福建省（15個）福建武夷山國家級自然保護區(qū)、福建將樂龍棲山國家級自然保護區(qū)、福建天寶巖國家級自然保護區(qū)、福建深滬灣海底古森林遺跡國家級自然保護區(qū)、福建漳江口紅樹林國家級自然保護區(qū)、福建虎伯寮國家級自然保護區(qū)、福建廈門珍稀海洋物種國家級自然保護區(qū)、福建梁野山國家級自然保護區(qū)、福建梅花山國家級自然保護區(qū)、福建戴云山國家級自然保護區(qū)、福建閩江源國家級自然保護區(qū)、福建君子峰國家級自然保護區(qū)、福建南平茫蕩山國家級自然保護區(qū)、福建福州閩江河口濕地國家級自然保護區(qū) （2013年6月4日）、福建茫蕩山國家級自然保護區(qū) （2013年6月4日）

華中地區(qū)

河南省（11個）河南黃河濕地國家級自然保護區(qū)、河南豫北黃河故道濕地鳥類國家級自然保護區(qū)、河南焦作太行山獼猴國家級自然保護區(qū)、河南南陽恐龍蛋化石群國家級自然保護區(qū)、河南伏牛山國家級自然保護區(qū)、河南寶天曼國家級自然保護區(qū)、河南雞公山國家級自然保護區(qū)、河南董寨國家級自然保護區(qū)、河南連康山國家級自然保護區(qū)、河南小秦嶺國家級自然保護區(qū)、河南丹江濕地國家級自然保護區(qū)

湖北省（13個）湖北青龍山恐龍蛋化石群國家級自然保護區(qū)、湖北神農架國家級自然保護區(qū)、湖北五峰后河國家級自然保護區(qū)、湖北石首麋鹿國家級自然保護區(qū)、湖北長江天鵝洲白鱀豚國家級自然保護區(qū)、湖北長江新螺段白鱀豚國家級自然保護區(qū)、湖北星斗山國家級自然保護區(qū)、湖北九宮山國家級自然保護區(qū)、湖北七姊妹山國家級自然保護區(qū)、湖北洪湖濕地國家級自然保護區(qū)、湖北龍感湖國家級自然保護區(qū)、湖北賽武當國家級自然保護區(qū)、湖北木林子國家級自然保護區(qū)、湖北堵河源國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日）、十八里長峽國家級自然保護區(qū)

湖南省（23個）湖南炎陵桃源洞國家級自然保護區(qū)、湖南東洞庭湖國家級自然保護區(qū)、湖南壺瓶山國家級自然保護區(qū)、湖南張家界大鯢國家級自然保護區(qū)、湖南八大公山國家級自然保護區(qū)、湖南莽山國家級自然保護區(qū)、湖南永州都龐嶺國家級自然保護區(qū)、湖南小溪國家級自然保護區(qū)、湖南黃桑國家級自然保護區(qū)、湖南烏云界國家級自然保護區(qū)、湖南鷹嘴界國家級自然保護區(qū)、湖南南岳衡山國家級自然保護區(qū)、湖南借母溪國家級自然保護區(qū)、湖南八面山國家級自然保護區(qū)、湖南陽明山國家級自然保護區(qū)、湖南六步溪國家級自然保護區(qū)、湖南舜皇山國家級自然保護區(qū)、湖南高望界國家級自然保護區(qū)、湖南東安舜皇山國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日）、湖南白云山國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日）[4] 、湖南西洞庭湖國家級自然保護區(qū)、九嶷山國家級自然保護區(qū)、金童山國家級自然保護區(qū)

華南地區(qū)

廣東省（12個）廣東南嶺國家級自然保護區(qū)、廣東車八嶺國家級自然保護區(qū)、廣東丹霞山國家級自然保護區(qū)、廣東內伶仃島-福田國家級自然保護區(qū)、廣東珠江口中華白海豚國家級自然保護區(qū)、廣東湛江紅樹林國家級自然保護區(qū)、廣東鼎湖山國家級自然保護區(qū)、廣東象頭山國家級自然保護區(qū)、廣東惠東港口海龜國家級自然保護區(qū)、廣東徐聞珊瑚礁國家級自然保護區(qū)、廣東雷州珍稀水生動物國家級自然保護區(qū)、廣東羅坑鱷蜥國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日）

廣西壯族自治區(qū)（16個）廣西大明山國家級自然保護區(qū)、廣西花坪國家級自然保護區(qū)、廣西貓兒山國家級自然保護區(qū)、廣西山口紅樹林生態(tài)國家級自然保護區(qū)、廣西合浦營盤港-英羅港儒艮國家級自然保護區(qū)、廣西北侖河口國家級自然保護區(qū)、廣西防城金花茶國家級自然保護區(qū)、廣西十萬大山國家級自然保護區(qū)、廣西弄崗國家級自然保護區(qū)、廣西大瑤山國家級自然保護區(qū)、廣西木論國家級自然保護區(qū)、廣西千家洞國家級自然保護區(qū)、廣西岑王老山國家級自然保護區(qū)、廣西九萬山國家級自然保護區(qū)、廣西金鐘山黑頸長尾雉國家級自然保護區(qū)、廣西崇左白頭葉猴自然保護區(qū)、廣西大桂山鱷蜥國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日）[4] 、廣西邦亮長臂猿國家級自然保護區(qū)、恩城國家級自然保護區(qū)、廣西元寶山國家級自然保護區(qū)（2013年12月25日

海南省（9個）海南三亞珊瑚礁國家級自然保護區(qū)、海南東寨港國家級自然保護區(qū)、海南銅鼓嶺國家級自然保護區(qū)、海南大洲島海洋生態(tài)國家級自然保護區(qū)、海南大田國家級自然保護區(qū)、海南尖峰嶺國家級自然保護區(qū)、海南五指山國家級自然保護區(qū)、海南壩王嶺國家級自然保護區(qū)、海南吊羅山國家級自然保護區(qū)

西南地區(qū)

重慶市（7個）重慶縉云山國家級自然保護區(qū)、重慶大巴山國家級自然保護區(qū)、長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區(qū)*、重慶金佛山國家級自然保護區(qū)、雪寶山國家級自然保護區(qū)、重慶陰條嶺國家級自然保護區(qū)、重慶五里坡國家級自然保護區(qū) （2013年6月4日）

四川省（26個）四川龍溪－虹口國家級自然保護區(qū)、四川白水河國家級自然保護區(qū)、四川攀枝花蘇鐵國家級自然保護區(qū)、四川畫稿溪國家級自然保護區(qū)、四川王朗國家級自然保護區(qū)、四川廣元唐家河國家級自然保護區(qū)、四川馬邊大風頂國家級自然保護區(qū)、四川長寧竹海國家級自然保護區(qū)、四川蜂桶寨國家級自然保護區(qū)、四川臥龍國家級自然保護區(qū)（直屬國家林業(yè)局；范圍同四川省汶川臥龍?zhí)貏e行政區(qū)）、四川九寨溝國家級自然保護區(qū)、四川小金四姑娘山國家級自然保護區(qū)、四川若爾蓋濕地國家級自然保護區(qū)、四川貢嘎山國家級自然保護區(qū)、四川察青松多白唇鹿國家級自然保護區(qū)、四川亞丁國家級自然保護區(qū)、四川美姑大風頂國家級自然保護區(qū)、長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區(qū)、四川廣元米倉山國家級自然保護區(qū)、四川雪寶頂國家級自然保護區(qū)、四川花萼山國家級自然保護區(qū)、四川海子山國家級自然保護區(qū)、諾水河珍稀水生動物國家級自然保護區(qū)、黑竹溝國家級自然保護區(qū)、格西溝國家級自然保護區(qū)、四川小寨子溝國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日） 、栗子坪國家級自然保護區(qū)

貴州省（9個）貴州習水中亞熱帶常綠闊葉林國家級自然保護區(qū)、貴州赤水桫欏國家級自然保護區(qū)、貴州梵凈山國家級自然保護區(qū)、貴州麻陽河國家級自然保護區(qū)、長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區(qū)*、貴州草海國家級自然保護區(qū)、貴州雷公山國家級自然保護區(qū)、貴州茂蘭國家級自然保護區(qū)、貴州寬闊水國家級自然保護區(qū)

云南省（17個）云南哀牢山國家級自然保護區(qū)、云南高黎貢山國家級自然保護區(qū)、云南大山包黑頸鶴國家級自然保護區(qū)、云南大圍山國家級自然保護區(qū)、云南金平分水嶺國家級自然保護區(qū)、云南黃連山國家級自然保護區(qū)、云南文山國家級自然保護區(qū)、云南無量山國家級自然保護區(qū)、云南西雙版納國家級自然保護區(qū)、云南西雙版納納版河流域國家級自然保護區(qū)、云南蒼山洱海國家級自然保護區(qū)、云南白馬雪山國家級自然保護區(qū)、云南南滾河國家級自然保護區(qū)、長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區(qū)、云南藥山國家級自然保護區(qū)、云南會澤黑頸鶴國家級自然保護區(qū)、云南永德大雪山國家級自然保護區(qū)、烏蒙山國家級自然保護區(qū)

青藏地區(qū)

青海省（7個）青海孟達國家級自然保護區(qū)、青海青海湖國家級自然保護區(qū)、青?？煽晌骼飮壹壸匀槐Ｗo區(qū)、青海隆寶國家級自然保護區(qū)、青海三江源國家級自然保護區(qū)、青海柴達木梭梭林國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日）、大通北川河源區(qū)國家級自然保護區(qū)（2013-12-25）

西藏自治區(qū)（9個）西藏雅魯藏布江中游河谷黑頸鶴國家級自然保護區(qū)、西藏芒康滇金絲猴國家級自然保護區(qū)、西藏珠穆朗瑪峰國家級自然保護區(qū)、西藏色林錯國家級自然保護區(qū)、西藏羌塘國家級自然保護區(qū)、西藏雅魯藏布大峽谷國家級自然保護區(qū)、西藏察隅慈巴溝國家級自然保護區(qū)、西藏拉魯濕地國家級自然保護區(qū)、西藏類烏齊馬鹿國家級自然保護區(qū)

西北地區(qū)

陜西省（19個）陜西周至國家級自然保護區(qū)、陜西太白山國家級自然保護區(qū)、陜西長青國家級自然保護區(qū)、陜西佛坪國家級自然保護區(qū)、陜西牛背梁國家級自然保護區(qū)、陜西漢中朱鹮國家級自然保護區(qū)、陜西子午嶺國家級自然保護區(qū)、陜西化龍山國家級自然保護區(qū)、陜西天華山國家級自然保護區(qū)、陜西青木川國家級自然保護區(qū)、陜西桑園國家級自然保護區(qū)、陜西米倉山國家級自然保護區(qū)、陜西隴縣秦嶺細鱗鮭國家級自然保護區(qū)、陜西韓城褐馬雞國家級自然保護區(qū)、陜西漢中略陽大鯢國家級自然保護區(qū)、陜西觀音山國家級級自然保護區(qū)、陜西省略陽珍稀水生動物國家級自然保護區(qū) （2013年6月4日）、陜西黃柏塬國家級自然保護區(qū) （2013年6月4日）、陜西平河梁國家級自然保護區(qū) （2013年6月4日） 、老縣城國家級自然保護區(qū)、陜西觀音山國家級自然保護區(qū)（2013-01-24）

甘肅省（14個）甘肅興隆山國家級自然保護區(qū)、甘肅祁連山國家級自然保護區(qū)、甘肅敦煌西湖國家級自然保護區(qū)、甘肅安西極旱荒漠國家級自然保護區(qū)、甘肅民勤連古城國家級自然保護區(qū)、甘肅白水江國家級自然保護區(qū)、甘肅蓮花山國家級自然保護區(qū)、甘肅尕海－則岔國家級自然保護區(qū)、甘肅太統(tǒng)-崆峒山國家級自然保護區(qū)、甘肅連城國家級自然保護區(qū)、甘肅小隴山國家級自然保護區(qū)、甘肅鹽池灣國家級自然保護區(qū)、甘肅安南壩野駱駝國家級自然保護區(qū)、甘肅漳縣珍稀水生動物國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日） 、黃河首曲國家級自然保護區(qū)

寧夏回族自治區(qū)（6個）寧夏賀蘭山國家級自然保護區(qū)、寧夏沙坡頭國家級自然保護區(qū)、寧夏羅山國家級自然保護區(qū)、寧夏靈武白芨灘國家級自然保護區(qū)、寧夏六盤山國家級自然保護區(qū)、寧夏哈巴湖國家級自然保護區(qū)、寧夏云霧山國家級自然保護區(qū)（2013年6月4日） 、火石寨丹霞地貌國家級自然保護區(qū)

新疆自治區(qū)（9個）新疆阿爾金山國家級自然保護區(qū)、新疆羅布泊野駱駝國家級自然保護區(qū)、新疆巴音布魯克國家級自然保護區(qū)、新疆托木爾峰國家級自然保護區(qū)、新疆西天山國家級自然保護區(qū)、新疆甘家湖梭梭林國家級自然保護區(qū)、新疆喀納斯國家級自然保護區(qū)、新疆塔里木胡楊國家級自然保護區(qū)、新疆艾比湖濕地國家級自然保護區(qū)  、布爾根河貍國家級自然保護區(qū)