葡萄牙在東方找到了香料產地，同時通過香料貿易獲得了高昂的利潤。這極大的刺激了航海勁敵西班牙，西班牙國王意識到在圍繞香料群島的這場航海競賽中落后于葡萄牙。西班牙必須尋找一條新航路前往亞洲。正當西班牙國王卡洛斯一世（Carlos I）為能否打破葡萄牙在香料貿易上的壟斷而憂慮的時候，出現了另一位改變歷史的重要人物（前一位是哥倫布），他就是葡萄牙探險家費爾南·德·麥哲倫（Fern?o de Magalh?es）。
1514年麥哲倫回到了葡萄牙。他向葡萄牙國王曼努埃爾提出了一個往西航行到達香料群島的計劃。他根據了解到的資料，表明香料群島東面，還是一片大海。麥哲倫猜測，這片大?？隙ň褪?513年西班牙探險家瓦斯科·努涅斯·德·巴爾博亞（Vasco Nú?ez de Balboa）在越過巴拿馬地峽所發(fā)現的“南海”，大海以東就是美洲，并堅信地球是圓的。于是，他請求國王能組織船隊去探險，進行一次環(huán)球航行?？墒牵瑖鯖]有答應，因為國王認為東方貿易已經得到有效的控制，沒有必要再去開辟新航道了。（曼努埃爾一世重蹈了前任國王若昂二世的覆撤）
1519年8月10日，麥哲倫率領5艘船和237名水手的船隊從塞維利亞港出發(fā)（旗艦“特立尼達”號、“圣安東尼奧”號、“康塞普松”號、“維多利亞”號、“圣地亞哥”號）。出發(fā)后，船隊成功的避開了葡萄牙攔截艦隊，抵達加那利群島。休整后船隊經過佛得角，向西南越過赤道，于11月29日到達了距巴西圣奧古斯丁角西南方27里格（135千米）處。12月6日船隊抵達巴西海岸。隨后麥哲倫船隊沿海岸向南航行，繞過卡布弗里烏之后，12月13日，船隊到達了今天的里約熱內盧（Rio de Janeiro）。
1520年年1月10日，船隊航行到了一個大海灣。船員們都以為到了美洲的盡頭，可以順利進入新的大洋，但是經過實地調查，這里只是一個河口，即現在烏拉圭的拉普拉塔河（Río de la Plata）。3月30日，麥哲倫船隊抵達了一個海灣，即現在的阿根廷圣朱利安港附近（Puerto San Julian)。由于南半球的冬天已經來臨，麥哲倫決定船隊停泊在海灣內過冬。
8月底，麥哲倫船隊駛出了圣朱利安灣，到達圣克魯斯河口。水手們在那里一直停留到10月中旬，等待著南半球的春天來臨。10月18日，船隊沿著巴塔哥尼亞海岸向南航進，他們已經探索了前人未曾探索過的南美大西洋4000多公里的海岸線。1520年10月21日麥哲倫繞過了臺風角（現在的維爾根尼斯角Cape Virgenes，南緯52度）。他們發(fā)現了一條往西方延伸的海峽，即現在的麥哲倫海峽（Straits of Magellan）。這是個港灣叢生、充滿死灣的地方，常常弄不清楚真正的海道在哪里，它時寬時窄，海流湍急，礁石眾多。
麥哲倫環(huán)球航行引發(fā)的爭議 對麥哲倫環(huán)球航行到達香料群島一事，葡萄牙新國王若昂三世向西班牙提出了抗議，聲明說麥哲倫遠征隊出現在香料群島違反了《托爾德西拉斯條約》，因香料群島位于分界線的葡萄牙一邊，西班牙人進入該島，就是侵犯了葡萄牙的神圣主權。但西班牙人認為對新發(fā)現的這一地區(qū)，并沒有劃定各自的勢力范圍。于是西、葡兩國的地理學家、航海家和遠征隊員們圍著地球儀和航海圖各執(zhí)一詞，都把香料群島說成是分界線自己一邊的地方，互不相讓。麥哲倫向西航行到達菲律賓、摩鹿加群島之后，尖銳地提出了分割地球的那一刀，究竟應該切到地球這一邊的那條線上? 1529年4月兩國經過商討，又重新簽訂了薩拉戈薩條約（Treaty of Saragossa）用以明確這一分割在太平洋上的位置。這個條約是葡萄牙趁著西班牙對法蘭西作戰(zhàn)急需用錢，以35萬金杜卡的代價，把分界線劃在香料群島以東297里格半的地方（即東經142度）。這樣，不僅香料群島成了葡萄牙的領土，就連菲律賓群島也都劃入葡萄牙一邊去了。葡萄牙買進了本來不需要買進的整個香料群島，而西班牙則賣掉了根本不想賣掉的整個菲律賓群島，這是當時誰都說不清的問題。后來，葡萄牙拼命守住香料群島，而對于不產香料的菲律賓群島，則聽任西班牙去占領。西班牙占領菲律賓之后，便大動干戈，遠征香料群島。
