州府境到湖南澧州一帶，“橫亙?nèi)儆嗬铩?。清朝湖廣當(dāng)局多次派人招撫，大順軍也虛與委蛇。李錦等一大批大順軍將領(lǐng)出于民族大義終于同南明隆武政權(quán)達(dá)成了共同抗清的協(xié)議。數(shù)十萬農(nóng)民大軍悉歸何騰蛟節(jié)制。何騰蛟把這些農(nóng)民軍略加改編，改名忠貞營，仍由原來的農(nóng)民軍將領(lǐng)統(tǒng)率，分別駐扎湖廣荊襄一帶，總號十三鎮(zhèn)，就是人們所稱道的荊襄十三家軍。

    但是，何騰蛟名下原來的明軍劉承胤、張先壁諸部，本來就有矛盾，互不服氣，經(jīng)常摩擦。李自成余部之所以投誠，固然有認(rèn)識到國家危急、聯(lián)明抗清之意，但主要還是為了解決糧草和吃飯問題。大明朝的軍隊(duì)原來就對李自成等農(nóng)民軍覆滅大明王朝恨之入骨，如今雖然成了一家人，仍然耿耿于懷，無法團(tuán)結(jié)。又加上一批人是原先左良玉部下，與各部又難貼心。又加上湖南地小人稀，難以解決幾十萬人的供應(yīng)問題。種種困難，千頭萬緒，雖有諸葛亮之才恐怕也難以解決。1645年冬，何騰蛟決定出師，打算先收復(fù)湖南湖北全部，鞏固湖廣，然后東下出江西，與朱聿鍵的東南小朝廷打成一片。可是檄調(diào)令出，劉承胤先不奉命，竟顧自己領(lǐng)兵回南面老巢武岡去了。這一來，其余原來明軍各鎮(zhèn)也以種種借口，逗留觀望?？偹阌旭R進(jìn)忠等部聽命，前出打下岳州；李赤心、高必正等率忠貞營全師北上，包圍了湖北重鎮(zhèn)荊州。正當(dāng)荊州將下之時(shí)，清軍聞?dòng)嵈笈e來援。忠貞營缺乏全盤措置和有力指揮，被清軍內(nèi)外夾攻，大敗而走。經(jīng)此一役，忠貞營元?dú)獯髠Ｋ麄円娒鬈娒黠@想將自己當(dāng)炮灰，湖南又養(yǎng)不活自己，竟自顧轉(zhuǎn)移到川東山區(qū)去了。所謂的十三鎮(zhèn)也從此不復(fù)存在。

    考諸史料，在十三鎮(zhèn)未建制之前，劉體純、袁宗第等營就因軍餉成困難而離開何督師與李過、高一功的西路軍會(huì)師，不久便“自夷陵入巴東，依蜀東塞，據(jù)險(xiǎn)而居”。東路軍中“唯王進(jìn)才、郝永忠依騰蛟，留長沙”。是年冬，何騰蛟誓師東征，命令諸鎮(zhèn)水陸并進(jìn)。但諸鎮(zhèn)不聽調(diào)遣，退歸長沙。在這次戰(zhàn)役中，“忠貞營之精銳耗矣”，李過、高一功“遂斂余兵走夷陵，與體純、宗第合屯蜀東”，西路軍中“惟牛萬財(cái)隨胤錫退屯常德”。胤錫就是堵胤錫，他是江蘇無錫人，進(jìn)士入仕，崇禎時(shí)官至長沙知府，隆武時(shí)被何騰蛟提拔為湖北巡撫，招撫并坐鎮(zhèn)忠貞營。堵與義軍關(guān)系處理得很好，卻與明將左良玉的舊將馬進(jìn)忠有矛盾。永歷二年夏，已經(jīng)加封為兵部尚書的堵胤錫率牛萬財(cái)部回他的老地盤常德時(shí)，不想馬進(jìn)忠鎮(zhèn)守常德。堵胤錫“遂攜鄭古愛、毛壽登間道走巴東，要必正下楚”。高必正、李赤心、劉體純、袁宗第等正苦于糧草殆盡，“遂拔營隨胤錫薄常德”。堵胤錫招來忠貞營，便令馬進(jìn)忠讓出常德，“進(jìn)忠大怒，焚常德，走武岡”。一時(shí)“湖南千里，尸橫蔽野”。其時(shí)清軍一路進(jìn)攻長沙，何騰蛟檄諸鎮(zhèn)救援不至，敗走衡州。當(dāng)年大順軍余部同何騰蛟、瞿式耜的部隊(duì)一起，在湖南連連取得勝利，幾乎收復(fù)了湖南全境。同時(shí)廣東、四川等地的抗清斗爭再起，在江西的降清將領(lǐng)金聲桓和在廣州的降清將領(lǐng)李成棟先后反正，清軍后方的抗清力量也發(fā)動(dòng)了廣泛的攻勢。一時(shí)間，永歷政權(quán)控制的區(qū)域擴(kuò)大到了云南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川七省，出現(xiàn)了南明時(shí)期第一次抗清斗爭的高潮。但永歷政權(quán)內(nèi)部矛盾重重，各派政治勢力互相攻訐，農(nóng)民軍也倍受排擠打擊，不能團(tuán)結(jié)對敵，這就給了清軍以喘息之機(jī)，大片光復(fù)的土地又得而復(fù)失。

    據(jù)《南明史》評說：南明永歷朝廷吏治腐敗和內(nèi)部互相傾軋，導(dǎo)致抗清陣營的分崩離析，疆土越來越縮小。大順軍余部從1645年隆武朝廷當(dāng)政時(shí)期就已經(jīng)開始了聯(lián)合抗清，以李過（李赤心）、高一功（高必正）統(tǒng)率的“忠貞營”成了抗清的主力。盡管南明統(tǒng)治集團(tuán)明知“今日朝廷所恃者忠貞營耳”，然而從朝廷以至督、撫重臣何騰蛟、瞿式耜、章曠等人卻出于階級偏見處處排斥、刁難這支忠心耿耿奮力抗清的農(nóng)民武裝，干著親者痛、仇者快的勾當(dāng)。他們視為嫡系的各種雜牌官軍卻只知禍國殃民，一旦形勢危急就叛變投敵，甘心充當(dāng)清廷推行民族征服政策的馬前卒。在這種情況下，抗清形勢的不斷惡化自然不可避免。