由《財(cái)政部國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》財(cái)稅[1995]48號(hào)文件第一條規(guī)定：對(duì)于以房地產(chǎn)進(jìn)行投資聯(lián)營(yíng)的，投資聯(lián)營(yíng)的一方以土地(房地產(chǎn))作價(jià)入股進(jìn)行投資或作為聯(lián)營(yíng)條件，將房地產(chǎn)轉(zhuǎn)讓到所投資、聯(lián)營(yíng)的企業(yè)中時(shí)，暫免征收土地增值稅。對(duì)投資、聯(lián)營(yíng)企業(yè)將上述房地產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓的，應(yīng)征收土地增值稅。

　　根據(jù)上述規(guī)定，公司將接受投資的土地再轉(zhuǎn)讓的話就應(yīng)該繳納土地增值稅，問題是在計(jì)算土地增值稅的扣除項(xiàng)目時(shí)，可扣除的土地使用權(quán)價(jià)款是按接受投資時(shí)作價(jià)價(jià)款還是按投資方購(gòu)入土地使用權(quán)時(shí)支付價(jià)款?

　　目前，實(shí)務(wù)中有很多種觀點(diǎn)，有人認(rèn)為，因?yàn)橥顿Y環(huán)節(jié)免了土地增值稅，再轉(zhuǎn)讓時(shí)扣除的土地成本也只能是投資方原購(gòu)入土地的成本，也就是第一個(gè)環(huán)節(jié)免征的土地增值稅在這一環(huán)節(jié)應(yīng)補(bǔ)回;另一種觀點(diǎn)則認(rèn)為，接受投資的土地再轉(zhuǎn)讓雖然應(yīng)該繳納土地增值稅，但可扣除的土地成本應(yīng)該是土地的投資作價(jià)，而不是投資方購(gòu)入土地使用權(quán)時(shí)支付原始成本。這樣，在第一個(gè)環(huán)節(jié)免的稅，就不必再第二個(gè)環(huán)節(jié)補(bǔ)回。

　　我們認(rèn)為，第二種理解是正確的。因?yàn)椋顿Y環(huán)節(jié)免征土地增值稅是國(guó)家明文規(guī)定的，其享受政策的主體是投資方。而第二個(gè)環(huán)節(jié)納稅的主體是被投資企業(yè)，被投資企業(yè)接受土地投資已付出了相應(yīng)的對(duì)價(jià)(土地評(píng)估作價(jià)換取的投資份額)，如果在征稅時(shí)不允許其按投資作價(jià)扣除成本，只允許扣除投資者原始購(gòu)買成本的話，就會(huì)導(dǎo)致原來投資方享受的稅收減免，又由被投資方交回去了，這顯然是不合理的，因?yàn)檫@樣勢(shì)必侵犯了被投資方其他股東的利益，所以不應(yīng)該是這種理解。

　　事實(shí)上，此問題國(guó)家稅務(wù)總局在2009/06/04日曾做出過答復(fù)，根據(jù)《中華人民共和國(guó)土地增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則》(財(cái)法字[1995]6號(hào))規(guī)定：“第七條條例第六條所列的計(jì)算增值額的扣除項(xiàng)目，具體為：

　　(一)取得土地使用權(quán)所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權(quán)所支付的地價(jià)款和按國(guó)家統(tǒng)一規(guī)定交納的有關(guān)費(fèi)用。根據(jù)上述規(guī)定，在計(jì)算土地增值稅的扣除項(xiàng)目時(shí)，可扣除的土地使用權(quán)價(jià)款是按接受投資時(shí)作價(jià)價(jià)款和按國(guó)家統(tǒng)一規(guī)定交納的有關(guān)費(fèi)用。

　　所以，接受投資的公司在計(jì)算土地轉(zhuǎn)讓環(huán)節(jié)土地增值額時(shí)，可扣除的土地價(jià)款應(yīng)為接受土地投資時(shí)的作價(jià)，及評(píng)估價(jià)。