土地增值稅是以一個清算單位的增值額作為計稅依據(jù)，所以，清算單位劃分不同，會產(chǎn)生不同的土地增值稅清算結(jié)果。而在土地增值稅清算單位的確認(rèn)上，《土地增值稅暫行條例實施細(xì)則》第八條規(guī)定，土地增值稅以納稅人房地產(chǎn)成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)[2006]187號）進(jìn)一步明確規(guī)定，土地增值稅以國家有關(guān)部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目為單位進(jìn)行清算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位清算。土地增值稅政策同時規(guī)定，對納稅人建造普通標(biāo)準(zhǔn)住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅。也就是說，一個清算單位如果開發(fā)的全部是普通住宅，其增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅；一個清算單位中即有普通住宅又有非普通住宅或非住宅的，如果普通住宅的增值額部分未超過普通住宅扣除項目金額20%的，也可以免征土地增值稅。

      但《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅[1995]48號）十三條規(guī)定，對納稅人既建造普通標(biāo)準(zhǔn)住宅又搞其他房地產(chǎn)開發(fā)的，應(yīng)分別核算增值額，不分別核算增值額或不能準(zhǔn)確核算增值額的，其建造的普通標(biāo)準(zhǔn)住宅不能適用免稅規(guī)定。《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈土地增值稅清算管理規(guī)程〉的通知》（國稅發(fā)[2009]91號）規(guī)定：“清算審核時，應(yīng)審核房地產(chǎn)開發(fā)項目是否以國家有關(guān)部門審批、備案的項目為單位進(jìn)行清算；對于由發(fā)改委或規(guī)劃部門批準(zhǔn)的分期開發(fā)的項目，是否以分期項目為單位清算；普通標(biāo)準(zhǔn)住宅是否與其他類型的房屋分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。”

　　結(jié)合上述政策:
      第一，同一清算單位中有普通住宅、非普通住宅或非住宅的，納稅人可以選擇按普通住宅和其他商品房兩類分別計算土地增值稅，或不分別計算土地增值稅。也就是說，除普通標(biāo)準(zhǔn)住宅外，同一清算單位中的不同類別的商品房一律合并計算土地增值稅。

      第二，同一清算單位應(yīng)當(dāng)是作為一個土地增值稅清算單位計算土地增值稅，但對一個清算單位中包含有普通住宅及其他商品房的，并且納稅人對普通住宅分別核算土地增值額的，如果普通住宅的增值額為負(fù)增值，則可以沖減同一清算單位其他商品房的增值額。這是因為：普通住宅需要分別核算的目的在于享受普通住房的優(yōu)惠政策，但納稅人是否愿意分別核算應(yīng)視納稅人的意愿，而不是必須分別核算。在普通住房分別核算結(jié)果為負(fù)增值，納稅人當(dāng)然可以選擇合并計算，相應(yīng)普通住宅中所隱含的負(fù)增值無形之中也就抵減了其他類型商品房的增值額。另外，如果普通住宅的增值率超過扣除項目金額20%的，也應(yīng)當(dāng)與其他商品房合并計算土地增值稅。

      第三，開發(fā)項目中同時包含普通住宅和其他商品房的分別核算，并非是要求在會計處理上要分別核算，而是在計算土地增值稅時應(yīng)當(dāng)分別計算。即應(yīng)分別計算普通住宅和其他商品房收入及扣除項目。在普通住宅和其他商品房扣除項目的分?jǐn)偵?，?yīng)當(dāng)參照《土地增值稅暫行條例實施細(xì)則》第九條規(guī)定，即可按轉(zhuǎn)讓土地使用權(quán)的面積占總面積的比例計算分?jǐn)?，或按建筑面積計算分?jǐn)偅部砂炊悇?wù)機(jī)關(guān)確認(rèn)的其他方式計算分?jǐn)偂?/span>