啟動子與起始密碼子、終止子與終止密碼子看起來似乎差不多，實際上卻是兩組截然不同的概念，根本就沒有共同點。簡單地說，啟動子和終止子都是一段特殊的DNA序列，屬于基因的非編碼區(qū)，分別位于編碼區(qū)的上游和下游，負責(zé)調(diào)控基因的轉(zhuǎn)錄。而起始密碼子和終止密碼子都是mRNA上的三聯(lián)體堿基序列，分別決定翻譯的起始和終止。

啟動子——DNA分子上能與RNA聚合酶結(jié)合并形成轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合體的區(qū)域，在許多情況下，還包括促進這一過程的調(diào)節(jié)蛋白的結(jié)合位點。 

起始密碼子——蛋白質(zhì)翻譯過程中被核糖體識別并與起始tRNA(原核生物為甲酰甲硫氨酸t(yī)RNA，真核生物是甲硫氨酸t(yī)RNA)結(jié)合而作為肽鏈起始合成的信使核糖核酸(mRNA)三聯(lián)體堿基序列。大部分情況下為AUG，原核生物中有時為GUG等。 

終止子——轉(zhuǎn)錄過程中能夠終止RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄的DNA序列。使RNA合成終止。

終止密碼子——蛋白質(zhì)翻譯過程中終止肽鏈合成的信使核糖核酸(mRNA)的三聯(lián)體堿基序列。一般情況下為UAA、UAG和UGA，它們不編碼氨基酸。