朱元璋建國(guó)之后為了強(qiáng)化中央集權(quán)，對(duì)中央軍政機(jī)構(gòu)做了重大調(diào)整。當(dāng)初，朱元璋建統(tǒng)軍元帥府，不久改為大都督府，統(tǒng)領(lǐng)全國(guó)衛(wèi)所軍。洪武十三年（1380），分大都督府為中、左、右、前、后五軍都督，全國(guó)衛(wèi)所遂分隸于五軍都督府。每府設(shè)左、右都督，正一品；都督同知，從一品；都督僉事，正二品。掾?qū)儆薪?jīng)歷司經(jīng)歷從五品；都事從七品。都督府為最高軍事機(jī)構(gòu)，掌軍旅之事，各領(lǐng)其在京衛(wèi)所及在外都司衛(wèi)所，以達(dá)于兵部。

都督府相配合的軍事機(jī)關(guān)是兵部，設(shè)兵部尚書一人，正二品；左右侍郎一人，正三品。掾?qū)儆兴緞?wù)廳、司務(wù)二人，從九品。武選、職方、車駕、武庫(kù)四清吏司，各郎中一人，正五品，員外郎一人，從五品，主事二人，正六品。兵部尚書主持兵部工作，侍郎輔佐。武選清吏司分掌武官升調(diào)、襲替、優(yōu)給、誥敕、功賞之事。職方清吏司分掌輿圖、軍制、城隍、鎮(zhèn)戍、營(yíng)操、武舉、巡邏關(guān)津、征討之事。車駕清吏司分掌鹵薄、儀仗、侍衛(wèi)驛傳、廄牧之事。武庫(kù)清吏司分掌戎器、符勘、尺籍、武學(xué)、薪隸之事。洪武元年（1368）設(shè)置兵部時(shí)，它是中書省六個(gè)部的一個(gè)部，洪武十三年中書省及丞相制度被廢除，兵部與其它五部一起升格，直屬皇帝統(tǒng)制。

地方上改行中書省為承宣布政使司，廢除行省制度，改由承宣布政使司（簡(jiǎn)稱布政司）、提刑按察使司（簡(jiǎn)稱按察司），都指揮使司（簡(jiǎn)稱都司），分掌一省行政、司法、軍事，并稱“三司”。三司互不統(tǒng)屬，各對(duì)中央負(fù)責(zé)。都司負(fù)責(zé)管理所轄區(qū)域內(nèi)衛(wèi)所，以及與軍事有關(guān)的各項(xiàng)事務(wù)，是地方平時(shí)最高軍事領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。各省都司之外，在邊防要地則單設(shè)都司，實(shí)行軍民合一的統(tǒng)治，如遼寧都司，治定遼中衛(wèi)（今遼寧遼陽(yáng)）；大寧都司，治定大寧衛(wèi)（今內(nèi)蒙古寧城），萬(wàn)全都司，治定宣府衛(wèi)（今河北宣化）。還在邊境海疆的北平、山西、福建等地設(shè)置行都指揮使司，在中都設(shè)置留守司，以補(bǔ)都司之不及。

都指揮使司設(shè)都指揮使一人，正二品；都指揮同知二人，從二品；都指揮僉事四人，正三品。經(jīng)歷司經(jīng)歷，正六品，都事，正七品；斷事司斷事，正六品，副斷事，正七品，以上二屬司各有吏目一人；司獄司司獄，從九品。經(jīng)歷司、斷事司、司獄司三個(gè)職能機(jī)構(gòu)分別負(fù)責(zé)處理來(lái)往公文及刑獄之事。地方若有重大軍務(wù)，須三司合議，并列署名向朝廷匯報(bào)。此外還有倉(cāng)庫(kù)、草場(chǎng)大使、副使等掾?qū)?。都司?nèi)部的分工大體是，都指揮史及同知、僉事，以其中一人統(tǒng)領(lǐng)司事，稱為掌??；一人負(fù)責(zé)練兵，一人負(fù)責(zé)屯田，稱為僉書；有的則分管巡捕、軍器、漕運(yùn)、京操、備御等事務(wù)。經(jīng)歷、都事則典掌文書，斷事處理軍隊(duì)刑獄。遇有戰(zhàn)爭(zhēng)，朝廷臨時(shí)派將，并非都司指揮作戰(zhàn)。

都司之下，連郡者設(shè)衛(wèi)，要害地系一郡設(shè)千戶所。衛(wèi)設(shè)指揮使一人，正三品，指揮同知二人，從三品；屬員有指揮僉事四人，正四品；鎮(zhèn)撫司鎮(zhèn)撫二人，從五品，經(jīng)歷司經(jīng)歷，從七品，知事，正八品，吏目，從九品，倉(cāng)大使、副使各一人。各衛(wèi)統(tǒng)領(lǐng)本衛(wèi)及屬所的軍政，指揮使、指揮同知，指揮僉事的職掌分工，類似于都司。凡指揮使、同知、僉事負(fù)責(zé)管理衛(wèi)事者，稱為掌印、僉書。掌印主管全衛(wèi)軍士的調(diào)撥、增補(bǔ)、選拔以及軍旅防御之事；僉書分理屯田、營(yíng)操、驗(yàn)軍、巡捕、漕運(yùn)、備御等事；出征時(shí)，各衛(wèi)率領(lǐng)共屬所聽從朝廷所派將領(lǐng)的調(diào)度。

每衛(wèi)大抵5600人，下轄五個(gè)千戶所，每千戶統(tǒng)兵1120人，設(shè)千戶一人，正五品，副千戶二人，從五品，千戶、副千戶分管軍務(wù)，一人掌印、一人僉書。鎮(zhèn)撫二人（鎮(zhèn)撫是專管軍紀(jì)的官員，百戶缺員時(shí)可代百戶行使職權(quán)），從六品。掾?qū)儆欣裟恳蝗恕Ｏ螺犑畟€(gè)百戶所，每百戶統(tǒng)兵112人，分為兩個(gè)總旗。每總旗統(tǒng)兵56人。又分為五小旗，小旗管轄10名士兵。

所有的軍政，由衛(wèi)下達(dá)于千戶所，千戶督百戶，百戶下達(dá)總旗、小旗，大小聯(lián)比以成軍。洪武二十六年（1393），定全國(guó)都司、衛(wèi)所，共設(shè)都司17個(gè)、行都司3個(gè)、留守司1個(gè)、內(nèi)外衛(wèi)329個(gè)、守御千戶所65個(gè)。兵額最多時(shí)達(dá)270余萬(wàn)人。

總兵是由中央派出的，官爵較高，職權(quán)較專。如宣府鎮(zhèn)，永樂(lè)時(shí)總兵官的職掌為：“整飭兵備，申嚴(yán)號(hào)令，練撫士卒，振作軍威。務(wù)要衣甲整齊，器械鋒利。城堡墩臺(tái)坍塌以時(shí)修治堅(jiān)完，官軍騎*馬匹責(zé)令飼養(yǎng)膘壯。仍督屯田糧草，并一應(yīng)錢糧不許侵欺。遇有賊寇，相機(jī)戰(zhàn)守”。這就是說(shuō)練兵作戰(zhàn)，籌餉由總兵負(fù)責(zé)。正統(tǒng)以后，明朝由盛轉(zhuǎn)衰，內(nèi)憂外患加重。在這種情況下長(zhǎng)城防線時(shí)時(shí)處于戒備狀態(tài)，被朝廷派遣來(lái)的總兵官漸漸變成總領(lǐng)一方軍事的固定官職，都指揮使是地方性軍事長(zhǎng)官，漸漸就成為總兵的下屬了。這時(shí)期的總兵官被稱為鎮(zhèn)守。鎮(zhèn)守以下，獨(dú)守一路的稱為分守。防守一城一堡的稱為守備，與主將同守一城者為協(xié)守，總兵又分正、副。下設(shè)參將、游擊將軍等。除此以外又有提督、提調(diào)、巡視、備御、領(lǐng)班等名。如鎮(zhèn)守薊州總兵官一人，舊設(shè)。隆慶二年改為總理練兵事務(wù)兼鎮(zhèn)守，駐三屯營(yíng)，協(xié)守副總兵三人，統(tǒng)領(lǐng)南兵游擊將軍三人，領(lǐng)班游擊將軍七人，坐管官八人，守備八人，把總一人，提調(diào)官二十六人。

明初地方最高軍事長(zhǎng)官為都指揮，一變而為總兵官，再變而為巡撫，三變而為總督，最后變?yōu)槎綆?。這種轉(zhuǎn)變基本是沿著兩個(gè)方向進(jìn)行的：一是將平時(shí)體制轉(zhuǎn)變?yōu)槠綉?zhàn)結(jié)合的體制，二是文官參與軍隊(duì)的管理，加強(qiáng)對(duì)軍隊(duì)的控制。

總兵變成鎮(zhèn)守地方的軍隊(duì)統(tǒng)帥后，再有戰(zhàn)事時(shí)，朝廷又派中央大臣到地方巡撫，事畢復(fù)命。久之，巡撫也成為固定的官職，長(zhǎng)駐地方。巡撫多以都御史或副僉都御史充任，其基本職能是監(jiān)察地方，考核官吏，督理稅糧，撫安百姓，控扼險(xiǎn)要，固守城池等。以后偏重于軍事，整飭邊備，提督關(guān)隘，贊理軍務(wù)者越來(lái)越多。

如成化八年（1472）巡撫余子俊于榆林鎮(zhèn)督修長(zhǎng)城1770余里。

弘治十年（1497）在長(zhǎng)城防線設(shè)置延綏、甘肅、寧夏三邊總制（總督），并明確詔令總督文武，自總兵、巡撫而下皆聽節(jié)制?？偠骄哂辛藦V泛的綜合權(quán)力，出則為一方軍政之首，入則為朝廷顯官，巡撫、總兵，地方之司俱聽節(jié)制，舉凡行政、軍政、司法、監(jiān)察之權(quán)，無(wú)不過(guò)問(wèn)。明末，為阻后金軍入關(guān)，朝廷又將兵部尚書外出經(jīng)略，后來(lái)又派大學(xué)士出來(lái)督師，權(quán)力又在總督之上。

明朝規(guī)定巡撫兼軍務(wù)者加提督軍務(wù)，有總兵地方加贊理、管糧餉者加總督兼理等名義。各地巡撫實(shí)際上已經(jīng)掌握一方的民事和軍務(wù)大權(quán)，總兵官、都、布、政三司使都時(shí)為巡撫的下屬，聽其指揮。后來(lái)長(zhǎng)城防線局勢(shì)日趨緊張，戰(zhàn)爭(zhēng)此起彼伏。當(dāng)時(shí)修筑長(zhǎng)城，或調(diào)兵遣將多涉及幾個(gè)鎮(zhèn)，為調(diào)節(jié)、轄制各鎮(zhèn)，以利統(tǒng)一作戰(zhàn)，朝廷又添設(shè)總督軍務(wù)或總制或總理，派重臣出任，有的成了長(zhǎng)設(shè)之官。