在蔡元培整個(gè)教育體系中，大學(xué)教育思想占有非常突出的地位，這同他重視高等教育密切相關(guān)，他認(rèn)為要發(fā)展中國(guó)的教育事業(yè)，辦好高等教育是關(guān)鍵。因此，他說(shuō)“自己的興趣偏于高等教育，在高等教育方面多參加點(diǎn)意見(jiàn)”，因此，他又較長(zhǎng)時(shí)間主持北京大學(xué)，有豐富的大學(xué)教育實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)。因而形成了頗有創(chuàng)建的比較系統(tǒng)的大學(xué)教育思想。
　　1．關(guān)于大學(xué)性質(zhì)的探討
　　蔡元培認(rèn)為大學(xué)應(yīng)當(dāng)成為研究高深學(xué)問(wèn)的學(xué)府，這是蔡元培辦學(xué)的指導(dǎo)思想，也是他大學(xué)教育思想的出發(fā)點(diǎn)。早在1912年5月16日，他以教育總長(zhǎng)身份出席北京大學(xué)開(kāi)學(xué)典禮，在演說(shuō)中就提出“大學(xué)為研究高尚學(xué)問(wèn)之地。”在擔(dān)任北京大學(xué)校長(zhǎng)后。他更是反復(fù)申述這一思想。1917年1月9日，他在就任校長(zhǎng)的演說(shuō)中，明確的向?qū)W生說(shuō)明：“諸君來(lái)此求學(xué)，必有一宗旨，欲求宗旨之正大與否，必先知大學(xué)之性質(zhì)。今人肆業(yè)專(zhuān)門(mén)學(xué)校，學(xué)成任事，此固勢(shì)所必然。而在大學(xué)則不然，大學(xué)者，研究高深學(xué)問(wèn)者也”。
　　蔡元培如此強(qiáng)調(diào)大學(xué)性質(zhì)在于研究高深學(xué)問(wèn)，在當(dāng)時(shí)是為了扭轉(zhuǎn)學(xué)生上大學(xué)為做官的陳腐觀(guān)念。當(dāng)時(shí)學(xué)生入學(xué)“仍抱科舉時(shí)代思想，以大學(xué)為取得官吏資格之機(jī)關(guān)，而對(duì)于學(xué)問(wèn)則沒(méi)有什么興趣。蔡元培指出，這是北大“著名腐敗的總因”。因此，他認(rèn)為要改革舊北大，“第一要改革的，是學(xué)生的觀(guān)念。”
　　由于大學(xué)的性質(zhì)在于研究高深的學(xué)問(wèn)，他還提出，大學(xué)不能只是從事教學(xué)，還必須開(kāi)展科學(xué)研究。他要求大學(xué)教員不是灌輸固定知識(shí)，而是對(duì)學(xué)問(wèn)有濃厚的研究興趣，并能引起學(xué)生的研究興趣；大學(xué)生也不是死記硬背教員的講義，而是在教員的指導(dǎo)下自動(dòng)的研究學(xué)問(wèn)。為了使大學(xué)能承擔(dān)起教學(xué)，科研雙重任務(wù)，他極力主張“凡大學(xué)必有各種科學(xué)的研究所”。他在《論大學(xué)應(yīng)設(shè)各科研究所之理由》的文章，詳列了三點(diǎn)理由：
　　一是“大學(xué)無(wú)研究院，則教員易陷入抄發(fā)講義不求進(jìn)步之陋習(xí)。”
　　二是設(shè)立研究所，為大學(xué)畢業(yè)生深造創(chuàng)造條件。
　　三是使大學(xué)高年級(jí)學(xué)生得以在導(dǎo)師指導(dǎo)下，有從事科學(xué)研究的機(jī)會(huì)。
　　2． 辦學(xué)原則——思想自由，兼容并包
　　蔡元培從大學(xué)應(yīng)該是研究高深學(xué)問(wèn)的學(xué)府這一思想出發(fā)，提出了這一辦學(xué)原則。他認(rèn)為大學(xué)應(yīng)該廣泛吸收各種人才，容納不同學(xué)派。如果抱殘守缺，持一孔之論，守一家之言，是不可能成為真正高水平的大學(xué)。
　　思想自由、兼容并包的辦學(xué)原則主要體現(xiàn)在對(duì)待學(xué)說(shuō)和教員兩方面，由于學(xué)說(shuō)必須由人提倡、宣傳和發(fā)展，教員又以研究，傳授學(xué)問(wèn)為己任，所以思想自由、兼容并包的辦學(xué)原則，在實(shí)際中更多的是體現(xiàn)在對(duì)待教員方面。蔡元培聘請(qǐng)教員，最重要的有無(wú)專(zhuān)門(mén)學(xué)問(wèn)。只要由真才實(shí)學(xué)，有研究學(xué)問(wèn)的興趣和能力，就聘為教員。反之，如若學(xué)術(shù)水平低，則不管什么人，堅(jiān)持辭退。而對(duì)于教員的政治見(jiàn)解，學(xué)術(shù)派別，只要不妨礙授課，則不作為取舍標(biāo)準(zhǔn)。
　　當(dāng)然，蔡元培提倡思想自由，兼容并包，并不是主張對(duì)新舊思想采取不偏不倚的態(tài)度，恰恰相反，其本意在于打破封建文化專(zhuān)制主義的束縛，發(fā)展資產(chǎn)階級(jí)新文化。
　　3．學(xué)科設(shè)置——從偏重文理到溝通文理，廢科設(shè)系
　　關(guān)于大學(xué)學(xué)科設(shè)置，蔡元培的思想，有一個(gè)變化發(fā)展過(guò)程，最初，他從“大學(xué)為研究學(xué)理的機(jī)關(guān)”這一思想出發(fā)，主張“要偏重文理兩科”。
　　蔡元培擔(dān)任北大校長(zhǎng)后，又進(jìn)一步主張“學(xué)術(shù)分校”理由有兩條：第一、文理兩科，專(zhuān)署學(xué)里，其他各科偏重于致用；第二、文理兩科，設(shè)有研究所，實(shí)驗(yàn)室等設(shè)備，如若遍設(shè)其他各科，就要增設(shè)病院，工場(chǎng)等，困難更大。
　　主張學(xué)術(shù)分校，大學(xué)專(zhuān)設(shè)文理兩科，顯然是對(duì)民國(guó)元年“大學(xué)以文理兩科為主”見(jiàn)解的發(fā)展，目的是為了突出大學(xué)的性質(zhì)在于研究學(xué)理，在蔡元培看來(lái)，“學(xué)”與“術(shù)”可分為兩個(gè)名詞，“學(xué)”為“學(xué)理”，“術(shù)”為“應(yīng)用”。文、理是“學(xué)”，法、商、醫(yī)、工、農(nóng)皆為應(yīng)用，為“術(shù)”。學(xué)與術(shù)雖然關(guān)系密切，但學(xué)為基本，術(shù)為枝干。
　　更可貴的是，蔡元培在看到了文、理分科所造成的流弊之后，進(jìn)一步主張“溝通文理”。他說(shuō)文理是不能分科的，文科的史學(xué)、文學(xué)均與科學(xué)有關(guān)，而哲學(xué)全以自然科學(xué)為基礎(chǔ)。同樣，理科各學(xué)科都與哲學(xué)有關(guān)，自然哲學(xué)，尤為自然科學(xué)的歸納。而且，由于學(xué)科之間的彼此交錯(cuò)，有些學(xué)科簡(jiǎn)直無(wú)法以文、理科來(lái)區(qū)分。因此，他主張溝通文理，和為一科。1919年，北大進(jìn)行改革，撤銷(xiāo)文、理、法三科界限。全校設(shè)立14個(gè)系，廢學(xué)長(zhǎng)，設(shè)系主任。
　　4． 教學(xué)制度——選科制
　　與溝通文理思想相連系，在教學(xué)制度上，蔡元培主張采用選科制，他認(rèn)為這種制度使學(xué)生于專(zhuān)精之余，能夠旁設(shè)種種有關(guān)系的學(xué)科，有利于打破學(xué)生“專(zhuān)己守殘之偏見(jiàn)”，擴(kuò)大知識(shí)面。有利于學(xué)生個(gè)性的自由發(fā)展。
　　對(duì)于實(shí)行選科制，蔡元培認(rèn)為必須加強(qiáng)指導(dǎo)，為防止學(xué)生純粹從興趣出發(fā)，忽視對(duì)基本理論，基本知識(shí)的學(xué)習(xí)，他強(qiáng)調(diào)學(xué)生所選的學(xué)科必須經(jīng)教員審定，學(xué)生只有相對(duì)的選擇，無(wú)絕對(duì)的選擇，除必修課以外的學(xué)科，才有選擇權(quán)。同時(shí)，他還指出，選科制只能行之于高等以上學(xué)校，普通教育只可采用選科精神，而不能行選科制。
　　5．行政管理——教授治校
　　實(shí)行教授治校，這是蔡元培關(guān)于大學(xué)行政管理的基本思想。他主張教授治校，是為了建立民主的管理體制，防止校長(zhǎng)主觀(guān)專(zhuān)斷，任意辦事，這是他民主思想的反映。更主要的是為了依靠真正懂得教育和學(xué)術(shù)的專(zhuān)家來(lái)管理學(xué)校。由此可見(jiàn)，民主精神和依靠專(zhuān)家，這是蔡元培教授治校主張的兩根支柱，教授是學(xué)校教學(xué)與科研的主力，他們既懂得教育又有學(xué)問(wèn)，蔡元培依靠他們來(lái)管理學(xué)校，這不僅徹底扭轉(zhuǎn)了舊北大一切校務(wù)有校長(zhǎng)等少數(shù)幾個(gè)人決定的狀況，而且大大調(diào)動(dòng)了教授們的積極性和創(chuàng)造性，出現(xiàn)了民主辦校的生動(dòng)局面。
　　綜上所述，蔡元培大學(xué)教育思想的基本特征是民主和科學(xué)，目的是要把大學(xué)辦成高水平的教學(xué)科研中心，他不僅為中國(guó)近現(xiàn)代資產(chǎn)階級(jí)大學(xué)教育理論的形成打下了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)，而且，其中許多真知灼見(jiàn)，如重視大學(xué)開(kāi)展科學(xué)研究工作，提倡“思想自由，兼容并包”，注重發(fā)展學(xué)生個(gè)性，主張“溝通文理”，以及“依靠既懂得教育，又有學(xué)問(wèn)的專(zhuān)家實(shí)行民主治校”等等
　　不肯認(rèn)北大校長(zhǎng)的宣言
　　本文系蔡元培校長(zhǎng)1919年6月手寫(xiě)的辭職聲明。
　?。ㄒ唬┪医^對(duì)不能再作那政府任命的校長(zhǎng)：為了北京大學(xué)校長(zhǎng)是簡(jiǎn)任職，是半官僚性質(zhì)，便生出那許多官僚的關(guān)系，哪里用呈，哪里用咨，天天有一大堆無(wú)聊的照例的公牘。要是稍微破點(diǎn)例，就要呈請(qǐng)教育部，候他批準(zhǔn)。什么大學(xué)文、理科叫做本科的問(wèn)題，文、理合辦的問(wèn)題，選科制的問(wèn)題，甚至小到法科暫省學(xué)長(zhǎng)的問(wèn)題，附設(shè)中學(xué)的問(wèn)題，都要經(jīng)那拘文牽義的部員來(lái)斟酌。甚而部里還常常派了什么一知半解的部員來(lái)視察，他報(bào)告了，還要發(fā)幾個(gè)訓(xùn)令來(lái)訓(xùn)飭幾句。我是個(gè)痛惡官僚的人，能甘心仰這些官僚的鼻息么？我將進(jìn)北京大學(xué)的時(shí)候，沒(méi)有想到這一層，所以?xún)赡暧邪?，天天受這個(gè)苦痛?，F(xiàn)在苦痛受足了，好容易脫離了，難道還肯投入進(jìn)去么？
　?。ǘ┪医^對(duì)不能再做不自由的大學(xué)校長(zhǎng)：思想自由，是世界大學(xué)的通例。德意志帝政時(shí)代，是世界著名開(kāi)明專(zhuān)制的國(guó)度，他的大學(xué)何等自由。那美、法等國(guó)，更不必說(shuō)了。北京大學(xué)，向來(lái)受舊思想的拘束，是很不自由的。我進(jìn)去了，想稍稍開(kāi)點(diǎn)風(fēng)氣，請(qǐng)了幾個(gè)比較的有點(diǎn)新思想的人，提倡點(diǎn)新的學(xué)理，發(fā)布點(diǎn)新的印刷品，用世界的新思想來(lái)比較，用我的理想來(lái)批評(píng)，還算是半新的。在新的一方面偶有點(diǎn)兒沾沾自喜的，我還覺(jué)得好笑。哪知道舊的一方面，看了這點(diǎn)半新的，就算 "洪水猛獸"一樣了。又不能用正當(dāng)?shù)霓q論法來(lái)干涉了，國(guó)務(wù)院來(lái)干涉了，甚而什么參議院也來(lái)干涉了，世界哪有這種不自由的大學(xué)么？還要我去充這種大學(xué)的校長(zhǎng)么？
　　（三）我絕對(duì)不能再到北京的學(xué)校任校長(zhǎng)：北京是個(gè)臭蟲(chóng)窠（這是民國(guó)元年袁項(xiàng)城所送的徽號(hào)，所以他那時(shí)候雖不肯到南京去，卻有移政府到南苑去的計(jì)劃）。無(wú)論何等高尚的人物，無(wú)論何等高尚的事業(yè)，一到北京，便都染了點(diǎn)臭蟲(chóng)的氣味。我已經(jīng)染了兩年有半了，好容易逃到故鄉(xiāng)的西湖、鑒湖，把那個(gè)臭氣味淘洗干凈了。難道還要我再作逐臭之夫，再去嘗嘗這氣味么？
　　我想有人見(jiàn)了我這一段的話(huà)，一定要把“我不入地獄，誰(shuí)入地獄”的話(huà)來(lái)勸勉我。但是我現(xiàn)在實(shí)在沒(méi)有到佛說(shuō)這句話(huà)的時(shí)候的程度，所以只好謹(jǐn)謝不敏了。